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这一篇主要讲述了人体部位、手足经脉与阴阳、干支的对应关系。不同的月份，十二经脉的经气盛衰不同，针刺的原则是不宜针刺当月经气偏盛的经脉，以免损伤经脉之气。
黄帝曰：余闻天为阳，地为阴，日为阳，月为阴，其合之于人，奈何？岐伯曰：腰以上为天，腰以下为地，故天为阳，地为阴。故足之十二经脉，以应十二月，月生于水，故在下者为阴；手之十指，以应十日，日主火，故在上者为阳。
黄帝问：我听说天属阳，地属阴，日属阳，月属阴，阴阳与人体是怎样配合的呢？岐伯说：人体的腰以上叫天，属阳；腰以下叫地，属阴。所以下肢十二条经脉，同地支十二个月相对应，这是由于月是太阴之精所生成的，具有水的性质，所以下肢的经脉属阴。手的十根手指，同天干十日相应，这是由于日是太阳之精所生成的，具有火的性质，所以上肢经脉属阳。
本篇名为“阴阳系日月”，首先提出，人体部位的阴阳划分，以及手足三阴三阳的划分，基本是和十二月、十日相对应的。而十二月份、十天干纪日，则是通过太阳、月亮的运行来界定的。我们都知道，天为乾，地为坤；天为阳，地为阴。那么对应太阳、月亮的卦象分别是什么呢？就是离和坎。离为火，坎为水，王充《论衡·说日》说：“夫日者，火之精也；月者，水之精也。”古代人没有钟表，他们是通过自然界的万物，通过日月星运行轨道的变化，来认识时间，来纪时、纪日、纪月、纪年的。像《诗经·豳风·七月》里的“七月流火，九月授衣”，其中“七月流火”指的就是大火星，也就是心宿二，向西方移动、下落，这一天文现象被古人视为夏去秋来、天气转凉的标志。
在本节中，岐伯指出了日月阴阳与人体的对应关系：腰以上的部分对应天，属阳，人的十指与天干十日对应；腰以下的部分对应地，属阴，下肢的十二经脉与地支的十二个月对应。陈抟在《河洛理数·大易数妙义》中提出：“凡一二三四五六七八九十之数，乃天地四时节气也。”十天干，十二地支，都是纪日纪月的数字，现在学界的普遍观点是：十日指的是一旬十日，十二地支指的是一年十二月。天干为日所主，一日即一个太阳升降的循环，其从日出，具有火的性质，因此属阳；地支为月所主，一月即一个月亮盈缺的循环，其从月出，具有水的性质，因此属阴。这也是张介宾的观点。另有一说认为，天干十日是从上古太阳月的纪年法而来的，根据一年当中太阳位置的变化，将一年划分为十个月。与此对应的十二地支，则是根据月亮的周期性变化，将一年划分为十二个月的太阴月纪年法。无论持哪种观点，天干十日为阳，地支十二月为阴，并分别与人体上身、下身的经脉相对应，这种关系是不变的。
黄帝曰：合之于脉，奈何？岐伯曰：寅者，正月之生阳也，主左足之少阳；未者，六月，主右足之少阳；卯者，二月，主左足之太阳；午者，五月，主右足之太阳；辰者，三月，主左足之阳明；巳者，四月，主右足之阳明。此两阳合于前，故曰阳明。申者，七月之生阴也，主右足之少阴；丑者，十二月，主左足之少阴；酉者，八月，主右足之太阴；子者，十一月，主左足之太阴；戌者，九月，主右足之厥阴；亥者，十月，主左足之厥阴。此两阴交尽，故曰厥阴。
黄帝问：十二月、十日怎样同经脉相配合呢？岐伯说：正月寅月，此时阳气生发，主左侧的足少阳胆经；六月未月，主右侧的足少阳胆经；二月卯月，主左侧足太阳膀胱经；五月午月，主右侧足太阳膀胱经；三月辰月，主左侧足阳明胃经；四月巳月，主右侧足阳明胃经。三月、四月介于少阳、太阳之间，两阳合明，所以称为阳明。七月申月，阴气生发，主右侧足少阴肾经；十二月丑月，主左侧足少阴肾经；八月酉月，主右侧足太阴脾经；十一月子月，主左侧足太阴脾经；九月戍月，主右侧足厥阴肝经；十月亥月，主左侧足厥阴肝经。九月、十月为阴尽，所以称为厥阴。
