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秦二世胡亥上台后，做了两件大事。
第一件事是带着丞相李斯“东行郡县”，效仿秦始皇巡幸天下。
胡亥这么做的原因是担忧“朕年少，初即位，黔首未集附”
，担心天下人（主要是指生活在六国故地的新秦民）不能像畏惧始皇帝那般畏惧自己。所谓的“东行郡县”其实就是向六国故地的新秦民挥拳头、亮肌肉，结果并没有什么大的作用，此事留待后文再说。
第二件事是对中央和地方的人事作大规模的调整。
胡亥这么做的原因是担忧“大臣不服，官吏尚强，及诸公子必与我争”
，他觉得旧班子里的大臣与地方官不可能像畏惧始皇帝那般畏惧自己。这样的不自信与胡亥年轻、得位不正（至少存在这种传言）、在朝廷与军中都没有亲信力量有很直接的关系。赵高对胡亥讲：“先帝之大臣，皆天下累世名贵人也，积功劳世以相传久矣。”
始皇帝时的那些大臣富贵世代相传，权势盘根错节（比如李斯，史载其家族中“长男由为三川守，诸男皆尚秦公主，女悉嫁秦诸公子”），这些人当然不可能像敬畏始皇帝那般敬畏二世皇帝。胡亥和赵高担忧他们与其他皇子（诸公子）勾结起来挑战皇权，倒也不是杞人忧天。
那怎么办呢？赵高给胡亥出了两个主意：
1．“案郡县守尉有罪者诛之，上以振威天下，下以除去上生平所不可者。”
——对地方官员（郡县守尉）实施大清洗。
2．“灭大臣而远骨肉……尽除去先帝之故臣，更置陛下之所亲信者近之。”
——对朝中大臣和皇族进行大屠杀，全换成胡亥的亲信。
于是，胡亥大刀阔斧，大开杀戒。“杀大臣蒙毅等，公子十二人僇死咸阳市，十公主矺死于杜，财物入于县官，相连坐者不可胜数。”
这么做的后果，是在秦帝国的官吏集团中造成了一种普遍的恐怖气氛，正所谓“群臣谏者以为诽谤，大吏持禄取容”
——敢提意见就会被定为诽谤罪，人人只求取悦胡亥保住俸禄；“自君卿以下至于众庶，人怀自危之心，亲处穷苦之实，咸不安其位”
——官吏人人自危，庶民穷困潦倒，个个感觉朝不保夕。
胡亥的官场大清洗也不是没有遭遇阻力。作为始皇帝时代的既得利益者，李斯就很不满胡亥的做法。“法令诛罚日益刻深，群臣人人自危，欲畔（叛）者众”之际，李斯多次进谏抗议，反被胡亥摊派了任务。胡亥说帝王富有天下，他想“长享天下而无害”，希望天天纵欲、享乐还不会亡国，李斯是丞相，让他来想办法，助皇帝实现这个愿望。同时，胡亥还以李由（李斯长子）抵御陈胜义军不力为由，“诮让斯居三公位”，威胁要整垮李斯家族。
为了身家性命，李斯只好拿出法家在研究秦制方面的看家本领，献上那篇著名的《行督责书》，以迎合秦二世的想法。
所谓“督责”，简而言之，就是关于如何完全控制臣属，让他们为帝王做牛做马，乃至献出生命而不敢有半句怨言（“臣不敢不竭能以徇其主”）的权术。李斯提供给胡亥的“督责”之术，主要是两条：
1．实行“深督轻罪”。——有一点过错就往死里整。
2．摒弃“俭节仁义之人”“谏说论理之臣”“烈士死节之行”。——官吏系统只用坏人、不用好人。
史载，胡亥读了《行督责书》，颇为满意，“于是行督责益严，税民深者为明吏……刑者相半于道，而死人日成积于市。杀人众者为忠臣”
。胡亥依照李斯的“督责”术，对官吏系统的整顿更加严酷，盘剥手段厉害的、杀人多的才是朝廷眼里的好官，路上到处是受刑之人，街市中被杀害者的尸体堆积成山。
当然，秦二世没有忘记除掉李斯，他下令将李斯腰斩，灭其三族。毕竟，李斯不除，所谓的“尽除去先帝之故臣”的目标就算不得真正完成。
秦帝国奉行“以吏治国”，官吏集团是它的统治基础。秦二世从中央到地方如此清洗他们，相当于破坏了“利益共同体”，严重动摇了秦帝国的根基。在中央，大清洗之后，秦二世遇事皆与赵高独断，“公卿希得朝见”
，朝臣沦为虚设。在地方郡县，先是陈胜起事攻陈，“陈守令皆不在”
；后又有会稽郡守殷通找来项梁，商议响应起兵，发出“天亡秦之时”
之语；武臣北伐，范阳令开城投降，赵地“不战以城下者三十余城”
。在最基层，刘邦起事，其核心团队中的许多人正是沛县当地的“吏”。
这些秦帝国的官吏之所以如此普遍而轻易地加入反秦力量之中，是因为他们与秦帝国之间的利益纽带已被秦二世的大清洗切断。他们在人力、物力的汲取方面有着丰富的经验，这些“技术官僚”的加入极大地提升了反秦力量的素质。