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不管总统竞选时出现了多少变数，亚当斯以3票的微弱优势成为美国第二任总统已经变成了铁的事实。1797年3月，亚当斯从华盛顿手中接过总统大权，开始了他为期四年的总统任期。
亚当斯就任总统之后，面临的一个最大问题就是对法关系。美国独立战争时期，为了反抗英国殖民统治，美国通过外交谈判，让法国为美国的独立作出了不少贡献。但华盛顿执政期间，他一直奉行亲英政策，这让法国非常不满，美法关系也随之恶化。亚当斯掌权之初，法国武装船只经常骚扰美国商船，美法两国随时都有可能会开战。
为了缓和美法关系，亚当斯派出三名代表去法国谈判。法国外长塔利兰德拒绝接见美国代表，并指示指派了三名法国代表和美国代表谈。此时，法国自认为占据优势，他们提出美国交给法国25万美元之后，才考虑恢复美法关系正常化问题。
法国的外交讹诈让亚当斯非常愤怒，他立即决定着手备战，用战争解决美法关系的问题。亚当斯的这个反应属于正常反应，但副总统杰斐逊等人却认为，亚当斯积极备战，属于反应过激。
亚当斯提出了外交谈判中，法国搞外交讹诈，但杰斐逊却不相信。他要求看相关外交文件，但亚当斯却拒绝了。这让杰斐逊和他领导的民主共和党认为，所谓法国外交讹诈只不过是亚当斯一手策划的、意图发动美法战争的借口而已。
很快，不仅民主共和党怀疑亚当斯积极备战的动机，就连联邦党内也要求亚当斯公开外交文件。
面对党内外的压力，亚当斯总统同意公布了外交文件，只是三个法国代表的名字分别用X、Y、Z代替，这就是后人所知道的“XYZ事件”。
这份外交文件公布以后，咄咄逼人的民主共和党变得低调起来，普通民众则对法国的外交讹诈异常愤怒，他们纷纷同意对法开战。
亚当斯总统在国内的政治压力减轻了，但他却很清楚，刚刚成立的美国此时对美法战争的准备并不充分，盲目对法开战，可能会对美国不利，所以亚当斯总统又尽量避免把美国拖入战争。
为此，美法两国进行了两年的“准战争”。直到1799年，亚当斯再次派出代表和法国谈判。这一次，法国接受了美国代表，并与美国达成了协议，使两国关系逐渐走向正常化。
总的来说，亚当斯政府是第一个具有明显党派性的全国政府，联邦党人控制了各个权力部门，党同伐异，迫害异己，政治专横。对内颁布了不得民心的高压法令，严重侵犯了人民的权利。对外实行亲英政策，使美法关系走到了战争的边缘。
四年总统任期内，亚当斯的口碑并不太好，开国元勋之一的本杰明·富兰克林因与亚当斯政见不合，就指责他是“该死的美国暴君”“一个全人类都应该诅咒的恶棍”。
随着四年总统任期即将届满，新一轮的总统竞选开始了。这一次，亚当斯的对手依然是民主共和党的候选人杰斐逊。
在这次大选中，亚当斯有两个不利因素。一个是，在他的四年总统任期内，政绩平平，却又有些独裁专制，侵犯了人民权利。
另一个不利因素来自联邦党内部。上一次总统竞选时，联邦党创始人汉密尔顿虽然比较支持平克尼，但对亚当斯的排斥还不是很大的。但这一次，汉密尔顿已经和亚当斯彻底闹僵了，亚当斯轻蔑地称汉密尔顿为“苏格兰小贩的乳臭未干的私生子”，而汉密尔顿则写了本小册子，指责老亚当斯的不足。
联邦党两大元老级人物的互掐，让民主共和党大喜过望，他们把汉密尔顿的小册子称为“天上掉下来的馅饼”。
联邦党遭遇的危机，似乎并没有阻止亚当斯竞选总统的激情，或者也可以解释为，眼看自己的任期将近，亚当斯要抓紧机会赶紧做一些事情。1800年11月，在新一届总统大选前夕，亚当斯总统完成了一件在美国历史上影响深远的大事——把首都从费城迁到华盛顿。这次迁都，也使亚当斯成为首位入主白宫的总统。
但亚当斯充当白宫主人的日子并没有持续多久，在几天后举行的大选中，陷入分裂和内讧的联邦党输掉了大选，杰斐逊成为了下一任总统。
眼看下一任总统即将上任，亚当斯总统又干了两件很有趣的事情。一件事是在即将卸任前的几个小时内，他匆匆通过了《司法法令》，并任命了一批联邦党人出任法官和基层法院职务，这就是被后人所知的“午夜任命”。
第二件事是在完成“午夜任命”之后，1801年3月4日早晨，亚当斯起床之后悄悄离开了白宫，他并没有参加继任者杰斐逊总统的就职典礼，这无疑算是一种缺乏绅士精神的行为。
离开白宫之后，亚当斯回到了马萨诸塞州昆西市的家中，开始了自己的学术征程，偶尔也参加一些政治活动。
尤其值得一提的是，在亚当斯89岁时，他的儿子约翰·昆西·亚当斯当选总统，父子都成为总统，这是华盛顿、杰斐逊等美国元勋都体会不到的。
1826年7月4日是亚当斯参与起草的美国《独立宣言》诞生50周年纪念日，也是美国的国庆日，这一天，90岁高龄的亚当斯在昆西与世长辞。
亚当斯临终前的最后一句话是：“好在杰斐逊依然活着。”但他哪里知道，曾在大选中输给过他，也击败过他的杰斐逊，刚刚在数小时前先他而去了。