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“西窗白，纷纷凉月，一院丁香雪”。在清华学堂里，工字厅外，那一串串白色、紫色的丁香缀满树枝，竞相开放。空气中弥漫着淡淡的素雅的清香，沁人心脾。开学伊始，清华学堂就爆出了首任教务长胡敦复的辞职风波。
胡敦复生于江苏无锡，祖父为当地知名教谕；父亲和仲叔是颇有影响的教育家和水利事业家。他早年就读于南洋公学，师从蔡元培（1868—1940，浙江绍兴人），后在上海复旦公学学习。1909年7月获美国康乃尔大学理学学士学位，回国后在南京江南高等学堂任教。1910年4月，游美学务处总办周自齐聘任他为学务处学务提调，负责游美肄业馆的招生和教学工作。胡敦复参与了1910年第二批直读留学生的考选工作。次年游美肄业馆更名为清华学堂后，25岁的胡敦复成为清华学堂第一任教务长。
对于胡敦复辞职缘由，学堂监督周自齐曾解释：
“胡先生为人才学极富，但诸事自拿主意，不与众商量，所以同那些美国教员很不和睦……众职员亦不喜他，而且学生中又有许多谣言。”
字里行间，透露出对胡敦复办事能力的肯定，而对其为人却不免有所批评。《吴宓日记》亦评价胡敦复“为人才学极富，且就任以来办事亦极有条理；但诸种举动皆嫌过于专制，自拿主意，不与众商量，所以同那些美国教员很不和睦，而且性气高傲”。看来，“同那些美国教员很不和睦”的确道出了胡敦复辞职的原因。
作为“太上皇”的美籍教师，在清华早期的教职员中待遇甚优，月薪平均是中国教师的3倍多。在住房条件上，这美籍教师与中国教师更是有着天壤之别。北院住宅区造价高昂，有整套的卫生设备，区内还有俱乐部、体育场，每套住宅都有5个以上的房间，后院还配有“下房”，时被讥为“小租界”。而数十位中国教师，多数要租赁附近民房，少数分到中式住所，尚须付租金。这让教务长胡敦复极为愤懑。此时，10位中国教员朱香晚、华绾言、顾养吾、吴在渊、顾珊臣、周润初、张季源、平海澜、赵师曾、郁少华，和胡敦复一起成立“立达学社”，以研究学术、兴办学校为职志，胡敦复当选为社长。
由于清华学堂的中等科和高等科各采用一套试卷，一次招考4个年级的学生，学生的年龄、文化程度各有差别。如吴宓之前已接受较为系统的中学教育，考入清华的目的是为圆出国梦。吴宓曾在日记中写道：“将来果能靠住往新大陆一游，则静待几日亦无可奈何之计，否则机会不易得也。”胡敦复针对此种情况，在国内首次采用选课制。
何谓选课制？选课制是一种分组教学形式。学生没有固定的年级，课程安排打破中、高等科的界限，按各个学科课程的深浅程度分成级别；同时依据学生所掌握知识的程度，安排在相应的级别就读。胡敦复把全学堂的主修课程分成10大类，按课程的难易程度确定8个级别；对应中等科至高等科的8个年级，每个级别再分为上下学期。通过对学生进行测试，给他们安排相应难度的课程，为每位学生制订了一张课程表。然而，美籍教师大都是美国普通中学教员，难以适应胡敦复这种类似大学教育的制度。
此外，胡敦复重视理工科，而美籍教师重视英文、欧美史地等课程。美籍教师主张“学生先把英文学好，还要着重学美国历史、地理，自然科学课程可到美国去学，在校内只学点最浅的”。再则，胡敦复聘请的多位中国教师，不少人是其南洋公学同学，擅长数学、理化等科学，学生甚为钦服。而美国教师薪俸远比中国教师高，但只能授低浅之课程，为学生所轻视，于是对胡敦复渐生不满。美国公使出面干涉。胡敦复遂以“不能遵办”愤然辞职。
对此事件，宣统三年四月十七日（1911年5月15日）吴宓在日记中写道：
“晚，监督范出示，言教务长胡业已辞职，新聘之张伯苓先生刻难莅任。自明日起，凡有关教务之事，均归本监督代理。”
而此前，四月初十（5月8日），清政府在立宪派国会请愿运动的压力下，被迫颁布《新订内阁官制》，实行所谓“责任内阁制”；下令裁撤旧设内阁及军机处，成立由13名国务大臣组成的新内阁，以庆亲王奕劻为总理大臣，那桐、徐世昌为协理大臣，下设外务部、学部、民政部、度支部、陆军部、海军部、法部、农工商部、邮传部、理藩部10部，以梁敦彦、善耆、载泽、唐景崇、荫昌、载询、绍昌、博伦、盛宣怀、寿卷等分任各部大臣。此13人中，汉族官僚仅4人，而满洲贵族9人，其中皇族又占7人。这是一个以皇族为中心组成的内阁，被称为“皇族内阁”或“亲贵内阁”。此举直接导致了全国反清情绪的高涨。
