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骨质疏松症的治疗药物种类繁多，作用特点也各不相同，临床治疗选择与应用较为复杂。骨质疏松症治疗药物根据其主要作用机制可分为三大类：抑制骨吸收药物、促进骨形成药物和骨健康基本补充剂。骨质疏松的药物中，大部分是抑制骨吸收药，通过减少破骨细胞的生成或减少破骨细胞活性为主的药物来抑制骨吸收，防止骨量过多丢失。对快速丢失的严重骨质疏松症患者可利用骨吸收抑制剂药物。目前认为双磷酸盐、性激素替代疗法、选择性雌激素受体调节剂和降钙素等骨吸收抑制剂对预防和（或）治疗骨质疏松症是有效的，从而使得抑制骨吸收药物在临床应用较为广泛。
双磷酸盐（bisphosphonate）这类药是人工合成的非生物降解性焦磷酸盐类似物，能抑制骨吸收。这是目前较新的有效抵制骨吸收药物，近年来推出第三代二磷酸盐，如阿仑磷酸盐（alendronate），它的侧链含氮原子，其抵制骨吸收药效果比第一代依替磷酸盐（etidronate）大千倍。该类第三代药物阿仑磷酸盐（商品名为福善美、固邦）是新型高效的骨吸收抵制剂，用于治疗代谢性骨病。其抵制骨吸收的作用可能是由于：①影响破骨细胞的活性，抵制体内生成新破骨细胞。②破骨细胞通过自身胞饮作用使阿仑磷酸盐在细胞内发挥作用抵制破骨功能。③改变骨基质特性，影响基质对破骨细胞的最终激活。骨骼对这类药的亲和力高，口服后吸收的这类盐有20%~60%被骨骼所摄取，其余由尿排出。但口服后胃肠道对它的吸收度差，宜在饭前2h服用。治疗男性骨质疏松，阿仑磷酸盐10mg/d，服用1.9~2.7年，与对照组相比，脊柱骨密度增加4.6%，大转子增加6.4%，全髋增加4.7%。美国食品及药物管理局允许雌激素、阿仑磷酸盐、降钙素作为骨质疏松治疗药，并认为小剂量阿仑磷酸盐与雷洛昔芬（raloxifene）作为骨质疏松的预防药。二磷酸盐类药物副作用小、毒性低、安全，但一些含氮的二磷酸盐，如阿仑磷酸盐在口服时刺激食道较严重，可发生食道炎或有较轻的消化道反应，为此服用此药应清晨空腹、坐位或站立、用200mL白水送下，30 min后才能进食，过早进食后影响药效。美国食品和药品管理局（FDA）已经批准Merck公司的阿仑磷酸盐制剂的追加适应证——用于男性骨质疏松，这是第一个获得批准用于男性骨质疏松的药物。迄今，福善美已获得批准用于预防绝经后骨质疏松症及治疗糖皮质激素引起的男性和女性骨质疏松症。利塞磷酸盐（risedronate）、伊苯磷酸盐（ibandronate）和唑来磷酸盐（zolodrate）是近年来开发出的新二磷酸盐药物，它们抵制骨吸收的作用较ETD强1 000~10 000倍；除抑制骨矿物质丢失外，它们还可增加骨矿物质含量，减轻胃肠道不良反应，有广阔的应用前景。
雌激素替代疗法曾是缓解病症的首选方法，既可以抑制骨转换，又可以减少破骨细胞数量和抑制其活性。长期以来雌激素一直被视为保护绝经后妇女的标准制剂。选择性雌激素受体调节剂（selective estrogen receptor modulator，SERM）是一种人工合成的非激素制剂，在不同的靶组织分别产生类雌激素或抗雌激素作用。由于不同的靶组织分别产生类雌激素或抗雌激素作用。由于不同SERM结构上的特点，产生了对不同受体亲和力的不同，在组织中发挥的生物效应不同。
雌激素受体有高度亲和力，对骨骼、脂肪和脑组织起雌激素受体激动作用，对子宫和乳腺起雌激素受体拮抗作用。2001年美国FDA批准本品为防治骨质疏松症用药，其可显著提高骨量，有效调节过快的骨转换率，防止健康及绝经后骨质疏松妇女的骨质丢失，并可降低脊椎骨折发生率。由于是非甾体类苯唑噻吩SERM，雷洛昔芬对骨、脂肪代谢和脑组织有雌激素激动剂的活性，而对乳腺和子宫有雌激素拮抗剂的作用可降低骨质疏松症绝经妇女的骨折发生率。对雷洛昔芬过敏的患者和可能妊娠的妇女禁用，肝肾功能不全的患者应慎用。
可竞争性抑制17β-雌二醇与雌激素受体ERoc和ER13的结合，对骨骼有雌激素激动剂活性，能改善脊椎和髋部的骨密度，故能显著降低绝经后骨质疏松症妇女的椎骨骨折风险。其主要适应证为预防和治疗绝经期后骨质疏松症。巴多昔芬联合雌激素可预防骨质丢失，且不会刺激乳腺或子宫。
