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柏拉图的《申辩》由三次演说组成，即正式的申辩辞、提出刑罚的演说、判死刑之后的演说。有些研究者径直按照这三部分划分结构，但很多研究者更喜欢按照主题和内容划分。我们在翻译和义疏中，将会基于这三次演说的基本结构，然后根据主题阐释。对于更详细的结构、内容及其含义，读者应该在全文的翻译和后面的义疏中来体会。我们在此先勾勒出一个大体的轮廓，使读者在阅读《申辩》的诠释与研究史时不至于摸不清线索。
由于《申辩》是苏格拉底针对莫勒图斯等人的控诉所作的辩护，其中的一个核心主题，就是苏格拉底的哲学活动与城邦政治之间的关系。在“义疏”中，我们会把这个问题总结为哲学与政治的冲突。无论哲学还是政治，在当时雅典文明的语境下，其目的都是为了美好的生活。苏格拉底的哲学是对美好生活的思考，政治是对美好生活的现实追求。但因为哲学和政治各有各的逻辑，两种对美好生活的追求就会非常不同。而在历代对《申辩》的诠释中，人们对这对矛盾的理解也不尽相同。比如，罗马的道德楷模老加图站在政治秩序和道德风尚的角度，就认为苏格拉底的哲学是对政治秩序的一种破坏。作为罗马历史中备受尊重的人物，老加图竟然对苏格拉底提出这样的控诉，这至少提示我们，莫勒图斯等人对苏格拉底的控诉并不是简单的意气之争或泄私愤，而是体现了一种更严肃的对立与冲突。再比如，当自由民主逐渐成为现代文明的一种意识形态之后，有些人也会批评苏格拉底对民主制的反对。这一控诉无疑继承了伯利克拉底的批评。当然，反过来也会有人认为，苏格拉底面对政治的不屈服，表明了一种高贵的人格和对暴政的蔑视，甚至是现代的公民不服从传统的先驱。
与哲学与政治之争紧密相关的，就是不虔敬的罪状。从表面上看，这是一条宗教罪状；但在当时的雅典，这种宗教罪状仍然是和城邦政治紧密相关的。对城邦诸神的不敬，就是对城邦政治的蔑视。不过，在基督教时代，对这个问题的理解会发生相应的变化，因为在中世纪和现代基督教文明中，至少从理论上，政治与宗教逐渐分离开来。基督教时代的人们常常会为苏格拉底的不虔诚之罪赋予新的意义。比如，早期的一些基督徒批评苏格拉底不虔诚，就是因为他对希腊的多神宗教反对得不够彻底。但有些基督徒认为，苏格拉底之所以被多神论的雅典控告，是因为他在宣讲一种一神论的宗教。在殉道者游斯丁的时代，就已经有了这种把苏格拉底基督教化的倾向，文艺复兴以后，这是更常见的说法。同样出于类似的观念，苏格拉底与耶稣之间的类比，也一再出现。到了启蒙运动以后，对苏格拉底不虔敬的理解又有了新的倾向，即把苏格拉底与城邦宗教之间的对抗，类比为新的启蒙观念与传统教会之间的对立。
苏格拉底在谈到自己的哲学活动的时候，通过德尔斐神谕讲出了最富苏格拉底特色的智慧观：“无知之知”。德尔斐的阿波罗说苏格拉底是最智慧的人，苏格拉底在探访了政治家、诗人、匠人之后，认为，神谕的意思是，只有苏格拉底知道，自己什么都不知道；对于不可能有真正智慧的人来说，苏格拉底的这种自知之明就是最高的智慧。苏格拉底由此发明了他独特的否定性求知方法，即并不肯定什么是知识，而只是不断否定各种伪知识。苏格拉底认为，他这样督促雅典人关心自己的灵魂，是一项神圣的使命。在柏拉图的《申辩》中，这种“无知之知”一方面与智者们的专业知识区别开来，另一方面与一般雅典人的强不知以为知相对照。智者们只有专业知识，但是无法探究人的美好生活；雅典人不知道人与神的根本距离，在求知上没有一种必需的谦卑态度。对于这种无知之知，后人也有无数的解释。早在希腊时代，怀疑主义就用这一说法来为自己正名。而基督教用这一观念来理解上帝的绝对不可知和人与神之间的永恒距离。伊拉斯谟在《愚人颂》中用保罗在《哥林多前书》中谈到的智慧与愚拙的吊诡来理解苏格拉底关于知识的这种辩证法。在崇尚理性的时代，卢梭用这一观念批判科学与艺术。康德对于纯粹的理性批判，从更深的角度运用了苏格拉底的否定性智慧，黑格尔更是用他的辩证法思想，重新阐释了苏格拉底与城邦之间的对立。“苏格拉底的辩证法”和“苏格拉底的反讽”这些著名的命题，都是由“无知之知”命题衍生出来的。
