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商鞅的出身，历史资料的记载不够详尽，大略可以知道的是：商鞅姓姬，公孙氏，原是卫国贵族的远支，成年后投到魏国相国公叔痤门下，世称公孙鞅、卫鞅。商鞅是他在秦国受封于商后才有的称呼。
据说，公叔痤临终前，曾向魏王推荐商鞅，让他接替自己做相国。且告诫魏王，如果不能用之，就杀之。这大约不是史实，更像是商鞅入秦之后，为推销自己而编造出来的谎言。公叔痤死后，商鞅在魏国丢了饭碗。同时，新即位的秦孝公发布了招贤公告：“宾客群臣有能出奇计强秦者，吾且尊官，与之分土。”
商鞅遂决意西行，去碰碰运气。
商鞅在秦国两年时间毫无进展，直到通过贿赂秦王的宠臣景监，才见到了秦孝公。据《史记·商君列传》记载，商鞅三见秦孝公，分别谈了帝道、王道与霸道，秦孝公的选择是霸道。对于秦孝公的选择，《史记》保留了一段商鞅的“自述”：
吾说君以帝王之道比三代，而君曰：“久远，吾不能待。且贤君者，各及其身显名天下，安能邑邑待数十百年以成帝王乎？”故吾以强国之术说君，君大说之耳。然亦难以比德于殷周矣。
大意是：我先拿出来献给秦君的是儒家的“帝王之道”，但秦君追求生前“显名天下”，不愿等待“数十百年”，于是我换了一套“强国之术”，获得秦君青睐。秦君的选择虽佳，却也将导致其国之“德”难以与尊奉“帝王之道”的殷周相提并论。
这段“自述”的来历相当可疑。“帝王之道”与“强国之术”的分野是汉儒喜欢讨论的话题，“难以比德于殷周”的感慨更像是事后诸葛亮刻意将自己的观点挂靠在了商鞅身上。
其实，商鞅是一个所学庞杂、并无固定思想体系之人。君王喜好“帝王之道”，他就献上“帝王之道”；君王喜好“强国之术”，他就提供“强国之术”。他可以在道、术之间自由切换，毫无思想压力。秦王选择霸道，于是就有了商鞅变法。
严格来说，商鞅变法其实有先后两次。第一次始于公元前356年，也就是商鞅见到秦王后的第三年。这一年商鞅荣升左庶长，颁布了自己的第一份变法令，史书中一般称作“变法初令”。第二次是在公元前350年，这一年商鞅升任大良造，相当于国相，借迁都之机再次推行变法。
前后两次变法，主旨上并无太大差异。据《史记·商君列传》记载，第一次变法时颁布的“变法初令”主要内容包括：
1．将民众编为什伍，实施连坐之法。具体的办法是“不告奸者腰斩，告奸者与斩敌首同赏，匿奸者与降敌同罚”。即不举报奸人者腰斩，举报奸人者获赏等同于斩敌首，藏匿奸人者受罚等同于投敌。
2．“民有二男以上不分异者，倍其赋。”即家中有两个成年男性却不分家者，双倍征收赋税。
3．鼓励公斗，按军功的大小授爵；禁止私斗，按情节轻重量刑。努力耕种、纺织之人可以免除本人的劳役和赋税，因懒惰而贫困者没为奴隶。
4．宗室也得靠军功来谋取富贵，“宗室非有军功论，不得为属籍”。制定明确的爵位和俸禄制度，田宅与奴隶的多少与爵位直接相关。有军功才有社会地位，无军功之人再怎么富有也无法提高政治身份。
有说法认为，商鞅的变法措施打击了“顽固腐朽的秦国旧贵族势力”，为底层平民提供了一条上升的通道。
这样的效果或许确实是有一些，但商鞅的本意并不在此。强化对民众的控制（什伍、连坐与告奸），将有力量的大家族打散为无力量的小家庭（民有二男以上不分异者，倍其赋），打击阻碍国家直接管理百姓的封建贵族，将人的社会地位与军功直接挂钩。这一套变法措施的核心目的，都是提升秦国对资源（包括人力与物力）的汲取能力。
