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金鱼有几种不同的分类体系，有的将其分为草金鱼、文族、龙族、蛋族4个族（李璞，1959；张绍华，1981）；有的撇除草金鱼而将其分为文族、龙族、蛋族3个族；有的将其分为5类，分别为金鲫种、文种、龙种、蛋种和龙（背）种（傅毅远，1981）；还有分为13类的（徐金生 等，1981）。王春元（2000）将金鱼分为草族、文族、蛋族3个族。笔者对此完全赞同，但是笔者不太赞同将形态完全相同的金鱼按颜色分为不同品种。虽然以前有不少金鱼专家习惯将颜色作为品种划分的依据，但是笔者依然认为品种的划分宜以形态为依据，分到形态无差异为止。当然，在生产和销售当中，区分不同颜色是必要的，这个可以用商业名称来表达，方法是在品种名称前面或加上颜色。
经典的鱼类分类一般根据鱼的形态和系统发生，其形态方面的依据按重要性依次为：骨骼系统、鳍和鳞片、其他体表器官，颜色斑纹一般不作为种的分类依据，有时作为亚种的分类依据。金鱼是人工培育品种。根据遗传学和系统发生理论，金鱼全部属于同一物种，现在广泛应用的分子生物学鉴定亲缘关系，也支持这一观点。所以，尽管金鱼发生了包括骨骼、鳍、体表器官形态的多种变异，仍然属于鲫（ Carassius auratus ）物种，只能在种以下进行分类。由于金鱼品种繁多，按照经典的鱼类形态分类办法及分类依据的重要性程度，依次为类、族、亚族、系、品种、亚品种。此处所谓亚品种又称商业品种，是一个品种按颜色细分所至，所有形态相同的金鱼不论其颜色如何皆属一个品种。
根据脊椎是否弯曲、脊椎前部的局部是否发生愈合和弯曲，分为金鲫类和金鱼类；金鱼按背鳍的有无分为文族和蛋族。文族分常眼文鱼亚族、龙眼文鱼亚族、泡眼文鱼亚族3个亚族，再分为6个系；蛋族分为常眼蛋鱼亚族、龙眼蛋鱼亚族、泡眼蛋鱼亚族3个亚族，再分为7个系。金鱼品系的分类简谱如下图。
按照这个分类系统，各系的名称和主要特征如下。
此类只有草族—平头草亚族，特点是体形与鲫鱼没有明显差别，头形也无明显异化，依然是原始特征，分2个系。
1.金鲫系
特点：单尾鳍。
金鲫
2.和金系
特点：双尾鳍。
和金
文鱼类的特点是脊椎发生弯曲和愈合的畸变，躯体缩短，有正常的背鳍，尾鳍发达（不再是单尾）。文族分常眼文鱼亚族、龙眼文鱼亚族、泡眼文鱼亚族3个亚族。
1.常眼文鱼亚族
常眼文鱼亚族的特点是眼睛为正常眼，属于该族的系有平头系、鹅头系、狮头系。
普通文鱼
（1）平头系
特点：头部皮肤无明显变异，依然是薄而平滑。
琉金是平头系文鱼的代表
（2）鹅头系
又称高头系。头顶部皮肤增生明显，如鹅头状，两侧鳃盖上皮肤薄而平滑。
五花高头
（3）狮头系
头顶和两侧鳃盖皮肤变异为厚厚的肉瘤状。
红白狮头
2.龙眼文鱼亚族
龙眼文鱼亚族的特点是眼睛膨大突出，属于该族的系有龙眼系和朝天眼系。
（1）龙眼系
眼睛膨大并向两侧突出。
墨龙睛
（2）朝天眼系
眼睛膨大并突出，瞳孔朝上。
3.泡眼文鱼亚族
泡眼文鱼亚族的特点是眼为水泡眼，属于该族的系为水泡眼系。
水泡眼系
眼为水泡眼，体形卵圆形，尾鳍多为双尾，较长。
蛋鱼类最大特点是无背鳍，脊椎发生弯曲和愈合的畸变，躯干短，包括常眼蛋鱼亚族、龙眼蛋鱼亚族、泡眼蛋鱼亚族3个亚族。
1.常眼蛋鱼亚族
常眼蛋鱼亚族的特点是眼睛为正常眼，属于该族的系有平头系、鹅头系、狮头系。
（1）平头系
头部皮肤无明显变异，依然是薄而平滑，是较原始的蛋族金鱼，代表性的品种有蛋鱼、蛋球、蛋鳃等。
（2）鹅头系
又称高头系。头顶部皮肤增生明显，如鹅头状，两侧鳃盖上皮肤薄而平滑，代表性的品种有鹅头红、鹅头球等。
（3）狮头系
头顶和两侧鳃盖皮肤变异为厚厚的肉瘤状，代表性品种有红虎头、日本兰寿等。
常眼蛋鱼狮头的代表——红白日本兰寿
2.龙眼蛋鱼亚族
龙眼蛋鱼亚族的特点是眼睛为龙眼，属于该族的系有平头系、凸眼狮头系、朝天眼系。
（1）平头系
头部皮肤无明显变异（无肉瘤），代表品种有凸眼蛋球、凸眼珍珠等。
（2）凸眼狮头系
头为狮头型，代表品种有龙眼虎头、龙眼虎头球等。
（3）朝天眼系
眼为朝天眼型，头部无肉瘤，代表品种有朝天、朝天球等。
龙眼蛋鱼朝天眼的代表——红朝天绒球
3.泡眼蛋鱼亚族
泡眼蛋鱼亚族，特点是眼为水泡眼型，属于该族的系有水泡眼系。
水泡眼系
该系代表种类有泡眼、泡眼鹅头等。
蛋族水泡眼的代表