苏格拉底不仅把他的哲学活动当成一种神圣的使命，而且在《申辩》中叙述了德尔斐神谕、三次战役、两次政治活动这些早年经历。《申辩》虽然比很多柏拉图对话短，却是唯一一个包含苏格拉底对自己的这些活动的描述的对话。因而，《申辩》成为人们了解苏格拉底其人的重要资料。人们对《申辩》的重新理解，很难说是对苏格拉底这个人的理解，还是对柏拉图思想（或柏拉图笔下的苏格拉底）的理解。特别是，人们总是把这篇对话与《游叙弗伦》、《克力同》、《斐多》，以及色诺芬的若干著作结合起来读。对于道德化的苏格拉底以及他所宣称的神圣使命，后代也有各种不同的理解。像斯多亚学派，就首先用《申辩》来理解苏格拉底这个道德楷模。进入基督教时代，特别是现代以来，把苏格拉底与耶稣对比成为一种常见的趋势。而蒙田则更看重苏格拉底的人格和对灵魂的关心。到了当代，克尔凯郭尔、福柯、阿多等哲学家都从关照灵魂这一点来理解苏格拉底的独特道德观念。
苏格拉底的使命是一个哲学使命，也是一个教育使命。 [5] 他把自己比喻成一只牛虻，不断提醒雅典人关心自己的灵魂。而他的第二个罪名，就是败坏青年。苏格拉底有自己独特的教育方式。他否定了智者们那种在收取学费后才传授的专家式教育，甚至否认自己是老师。他的教育方式，就是辩证的对话。这使他无法为受他影响的青年们的行为负责，尤其无法为阿尔喀比亚德和克里提亚等人负责。关于苏格拉底的教育，也一直有不同的理解。在老加图对苏格拉底的批判中，一个重要方面就在于苏格拉底败坏了纯朴的道德风尚。而经受了基督教洗礼的人们常常把苏格拉底与耶稣对比。伊拉斯谟在《愚人传》中甚至把柏拉图与彼得对比。苏格拉底的辩证法也不断得到人们的重新认识，特别是在黑格尔那里形成了一整套新的辩证观念。
“苏格拉底的反讽”在西文中已经成为一个成语。苏格拉底经常表现出自己特有的幽默和谦虚。他说自己什么也不知道，虚心向别人请教，但总是把别人陷入窘境的苏格拉底究竟真的认为自己什么也不知道，还是只是用这种故作谦卑的态度设一个局，让别人往里面跳，这也是一个争论不休的问题。当时的雅典人显然就不相信他真的认为自己无知，而伊拉斯谟的《愚人颂》充分相信他的愚拙，并给以一个非常基督教化的解释。对这个问题最充分的解释，当然是克尔凯郭尔的名著《论反讽概念》。苏格拉底的反讽，充分体现了其哲学思考中的喜剧品格。
苏格拉底在《申辩》和别的一些对话中都不断谈到，有一个精灵的声音总是阻止他做不好的事。游叙弗伦就以为，正是这个精灵导致了苏格拉底不虔敬的控告。新柏拉图主义者阿卜莱乌斯就这个精灵大做文章，把它说成诸神和人之间的一种半神。但恰恰是阿卜莱乌斯的这种演绎，在基督教时代给苏格拉底带来了麻烦，使很多神学家都确信苏格拉底是应该谴责的异教徒。到了现代，这个精灵的命运又发生了变化。法国人Cyrano de Bergerac在一本幻想的小说中让苏格拉底的保护神在月球上教给自己知识。而到了黑格尔、克尔凯郭尔，以及尼采等人对苏格拉底的重新理解中，这个精灵又被赋予了现代哲学的新意义。
死亡是《申辩》中的最后一个主题。苏格拉底说他并不害怕死亡，因为他并不知道死后是不是真的不好。他甚至设想了死亡可能是好事的两种可能：完全失去知觉或移居冥府。这个主题无疑与《斐多》中对灵魂不朽的说法形成对应。对于苏格拉底的死亡观的理解，后来也有各种说法。他对待死亡的镇静态度得到了斯多亚哲学的崇拜，塞涅卡等人甚至效法他的死亡方式。后来，苏格拉底之死经常与耶稣之死并列，基督徒们会认为他是和耶稣一样的牺牲者。蒙田对苏格拉底之死也抱以极大的钦佩。而到了克尔凯郭尔那里，他对死亡的态度则成为其整个反讽概念中的一部分。
以上是对《申辩》主题的粗略勾勒，虽然有一些更细的问题并没有列出来，但历史上对《申辩》的理解大体在这些问题的框架之内。