秦国致力于消灭国内的贵族。秦民存在的目的就是提供人力物力，给国家添砖加瓦。按《商君书》（该书虽未必是商鞅亲笔所写，却属于商鞅思想、言论的汇编无疑）的说法，要让百姓更好地为国家添砖加瓦，首要之务是消灭“六虱”。
“六虱”的概念见于《商君书·靳令》，具体是指六种危害国家的东西：礼乐、诗书、修善孝悌、诚信贞廉、仁义、非兵羞战。这些东西在今人眼中属于最基本的人类文明，但在商鞅眼中，却构成了对国家强盛的威胁。商鞅另有一套强国的逻辑：
国贫而务战，毒生于敌，无六虱，必强。国富而不战，偷生于内，有六虱，必弱。
大意是：国家贫穷，多搞扩张战争是有益的，既可以损害敌国的利益，也可以保证本国没有“六虱”，国家必强；反之，国家富足，却不对外扩张，百姓生活安逸了，就会追求诗书礼乐，就会讲究孝悌、诚信，就会倡导仁义，反对战争，“六虱”全跑了出来，国家必弱。
《商君书》还解释了国家为什么应该制定告密制度，让百姓互相监视：
刑加于罪所终，则奸不去；赏施于民所义，则过不止。刑不能去奸而赏不能止过者，必乱。故王者刑用于将过，则大邪不生；赏施于告奸，则细过不失。治民能使大邪不生、细过不失，则国治。国治必强。
大意是：罪行发生后，再对犯罪者实施刑罚，不能起到“去奸”的效果；义举发生后，再来奖赏当事人，也起不到“止过”的作用。刑罚不能“去奸”，奖赏不能“止过”，国家就会乱。所以，统治者必须在百姓违法之前，提前实施刑罚，如此才不会出现“大邪”；统治者必须赏赐告密的百姓，如此才不会忽略“细过”。统治百姓，能够做到“大邪不生”“细过不失”，国家就会强盛。
针对上述思想，商鞅有一句简练的总结：“杀刑之反于德，而义合于暴。”
——仁义只会抵达“暴”，杀戮反而会归于“德”。
在中国历史上，商鞅变法是第一次将“告密”纳入国家制度，也是第一次将“事前惩罚”制度付诸实施的变法。这种体制化的告密之风与秦国的兴亡相始终，直到汉文帝时代才得以改变。据《汉书·刑法志》记载：
及孝文即位……惩恶亡秦之政，论议务在宽厚，耻言人之过失。化行天下，告讦之俗易。吏安其官，民乐其业……选张释之为廷尉，罪疑者予民，是以刑罚大省，至于断狱四百，有刑错之风。
汉文帝与众臣吸取秦朝灭亡的教训，以宽厚为务，以告密为耻，上行下效数十年，才使得“告讦之俗易”，社会上的告密风气得到纠正。事前惩罚制度也不再存在，取而代之的是“罪疑者予民”（近似于疑罪从无）。
商鞅的变法思想里还有一条叫作“国富而贫治”，原话是这样说的：
民贫则力富，力富则淫，淫则有虱。故民富而不用，则使民以食出，各必有力，则农不偷。农不偷，六虱无萌。故国富而贫治，重强。
百姓贫穷，就会有求富的上进心（力富）；富有之后，就会放纵、贪图安逸（淫），然后国家有“虱”，就不能强盛。所以，百姓富裕了，就不易役使，那就让他们拿出粮食来顶替外出服役。他们重新陷入贫穷，就不会怠惰，“六虱”就不会产生。所以，让国家富有，使百姓保持贫穷的政策，可以让国家强上加强。
也就是说，商鞅主张将百姓的生活水准控制在最低限度的温饱线上。
上面这段话里的“虱”，前文已经说过，指的是礼乐、诗书、修善孝悌、诚信贞廉、仁义、非兵羞战六种危害国家的弊端。至于“淫”，《商君书》中有一段解释：
奚谓淫道？为辩知者贵，游宦者任，文学私名显之谓也。
“淫”即淫逸。按商鞅的理解，“淫道”包括了靠能言善道得到富贵，靠游散求官进入体制，靠著书立说获取名声。也就是说，只有靠军功和耕作来获取社会地位才是正道，其他靠智慧、人脉资源、学识来提升阶层的做法都属于邪道，都对国家有害——尽管商鞅自己正是依靠着辩智和游宦而得到秦君的重用。