是目前为止所发现的最强效的SERM之一，可更有效地改善绝经后妇女脊柱骨密度，拉索昔芬治疗具有持续骨密度改善作用，并能较雷洛昔芬更显著改善如骨再吸收和腰椎骨矿物密度等骨质参数。拉索昔芬较雷洛昔芬尚有更大程度减低患者低密度脂蛋白（LDL）的效能。该药物的研发公司辉瑞制药2007年在日美欧各个国家和地区同时进行上市申请，SERM的药物开发刚起步。目前一种有利于骨及心血管而不刺激子宫内膜及乳腺，不增加烘热症状的新型SERM正在研制中。
人体甲状腺细胞C分泌的降钙素，能抑制破骨细胞活性，抑制骨消融，并能阻止多功能造血干细胞转变为破骨细胞，促使破骨细胞向成骨细胞转化，从而削弱破骨细胞活性，其最大优点是止痛效果良好，是一个很强的抗吸收药物。另外，降钙素还可以增加尿钙的排出，从而降低血钙，但其降钙的作用主要还是通过抑制骨溶解和骨吸收。降钙素与吗啡镇痛效果的相似性以及它可以引起血浆β-内啡肽水平升高提示，降钙素通过内源性阿片系统产生镇痛效果。研究还提示，降钙素可作用于中枢痛觉感受区的特异性受体，能抑制炎症介质前列腺素的合成，调节中枢痛觉信息的传递和感受。因此，降钙素具有强有力的抗溶骨作用和显著的镇痛作用，能迅速减轻骨质疏松症引起的骨疼痛，显著减少骨折的发生率。
降钙素是人体内正常分泌的调节钙代谢的三大激素之一，具有32个氨基酸的多肽。其使用形式包括猪降钙素及合成的人、鲤和鳗鱼降钙素。它是骨吸收的强力抑制剂。在正常情况下，降钙素对血钙的作用很弱，当血钙水平升高和骨转换增高时，降钙素的作用随之加强，血浆钙质升高10%，可使降钙素的分泌增加20倍。当高钙血症时，降钙素分泌增加，使骨钙释放人血和细胞外液的量减少，而血中钙进入骨骼的过程仍继续，维持正常平衡。破骨细胞中存在降钙素受体，降钙素可短时迅速抑制破骨细胞的活性，长期抑制其增殖，可使破骨细胞数量减少，从而达到抑制骨吸收，降低骨转换的作用。不少学者都认为降钙素能起到降低骨吸收作用。降钙素还能有效地减轻骨质疏松性脊柱压缩性骨折引起的骨痛。应用鳗鱼降钙素治疗老年骨质疏松引起脊柱骨折骨痛的患者，骨痛明显减轻，效果较为确切。
降钙素通过直接与破骨细胞的受体结合，快速抑制破骨细胞的活性，从而发挥抑制骨吸收的作用。可以防止骨小梁断裂、穿孔，增加高转换型骨质疏松症的骨量及抑制低转换率型骨质疏松症的骨量减少和维持骨量。但是，低转换型骨质疏松症患者长期用药，有导致新骨减少，陈旧骨相对增加，骨质变差的后果。对于高转换率患者，骨量增加2~3年达到高峰，此后也存在同样危险。因此，对高转换率骨质疏松症患者可施行间歇给予降钙素来反复地进行抑制和解除治疗，对于正常或低转换率型骨质疏松症应与考虑促进骨形成制剂并用。降钙素有强烈镇痛作用。对于骨质疏松症引起的腰背部疼痛（特别是椎体的急性骨折时）的高转换率骨质疏松症患者，该类制剂可作为首选药物之一。降钙素作用于神经中枢特异性受体，升高β-内啡肽水平，阻止钙离子进入神经细胞，抑制疼痛介质前列腺素的合成。但降钙素长期应用会导致降钙素受体的减少，必须在治疗时注意。
许多老年人都普遍缺乏维生素D，导致继发性甲状腺旁腺功能亢进和骨丢失，从而引起骨质疏松。现有的资料支持补充维生素D可能有效地预防老年人非脊椎骨骨折，每天补充800 IU维生素D 3 和1.2g元素钙，能明显降低髋部和其他非椎骨骨折的发生率。维生素D代谢产物又分为维生素D 2 （骨化醇）与维生素D 3 （胆骨化醇），其中维生素D的活性形式［1α,25(OH) 2 D 3 ］对钙在肠内吸收起最大作用，有报道应用活性维生素D治疗骨质疏松，使骨质疏松性骨折下降50%。对钙吸收不良或骨质疏松伴有肝、肾功能不良的老年人，需服骨化三醇（calcitriol）或阿尔法（α）-D 3 等药，预防骨丢失，减少髋与其他部位骨折。人的维生素D需要量，国际公认不分年龄每人400 IU/d。
组织蛋白酶是人体组织中的一类重要的半胱氨酸蛋白酶。近年研究发现组织蛋白酶K、L等半胱氨酸蛋白酶主要在破骨细胞中选择性、特异性地表达，促进骨纤维胶质的分解代谢，参与骨质的再吸收代谢调节，从而与骨质疏松症等骨质减少性疾病有关。目前已设计合成了有效的肽及肽模拟物类组织蛋白酶K、L抑制剂，某些组织蛋白酶K、L抑制剂活性强、酶选择性好，体外及体内实验研究发现能有效地控制骨纤维胶质的分解代谢，抑制骨吸收。现已进入临床前及初期临床研究。其有望作为治疗骨质疏松症等骨质减少性疾病的药物。