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伤寒，阳脉涩，阴脉弦，法当腹中急痛，先与小建中汤不差者，小柴胡汤主之。（100）
伤寒二三日，心中悸而烦者，小建中汤主之。（102）
虚劳里急，悸，衄，腹中痛，梦失精，四肢酸疼，手足烦热，咽干口燥，小建中汤主之。（《金匮要略·血痹虚劳病脉证并治第六》）
男子黄，小便自利，当与虚劳小建中汤。（《金匮要略·黄疸病脉证并治第十五》）
妇人腹中痛，小建中汤主之。（《金匮要略·妇人杂病脉证并治第二十三》）
桂枝三两（去皮） 甘草二两（炙）
大枣十二枚（擘） 芍药六两
生姜三两（切） 胶饴一升
上六味，以水七升，先煮前五味，取三升，去滓，内饴，更上微火消解，温服一升，日三服。呕家不可用建中汤，以甜故也。
胃弛缓症，胃酸过多症，胃酸过少症，胃、十二指肠溃疡，慢性胃炎，慢性消化不良，胃癌，慢性肝炎，黄疸，便秘，遗精，腹痛，腹部结核（结核性腹膜炎、肠结核、肠系膜淋巴结核），贫血，过敏性紫癜，血小板减少性紫癜。
痛经，闭经，经后腹痛，不孕症。
体质虚弱（胸腺淋巴体质、渗出性体质、过敏性体质），夜尿症，尿频症，虚弱儿肺炎，疝气，腹泻，便秘，湿疹。
眼底出血，水泡性结膜炎。
小建中汤是古代有效的强壮剂或调养剂。小建中汤颇为重要的体征是：腹部膨满，柔软无力，腹壁薄而缺乏弹性，腹拘急（腹直肌紧张），但无固定压痛点，或喜按，脉弦涩。有诊断意义的症状有：疲劳倦怠，腹痛（里急），或有心动悸，衄血（肌衄、鼻衄、齿衄），盗汗，梦遗，手足烦热，口干，小便自利。具体辨证与辨病如下：
用于胃弛缓症、胃酸过多症、胃酸过少症、胃溃疡、十二指肠溃疡，投药指征是虚弱性体质、易疲劳、腹壁薄、时腹自痛。其中胃弛缓症，有弛缓性无力体质、腹部有振水音；胃酸过多或过少症，有嗳气、呕吐、烧心感；胃溃疡、十二指肠溃疡，有胃脘痛，食冷饮则重，饥饿尤甚。腹部结核（结核性腹膜炎、肠结核、肠系膜淋巴结核），有少许渗出液、腹胀痛时，可投本方；若中毒症状明显、体温高于38℃以上者，应与抗痨药并用。
用于贫血，以疲劳乏力、烦热、腹中痛、纳少作为投药指征。过敏性紫癜、血小板减少性紫癜，具有小建中汤证者，宜投小建中汤。但对不具备小建中汤证的血小板减少性紫癜，笔者提倡使用柴胡桂枝汤。
用于治疗胃癌，以心下疼痛、胃有振水音、腹部痉挛急痛、脉软弱，或呕吐、纳差、呕血、便血，呈贫血衰弱症者为投药指征。
用于慢性肝炎，其投药指征为上腹部不适、肝区疼痛、食欲减退、恶心、乏力等。治疗食物中毒以过食寒凉、损伤脾胃、脾阳不振，胃阴亏损致脾胃虚寒腹痛为投药指征
用于术后肠粘连，其投药指征为腹痛、腰部挛急，头重，身乏力，下肢冷等。龙野一熊
根据脉证应用小建中汤1个月后，症状减轻，仍有肠鸣，下肢冷，投以大建中汤半个月后症状明显好转。
用于痛经和不孕症时，以素体虚弱、腹壁薄、按之柔软无力、自觉腹痛、纳少作为投药指征。
用于治疗人流术后腹痛以术后腹痛下坠，腰膝酸软，或腹部隐痛不适，倦怠乏力，白带较多或颜色粉红，舌质暗淡，舌苔薄白，脉象弦细或沉细为投药指征
。
用于治疗遗精，以阴阳不调，营卫不合，日久成虚为投药指征。以小建中汤酸甘化阴，甘温益阳，体阴阳和、营卫调则心安，心安则神静，固精室自静也
。
2～10岁的虚弱儿，易患多种疾病，这与某些特殊体质（胸腺淋巴体质、渗出性体质、过敏性体质）有关，因此，改善体质是治其本。投小建中汤可在改善体质的同时，使病向愈转化或减少疾病的发生，即所谓“大气一转，其结乃散”，长时间（1～12个月）投入有效，或据具体病情，也可将本方与小柴胡汤交替或合方应用。
用于夜尿症和尿频症时，以虚寒性体质、疲劳嗜卧、面色与营养均差作为投药指征。虚弱儿患肺炎时，病程缠绵，面色无华，纳少，肺部湿啰音迟迟不消失，贫血，宜投小建中汤。小儿疝气常常发生于虚弱儿，以腹壁薄、时腹自痛、疲劳嗜卧作为投药指征。虚弱儿患腹泻，或便秘，或湿疹，也常投本方调治，均有良效。
