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1792年美国第二次总统大选开始了，这个时候尽管杰斐逊等人发起的民主共和党已经开始不断壮大，但华盛顿的威望依然无人可以代替，所以他再一次被一致推举为总统。
在第二个总统任期内，华盛顿总统遇到了一个麻烦，那就是英法战争。1793年4月，英法开启战端，一个是曾经的“祖国”，一个是独立战争期间并肩作战的盟友，无论选择支持哪一方，都会得罪一部分民众。最后，华盛顿选择了中立。
当然，华盛顿的这个选择并不能让华盛顿逃避掉麻烦，在国内，他受到了亲法派的攻击，亲法的首领杰斐逊还为此辞去了国务卿一职。
在国际上，曾经帮助美国赢得独立的盟友法国，自然是愤愤不满，法国驻美公使公然煽动美国国内亲法势力的亲法情绪，并安排武装让美国船只骚扰英国船只。
来自英国的挑战也给华盛顿总统带来了不少的麻烦。当时的美英关系急剧恶化，国会已作了战争准备。
对于可能会爆发的英美冲突，华盛顿的目标则是避免同英国的一场战争。1794年4月，华盛顿派亲英派主要成员、最高法院首席法官约翰·杰伊为特使，赴英交涉，并与英国签订了《杰伊条约》。
《杰伊条约》虽然还有一些诸如英国可以强迫美国民众服役等英美之间的问题没有解决，但它还是缓和了美英关系，保全了和平，保证了美国西部领土的完整，并为美国向西扩张奠定了基础。
《杰伊条约》换来的美英和平一直持续到1812年，利用这段和平时期，新生的美国实力开始迅速壮大，等到1812年美英战争爆发时，美国的实力已经不可小觑。所以后世认为，华盛顿当时采取避免美英冲突的做法，算是韬光养晦，无疑是非常正确的。
随着两届总统任期即将届满，1796年9月17日，华盛顿总统发表了他的著名的《告别辞》，总结了自己一生的政治经验，向他的同胞提出了谆谆忠告。
华盛顿呼吁全国要保持团结，珍视联邦，遵守联邦法律、服从选举结果。他反对以一个党派的意志来代替国家所代表的意志，他警告说，党争将导致国家的分裂。他告诫他的同胞们，要与一切国家自由友好和睦相处，以正直、公正的感情来对待一切国家。
在华盛顿的诸多告诫中，关于反对党争的告诫后来起到的作用较小。在他离任之后，汉密尔顿、亚当斯的联邦党和杰斐逊的民主共和党开始崛起，并很快展开了党争，并使得最后在美国出现政党制度。
除了避免党争的这个告诫之外，华盛顿的其他告诫，后来大都被美国历代统治者奉为圭臬，对美国后来的政治生活有着十分重大的影响。
1797年3月4日，华盛顿向他的继任者约翰·亚当斯和平移交了权力，从而在这个新国度里，创立了有条不紊地和平移交最高权力的范例，并由以后历届的离任总统所信守。
离任之后，华盛顿再次返回弗农山庄。在这里，华盛顿接待了无数位朋友、战友、老部下以及一些慕名而来的人。
当美法关系出现紧张的时候，为了警告法国，华盛顿被新总统约翰·亚当斯任命为美国陆军的中将（在当时这是军中最高的阶级了）。但这只是象征性的任命，因为华盛顿并没有真的服役。
在生命的最后一年，华盛顿又遇到了一个麻烦，当时因为地产出售和租赁的款项没有能够及时支付，而那个时候华盛顿缴纳税款和招待客人的开支又特别巨大，华盛顿不得不在自己67岁的时候，第一次向银行借贷。
1799年12月的一天，华盛顿在一个雨夹雪的天气中骑马巡视了庄园。5个小时后，他回到庄园，并穿着湿衣服写了几封信。第二天，华盛顿被确诊为扁桃体炎，两天后的12月14日，华盛顿永远地离开了人世。
除了一缕头发被剪了下来，华盛顿的遗体被放进了灵柩，上面写着“波涛汹涌的大海”“荣誉归于上帝”，并被安葬在弗农山庄的家族墓地。
由于华盛顿扮演了美国独立战争和建国中最重要的角色，华盛顿后来被称为“美国国父”，学者们则将他和亚伯拉罕·林肯、富兰克林·罗斯福一起并列为美国历史上最伟大的总统。