本节说明了十二月与足部经脉的对应关系，值得一提的是阳明、厥阴两个概念。“三阴三阳”是中医所特有的阴阳体系，其名称最早见于长沙马王堆出土的医学帛书《足臂十一脉灸经》及《阴阳十一脉灸经》，而其概念的确定与体系化则有赖于《黄帝内经》。《素问·至真要大论》里记载：“帝曰：善。愿闻阴阳之三也何谓？岐伯曰：气有多少，异用也。帝曰：阳明何谓也？岐伯曰：两阳合明也。帝曰：厥阴何也？岐伯曰：两阴交尽也。”可见三阴三阳的划分标准是“气”的多少。高、低，盛、衰，老、少，这样的二分法，我们都很熟悉了，像《周易》就把阴阳分为少阳、老阳，少阴、老阴，那么《黄帝内经》中出现的阳明和厥阴，又代表什么呢？经文给出的解释是“两阳合明”和“两阴交尽”，阳明，是太阳和少阳两阳相合、相交；厥阴，是指太阴和少阴相交，阴气到了极点的时候就是厥阴了。它相当于是把两个端点、两个分类交汇，发展出了一套更为复杂的体系。这应该说是一种思维上的进步。
甲主左手之少阳，己主右手之少阳，乙主左手之太阳，戊主右手之太阳，丙主左手之阳明，丁主右手之阳明。此两火并合，故为阳明。庚主右手之少阴，癸主左手之少阴，辛主右手之太阴，壬主左手之太阴。
甲日主左侧手少阳三焦经，己日主右侧手少阳三焦经，乙日主左侧手太阳小肠经，戊日主右侧手太阳小肠经，丙日主左侧手阳明大肠经，丁日主右侧手阳明大肠经。丙、丁都属火，两火合并，所以称为阳明。庚日主右侧手少阴心经，癸日主左侧手少阴心经，辛日主右侧手太阴肺经，壬日主左侧手太阴肺经。
以上两节主要介绍了天干地支与人体经脉的对应关系。首先是地支与足部经脉的对应。按照夏代历法，每年的正月是从地支的寅时开始的，然后按地支的顺序向下排。在这里，一年中阴阳的消长变化规律与地支及足部十二条经脉构成了一个完整的体系，如图所示：
一年中的阴阳消长与地支、足部经脉的对应关系
在阴阳学说里，左为阳而右为阴，因此，寅、卯、辰所代表的正月、二月、三月，阳气逐步增长，合于左侧的足少阳、足太阳、足阳明三条经脉；巳、午、未所代表的四、五、六月，阳气逐渐衰退，合于右侧的足阳明、足太阳、足少阳三条经脉。以下同理可知，七、八、九月也就是申、酉、戌月，合于右侧的足少阴、足太阴、足厥阴，十、十一、十二月也就是亥、子、丑月，合于左侧的足厥阴、足太阴、足少阴经。三阴三阳的排列都是从少阳、少阴开始，到阳明、厥阴结束。这是因为阳明是阳气到了极点，厥阴是阴气到了极点就要绝尽。阳极则阴生，阴极则阳生，是以在五月有夏至，一阴生，六月二阴生，七月三阴生而阴气生发，于七、八、九这三个月阴气逐渐上升；在十一月有冬至，一阳生，其后十二月二阳生，正月三阳生而阳气生发，于正月、二月、三月阳气不断壮大。十二个月的阴阳变化规律，与十二辟卦所示的阴阳消长关系是一致的，十二辟卦在前文已有叙述，此处不再重复。
接着岐伯又说明了十日十天干与手经脉的对应关系，比如甲日主左侧手少阳三焦经，己日主右侧手少阳三焦经；丙日和丁日分别主左侧和右侧的手阳明大肠经，因为丙、丁都属火，两火合并，所以称之为阳明。总之在十天干当中，甲乙属木，丙丁属火，戊己属土，庚辛属金，壬癸属水。在这里，木火土与属阳的经脉对应，金水与属阴的经脉对应。值得注意的是，在天干所对应的经脉中，并没有手厥阴心包经。这是因为早期它是附属于手少阴心经的，因此没有将它独立出来。
故足之阳者，阴中之少阳也；足之阴者，阴中之太阴也。手之阳者，阳中之太阳也；手之阴者，阳中之少阴也。腰以上者为阳，腰以下者为阴。其于五脏也，心为阳中之太阳，肺为阴中之少阴，肝为阴中之少阳，脾为阴中之至阴，肾为阴中之太阴。
因此位于下肢的足三阳经，为阴中的少阳。位于下肢的足三阴经，为阴中的太阴。位于上肢的阳经，为阳中的太阳，阳气最盛。位于上肢的阴经，为阳中的少阴，阴气微弱。在腰以上的部分为阳，在腰以下的部分为阴。用这个规律来说明五脏的阴阳属性，心位于膈上，属火，是阳中的太阳；肺位于膈上，属金，是阴中的少阴；肝位于膈下，属木，是阴中的少阳；脾位于膈下，属土，是阴中的至阴；肾位于膈下，属水，是阴中的太阴。