徐震等
以小建中汤治疗小儿肠痉挛症19例，以复发性脐周痛，或伴上腹部痛，甚至全腹痛，但不甚剧烈。每次持续5～70分钟，或自行缓解，或经腹部按摩、腹部热敷、肌肉注射解痉剂后缓解。每周发作1～2次，或每天4～5次，尤以每周发作7～8次者居多。伴随症状不固定，常见有恶心、呕吐、面色苍白、出汗、四肢不温，疼痛缓解后随之消失。多数病例间歇期如常人为投药指征。结果治愈14例，其中5例在第1疗程，9例在第2疗程，腹痛逐渐减少至消失，腹痛消失后继续服药1疗程，以巩固疗效。好转3例，每月仍有2～3次腹痛发作。2例进餐或进餐信号诱发者无效，总有效率90％。
眼底出血（中医称为暴盲），青年人以结核居多，老年人多为动脉硬化所致，以用过三黄泻心汤等苦寒泻下剂后体虚，具有小建中汤证者作为投药指征。患水泡性结膜炎时，具有乏力嗜卧、腹痛、纳少、汗出者宜投小建中汤。
用于腹型癫痫，以突发少腹疼痛，恶心呕吐，自觉有股凉气上冲，阻于咽喉，随即晕厥，口吐白沫，不省人事为投药指征。此由情志内伤，中焦虚寒，肝气乘脾而为患，用小建中汤温中补虚，补脾柔肝
。
用于抑郁症，以持续的疲劳感、运动迟缓或活动明显减少为投药指征。日本学者尾崎哲
用小建中汤治疗12例重度抑郁症患者，结果在2、4周后抑郁情绪的有效例分别为7例、10例。4周后焦虑、焦躁的有效例分别为7例、3例。妄想倾向的有效例为7例，并没有困倦无力等副作用。
即小建中汤加当归而成（详见当归建中汤）。
因肠粘连或肠道功能不全，引起大便不成形或水样便，伴有腹痛、腹胀、里急后重，投本合方颇有疗效。腹部手术后引起肠粘连或狭窄，而致肠蠕动亢进、时腹自痛、便秘者，为寒性便秘，非里实热证，若用承气下之，其便秘更重，投本合方疗效卓著。
本合方颇为常用，适应证是小建中汤主症（详见小建中汤）和小柴胡汤主症（详见小柴胡汤）的总和。此外，它对改善胸腺淋巴体质、渗出性体质、过敏性体质有效，连服1～12个月。胃手术后也应频投本合方以防止胃术后远期并发症。
本方为小建中汤合四物汤。用于缺铁性贫血、再生障碍性贫血、血小板减少性紫癜时，以气血两虚作为投药指征。
本方为小建中汤加黄芪，称黄芪建中汤（详见黄芪建中汤）。
本方为小建中汤合四逆散而成。本方证的特点为：疲劳嗜卧、时腹自痛、腹胀满、胸胁苦满、腹壁薄。凡符合此方证的消化系统诸病，如胃肠神经官能症、胃炎、胃溃疡、十二指肠溃疡、十二指肠壅积症、肠粘连证候群，均可应用。
小建中汤和小柴胡汤均用于改善体质，小建中汤偏重于治虚型的消化系统疾病，而小柴胡汤偏重于治疗呼吸系统疾病，同时也治疗寒热错杂型的消化系统疾病。小建中汤证、桂枝加芍药汤证、大建中汤证、桂枝加附子汤证均有腹痛，而小建中汤证突出腹中隐痛、喜按，大建中汤证突出腹中剧痛、肠鸣，桂枝加附子汤证突出表阳虚的漏汗以资鉴别。
李某，女，6岁。1980年4月21日初诊，患者全身皮肤有出血点伴关节痛、腹痛3天。3天前全身关节肌肉轻微疼痛，未引起家长注意，近3天来关节肌肉疼痛加重，伴有腹痛、呕吐，并发现全身有出血点。医院检查：心肺正常，肝脾未触及，血常规和血小板计数均正常，大便潜血试验（++）。尿常规：红细胞（+++）～（++++），蛋白微量。诊断为“过敏性紫癜”。来诊时查：患儿体质虚弱，面色无华，全身皮肤有出血点，脉弦，腹拘急。《金匮要略》曰：“虚劳里急，悸衄，腹中痛，梦失精，四肢酸痛，手足烦热，咽干口燥，小建中汤主之。”据此，投小建中汤4剂，服后其症大减，关节肌肉疼痛、腹痛明显减轻，出血点减少，呕吐消失。又投4剂后，诸症消失，尿常规正常，大便潜血转阴，再投3剂善其后。
小建中汤常用于消化系统的治疗，研究表明具有抗溃疡作用，延缓胃衰老，并能健胃、解痉、镇痛；具有抗炎、增强机体免疫力的作用；有护肝作用，可抗抑郁，对抑郁情绪、焦虑有效，但对意志减退、焦躁无效。