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“七七”事变以后，蒋介石在表面上虽然接受了中国共产党所提出的一致联合起来抗日的主张，而暗地里却更加积极地进行反共防共的阴谋活动。国民党政府从南京逃到武汉以后，在珞珈山举行的国民党临时全国代表大会上，蒋介石便提出要增加一个庞大的特务机关，把原来由陈立夫领导的军事委员会调查统计局交与戴笠，另在中央党部内设立一个同样的调查统计局，以加强他反共反人民的特务力量。
蒋介石当时虽有意提拔戴笠，但苦于他的资历不够，只好指定侍从室第一处主任贺耀祖为局长，以戴为副局长负实际责任。但对郑介民的安排却成了问题，蒋不让郑介民离开这个特务组织，又不便设两个副局长，最后才决定叫郑兼任军统局的主任秘书，协助戴笠工作。
郑介民对这个安排很不乐意，老蒋的命令又不敢不听，就想方设法不去军统局上班，除了没说自己大姨妈来了，其他借口是无所不用其极。除了军统的几个上层以外，别说负责的外勤特务不知道军统有个主任秘书，就连内勤人员也有些人不知道还有主任秘书这棵葱。
郑介民不想掺和军统的事，戴笠却是很高兴，权力就如喝牛奶，挤一点少一点，自己还可以把这多出的牛奶赏给别人，收买人心可不是一般的管用。
郑介民对军统局这个主任秘书的职位不感兴趣，他老婆对这个职位却宝贝得要死，军统工资高不说，福利不是一般的好：帮郑介民报销汽油费，帮家里掏老妈子的工资，帮着付家里的人情来往的费用。军统下属的缉私署、货运局、交通检查处平常的孝敬更是不少。郑介民不去军统，他老婆去得却不少，有事没事要到军统遛个弯，不盯紧点，保不定哪个没良心把俺老郑的那一份好东西就给吞了。
戴笠不在重庆，军统局里的事照例应该由郑介民主持。毛人凤最头痛的就是这事，郑介民来拿东西时脚步特快，一说要他主持工作，别说脚尖不冲着军统局，接电话也是推三阻四、挂机走人。电话打得多了，毛人凤找到规律了，郑介民是属大烟枪的，只要他老婆咳嗽一声，保准屁颠屁颠去军统局上班，从不误事。
抗日战争开始不久，蒋介石就想请英国帮助中国组建一支突击部队。郑介民对此很感兴趣，就托人向蒋介石说情，希望派他去担任这项任务。蒋介石认为郑介民没有带兵打仗的经验，不适宜搞这种工作，另派李默庵去筹备组建英国机械装备的突击部队，郑又一次感到很大失望。郑介民一方面叹惜自己没有带兵打过仗，“武”的气质不够，一面又醉心于想当一个“儒将”。当时反动派中许多将领，都有“武人唯恐不能文”的思想。
当参谋本部改组为军令部之后，郑介民却意外地被蒋介石提升为该部第二厅中将副厅长。这样虽使他安下心来，却仍不忘情于带兵的工作。1939年陆军大学设立将官班，专门调训国民党中高级军官，他便请求带职去受训。当时有人问他，为什么还要去进陆军大学？他很高兴地说：“现在规定军事机关和部队的幕僚长都要陆大毕业，如果我不是，不但没有机会带兵，不懂业务，无法工作。如果和陆大学生不是同学关系，也不易驾驭，所以非去不可。”
1939年9月，郑介民进入陆军大学将官班学习。当时的陆大设在贵州遵义，有些参加培训的高级军官就是纯粹来镀金，报名、画沙盘什么的都由参谋代办，自己则跑到重庆、贵阳吃喝玩乐。即使来了，也只是敷衍了事，反正是混一个学历。郑介民在这段时间内却与众不同，他非常认真地学习，有空还从事写作。他偶尔回重庆几天，也是到军统局和第二厅去要一些资料。他老婆经常写信骂他，说别人常常回来，你却不想家，还疑心他在遵义玩什么花样，曾两次偷偷地跑到遵义，看到他的确是在埋头学习和写作才放了心。
几年间，郑介民从军统局与第二厅的档案中搜集了不少材料，先后编写了《军事情报学》、《谍报勤务教范草案》、《游击战术之研究》等几本书。国民政府对他这种肯钻研和写作的精神很是欣赏，后来授给他一枚“积学勋章”。郑介民对这枚勋章极为重视，认为是最难得的“荣誉”，经常爱把它拿出向人炫耀，以显示他是个“文武双全”的“儒将”。
郑介民担任军令部第二厅副厅长期间，还于1940年下半年起，兼任“中苏情报合作所”副所长，所长由二厅厅长杨宣诚兼任。
郑在兼任副所长期间，平日也很少过问该所的工作，一直交由军统去搞。有人问到他这个所的情况时，他总是神秘地说：“这是秘密，暂时还不宜公开，将来等到对日作战取得最后胜利，一定会有惊人的成绩在报上公布的。”实际上他有许多问题也弄不大清楚，除了邀请苏联人员赴宴时他去参加一下，连设在南岸的侦测总台都没有去看过一次。谢力公有事也是直接找戴笠请示，有些事告诉他一声，有些连事后都不和他谈，他也从来不去追问。