本节主要讲了人体阴阳的划分。根据天干地支所对应的脏腑经络，将足部的十二条经脉分为阴中之阳与阴中之阴，将手部的十条经脉分为阳中之阳与阳中之阴。心肺位于腰之上，并为手之经脉。其中，心为手之阳，为阳中之太阳，肺为手之阴，为阴中之少阴；肝脾肾位于腰之下，并为足之经脉，其中肝为足之阳，为阴中之少阳，脾为足之至阴，肾为足之太阴。
黄帝曰：以治之奈何？岐伯曰：正月、二月、三月，人气在左，无刺左足之阳；四月、五月、六月，人气在右，无刺右足之阳；七月、八月、九月，人气在右，无刺右足之阴；十月、十一月、十二月，人气在左，无刺左足之阴。
黄帝问：在治疗上应该怎样运用这些道理呢？岐伯说：正月、二月和三月，人体的阳气偏重于左侧的阳经，所以不宜针刺左侧的足少阳胆经、足太阳膀胱经和足阳明胃经。四月、五月和六月，人体的阳气偏重于右侧的阳经，所以不宜针刺右侧的足阳明胃经、足太阳膀胱经、足少阳胆经。七月、八月和九月，人体的阴气偏重于右侧的阴经，所以不宜针刺右侧的足少阴肾经、足太阴脾经和足厥阴肝经。十月、十一月和十二月，人体的阴气偏重于左侧阴经，所以不宜针刺左侧的足厥阴肝经、足太阴脾经和足少阴肾经。
本节提到不应该针刺当季经气偏盛的经脉，这是针法的原则之一。在正月、二月、三月时，阳气生发，人气旺盛于左侧的足少阳、足太阳、足阳明三条经脉；到了四月、五月、六月，阳气转衰，人气旺盛于右侧的足少阳、足太阳、足阳明三条经脉；七月、八月、九月里，阴气上升，人气旺盛于右侧的足少阴、足太阴、足厥阴三种经脉；十月、冬月、腊月里，阳气上升，人气旺盛于左侧的足少阴、足太阴、足厥阴三条经脉。这一段论述，反映了《黄帝内经》中天人相应思想的另一个部分：天人相动。天人相动指的是，人体的生理功能节律会随着天地四时之气的运动变化而改变，在这里具体表现为，人体之气随着天时的变化而变化，根据天时之阴阳的消长，不同的经脉之气也会有规律地转盛转衰。因此医生在进行针刺时要顺应天时，注意避开当季人气较旺盛的经脉，以免影响人身之气的正常运转。
黄帝曰：五行以东方为甲乙木，王春，春者，苍色，主肝，肝者，足厥阴也。今乃以甲为左手之少阳，不合于数，何也？岐伯曰：此天地之阴阳也，非四时五行之以次行也。且夫阴阳者，有名而无形，故数之可十，离之可百，散之可千，推之可万，此之谓也。
黄帝说：从五行来说，东方为天干中的甲、乙，属木，木气旺于春季，对应青色，主肝脏，对应的经脉是足厥阴肝经。现在却以甲对应左侧的手少阳三焦经，这和天干与五行的搭配规律不相符，这是怎么回事？岐伯说：这是根据天地阴阳变化的规律来配合天干地支的，而不是按照四季的五行属性来配合。并且阴阳这个概念，是抽象的属性的概念，而不是具体的实物的概念，既可以单指一种事物，也可以推演到十种、百种、千种、万种乃至无数种事物。上述情况就是由于这个道理。
这一节中黄帝提出了天干与五行搭配的一些疑问。甲乙属木，对应春天，主肝，对应足厥阴肝经，但在这里甲对应的却是手少阳三焦经，这是怎么一回事呢？岐伯回答说，这是因为分类标准的不同，在本篇中，以甲为天干之首作为分类依据，所对应的就是阳之初起的少阳经。接下来他又进一步说明了这种分类的理论依据，即阴阳的无限可分性和相对性。阴阳具有无限可分的特性，这也是由其相对性决定的。譬如春夏为阳，而秋冬为阴，而在春、夏、秋、冬之中，又可以再分出阴阳，春为阳中之阳，夏为阳中之阴，秋为阴中之阴，冬为阴中之阳。对于生活中的事物，这种无限分类也是适用的。阴阳的无限可分性，实际上也是一个不断缩小对比范围的过程。阴阳的相对性，是指在不同的对比标准下，阴阳的划分也有区别。譬如人的身体，从上下分，则腰之上为阳，腰之下为阴；从前后分，则背为阳而腹为阴；从表里分，则皮表为阳，内里为阴。
本篇介绍了人体阴阳的划分及各条经脉与天时的对应关系。针刺前要充分考虑到天时对于经脉气血盛衰的影响，不宜刺当月经脉之气旺盛的经脉，后世的子午流注针法在实践中发展了这一观点。