是年闰六月（8月），张伯苓（1876—1951，天津人）到任后，采用年级制分班教学。重新选择教材，比之此前降低了难度。同时修改学制，中等科改为五年制，高等科改为三年制（1907年清政府公布新的中小学堂学制，中等学堂为五年学制）。
但此时中国社会形势风起云涌，浩浩荡荡，变化迅猛。八月十九日（10月10日），辛亥革命在武昌打想了第一枪，之后全国各省纷纷响应，络绎独立，实可谓摧枯拉朽，势如破竹。但北京戒严并封锁消息。吴宓在日记中写道：
“日来警报纷纭，一日数起，闻之殊令人惊惶异常。现北京各报，已为政府禁止登载各省乱事，以故一切详情难得确知。……京师亦已戒严，派兵分驻各所。而市上各银行，日来迭遭倒闭。缘商民人等自闻乱事，纷纷执钞票向钱店索支现银。该银行等一时存款无多，不能应付，故有此现象。余入城时，信成银行及其他钱店门口，皆有多人拥挤喧嚣。巡警群驻，力为排解保护。而虽用现银至钱店亦不能兑得银圆，经济界之恐慌盖可想。”
九月初七（10月28日）午后，监督范源濂、唐国安到校，在食堂对学生发表演说：
“谓此时危险之说摇撼人心，诸生纷纷离校，我亦实不敢必留诸君在此。但如此随便来去，殊于本校前途大有妨碍，自今日起，一概不准请假。凡欲去者，皆当作为自行退学，不能再算本校生徒；如留此者，则当照常上课。校中管理、教授一切事宜照常进行，与平日无异。据我思之，亦不致有甚危险。即有危险，我当竭力保护，然确当完全无与否，则亦不敢断言也。”
九月初九（10月30日）午后，唐国安再次对学生发表演说：“今日所下5道诏谕，言自此乱事可平，诸生在此自无忧患矣。”吴宓写道：“然此令下后，诸生之去者仍滔滔不绝，率皆自请退学。”
学生希望争取学堂能准他们请假离校而不作为退学，遂派代表与学堂谈判。范、唐二人作出让步，“遂改订凡请假者以一月为限，如逾一月则必开除云云”。
随着全国革命形势的发展，九月十一日（11月1日）清廷宣布解散皇族内阁，任命袁世凯为内阁总理大臣。由于清政府挪用“退还”的庚款去弥补支绌的军费，清华学堂的经费来源断绝；而清华学堂“立达学社”10位教员也集体辞职。九月十五（11月5日）傍晚，范源濂在高等科发表演说：
“谓现在事情紧急，人心惶恐更非昔比。而学生中多数出校，现在诸位中国教员又皆纷纷请假辞退，教课之事殊难进行。故现在决定停课一月，如一月后事尚未定、人尚未齐，当再议延长之计。现在功课停止后，诸生中有愿意回家及他往逃避者，即可自由他往。如不愿他往及不能回家者，可仍留校中温理学课。饭食一切及管理诸事均如常日，诸管理员并美国教员及其眷属皆居此不去。”
范源濂表示，清华学堂校警已经全部由满人更换为汉人，且从18人规模扩大到20人，并将进一步扩充校警队伍。因此，留居清华未必有危险。接着，清华学堂监督唐国安与3名美国教师相继登台演说，亦劝慰同学不必惊惶。
当晚，学生邓立斋等人在食堂召集学生开会，建议向校方提出申请，将学堂所有现金提出，分散给诸生，使各自奔逃回家。8日中午，高等科、中等科各派2人为代表，向校方提出散发旅费，以便学生各自逃命。
随着形势的发展，美国公使函致清华学堂美国教员，称事变紧急，使馆兵额不足，自顾不暇，无法派兵守护此园。于是，许多美国教员搬出清华，或暂住城内，或避居日、韩。这些美国教员，巴不得学堂放此“长假”，以借机游历日本、韩国等国，或者去青岛、上海等地游览。
九月十八日（11月8日）晚8时，校方宣布：
“事情紧急，美兵既不来保护，则实无法维持。故现定办法，将本学堂暂行解散，现仅余存款3000金，当分给诸生作旅费各谋他适，计每人可得20元，明晨发给。凡职员、学生人等，统即于明晨搬出云云。”
陈鹤琴回忆道：
“自11月9日起，清华学堂停课。学校发遣散费，每人送路费20元。那时全校学生都开始离校南返，我还是独自文绉绉地在房间里读书，不愿离开！幸而同乡杨炳勋促我一同南返，但是我们走得太迟了。我们从北平乘车到天津，在天津坐太古邮船南下。船上的房票不论大菜间、官舱、舱房、通舱统统卖光了。我们就买货舱票，睡在货舱里一口棺材旁边。其实货舱里也拥挤得不堪，连走路地方也都没有了。这是我一生中的第一次逃难。”
张伯苓见学生都走光了，自己这个教务长已形同虚设，加上他又惦念着自己创办的南开学堂，总觉得自己的根在南开。因此，他向学堂写了一封辞呈，回天津去了。
范源濂、唐国安等人见他们苦心经营的清华学堂，刚开学还不到一年，学生们就一哄而散，不由得生出了几丝悲凉。