将国家与百姓对立起来，强调国家的富强必须建立在百姓的愚昧与贫穷之上，这是商鞅变法的核心理论。百姓越弱、越愚昧，国家就越强、越稳定，这是商鞅变法的核心逻辑。对此，《商君书》中有大量的陈述和解释。试举几例：
“昔能制天下者，必先制其民者也；能胜强敌者，必先制其民者也。”
过去能够控制天下的人，一定是首先制服他的民众的人；能够战胜境外强敌的人，一定是首先制服他的民众的人。
“朴则强，淫则弱。弱则轨，淫则越志。弱则有用，越志则强。”
“朴”是“淫”的反义，意思是没有知识、人脉、温饱之外的追求。这句话的意思是：百姓甘于“朴”国家就强，追求“淫”国家就弱。百姓弱，就安分守己；百姓强，就会逾越本分，对抗朝廷（越志）。
“无以外权爵任与官，则民不贵学问，又不贱农。民不贵学则愚，愚则无外交；无外交，则勉农而不偷。民不贱农，则国安不殆。国安不殆，勉农而不偷，则草必垦矣。”
如何引导百姓不去追求知识，是商鞅在改革过程中深入思考过的问题。他给出的答案是：不要在战功与农耕的收成之外，以任何理由赐予官爵，尤其不可让百姓有机会通过知识来提升阶层。久而久之，百姓就会很自然地鄙视学问、专心务农。百姓不重视学问，就会愚昧。百姓愚昧，就不会与外界有过多的思想交流。没有过多的思想交流，百姓就会一心务农。百姓一心务农，国家就会强盛。
“国之大臣、诸大夫，博闻、辨慧、游居之事，皆无得为，无得居游于百县，则农民无所闻变、见方。农民无所闻变、见方，则知农无从离其故事，而愚农不知，不好学问。愚农不知，不好学问，则务疾农。”
国家不许大臣与士大夫去做任何展示其博学多闻、能言善辩的事情，不准外出游历、寄居他乡。这样的话，农民就没有机会听见“变”（通“辩”，论辩）与“方”（学问、道理）。“知农”（聪明的农民）没有机会结识大臣、士大夫，也就没有机会放弃农业生产；“愚农”无知，不喜欢学问，也就会积极务农。
为了彻底贯彻“民愚则易治”的理念，商鞅在变法过程中的一些做法相当极端。据《史记·商君列传》记载：
秦民初言令不便者有来言令便者，卫鞅曰“此皆乱化之民也”，尽迁之于边城。其后民莫敢议令。
百姓反对变法时，商鞅曾把他们抓起来坐牢，甚至砍头；百姓转变立场，称赞变法，又被商鞅抓起来流放边关。反对不可以，歌颂也不可以，目的是造成一种“民莫敢议令”的氛围。百姓不能议论，就会减少思考。百姓只需要遵守变法推行的政策，不需要思考政策的好坏。
公元前338年，秦孝公去世，太子驷继位，是为秦惠文王。商鞅的生命也走到了尽头。对此，商鞅本人是有预感的。他的变法帮助秦孝公极大地提升了秦国的资源（人力与物力）汲取能力，但这种提升是以打压秦国的封建贵族为前提的——秦孝公想要掌控更多的人力、物力，就需要秦国的封建贵族吐出更多的人力、物力。如今，新君即位，首要之务不在汲取资源，而在君位的巩固。君位的巩固需要获得国内政治力量足够的支持，其中自然也包括势力仍盛的封建贵族。而取悦封建贵族、获取他们支持的最佳办法就是诛杀商鞅。
为了保全性命，秦孝公一死，商鞅就自请隐退，回归封地，希望利用封地的武装保护自己（削弱贵族力量恰恰是商鞅变法的核心诉求），并联络魏国权臣，欲以秦国的利益为筹码换取魏国的帮助（但魏国无意为了商鞅与秦国开战）。最终，秦军攻入商地，“灭商君之家”，商鞅被杀，他的尸体被带回秦都咸阳，公开车裂。
商鞅虽死，但他的强国之道保存了下来，被历代秦君奉为治国的圭臬。