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四年副总统的任期转眼就要结束了，1800年大选又开始了。这一次，杰斐逊作为民主共和党的总统候选人，再一次和联邦党寻求连任的亚当斯展开角逐。
上一次总统竞选中，外交问题是竞选中非常重要的议题，但如今美法紧张关系已经缓和，拿破仑崛起后，杰斐逊对法国的热情也开始降低。所以此次大选，竞选议题开始转向国内。
在国内方面，亚当斯政府控制了各个权力部门，党同伐异，迫害异己，政治专横。对内颁布了不得民心的高压法令，严重侵犯了人民的权利。亚当斯的这些“政绩”，自然成为了民主共和党重点攻击的对象。
然而，联邦党通过《镇压叛乱法》，把敌对党的编辑送上了法庭，这让民主共和党的竞选力量遭到削弱。
但杰斐逊早在起草《独立宣言》时，就以理论见长。他和麦迪逊一起，起草了《弗吉尼亚决议案》和《肯塔基决议案》。这两个文件宣布亚当斯政府颁布的《镇压叛乱法》《外侨法》违宪。
杰斐逊这两份文件本身虽然没有取得太大成功，但它却把反对联邦党的民主共和党真正凝聚了起来。最终，共和党以73票对65票击败联邦党，赢得了总统大选。
此次选举是在近代史上，反对党第一次从执政党手中程序性地接管了国家政权，杰斐逊也因此成为美国历史上第一位在大选中击败执政党当选总统的在野党领袖。
此次选举之后，联邦党从此逐渐退出了历史舞台，随之而来的是民主共和党人长达二十多年的政治统治。
民主共和党虽然赢得了大选，杰斐逊虽然也是民主共和党的总统候选人，但杰斐逊要成为总统还遇到了一个麻烦。
这是因为在大选前，杰斐逊作为民主共和党总统候选人，而阿伦·伯尔作为民主共和党副总统候选人，一起参加了总统大选。
大选的结果是杰斐逊73票，伯尔也是73票，按照当时的规则票数第一的是总统，第二的是副总统。但现在票数一样，问题就变得有点麻烦了。
按照党内提名，伯尔起初是副总统候选人，此时似乎应该主动退让，干他的副总统去。但伯尔却拒绝让步，这样一来，就不得不由众议院投票，来决定由谁来担任总统。
按照宪法的原始设计，应由联邦众议院以一州一票决出总统。然而，在联邦众议院投票时，投票结果再一次出现平局。从1801年的2月11日到2月17日，众议院一共进行了36轮投票，依然无法决出谁做总统。
最后，还是退居民间的联邦党人汉密尔顿在权衡利弊后，动员联邦党人支持杰斐逊，杰斐逊才击败伯尔成为总统，而伯尔则成为副总统。
这次民主共和党内的总统之争，多少带些闹剧，经过30多轮投票决定正副总统之后，两个人之间难免会产生一些芥蒂，这为以后的合作治理国家埋下了隐患。
很显然，此次党内进行的这次总统争夺，是由于制度设计的缺陷造成的。为了解决这个问题，也为了减少不必要的内耗，1804年，美国通过了《宪法第十二修正案》。修正案规定，每个大选举团人可以投一张总统票，一张副总统票，而不再是两张总统票。
这看起来是一次技术性调整，实际上却是一次非常重要的变革。从此以后，美国的选举法，从选随意的两个人当正副总统，变为选同一个政党的两个人担任正副总统。