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福建东山岛植被属于闽粤沿海丘陵平原亚热带雨林区闽南博平岭东南湿热带雨林小区。由于东山岛植被长期受环境因子如气候、土壤以及植物本身分化、演替和人类活动的影响，地带性的原生植被已不复存在，现状植被多为人工次生林，群落类型少，种类组成单一。岛内常绿针叶林主要有杉木林、湿地松林、马尾松林等，并常与木麻黄、樟树、苦楝、朴树等乔木种类混生。林下灌木层有黑面神、栀子、山芝麻、桃金娘、车桑子、车轮梅、鸦胆子、梅叶冬青、牡荆等。常绿阔叶林主要为人工木麻黄林、相思树林、桉树林和小部分莿苳林等。灌草丛主要分布在低丘陵山坡上，主要种类为细毛鸭嘴草、毛秆野古草等。
亚热带滨海沙生植被的植物种类组成简单，呈丛状或块状分布，包括以鬣刺为主的沙生草本植被和以盐生和蔓性灌木为主的沙生灌木植被，如仙人掌和露兜树等（连玉武 等，1998）。