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从2008年至2019年，我国平均的财政收入稳健指数稳步提高，各省份的财政收入在数量和质量上都有提升。但问题依然存在，根据上文的分析，目前地方财政自有收入主要存在如下问题：其一，财政收入稳健指数的上升主要是因为地方财政收入绝对量的增长，但是在财政收入结构上并未出现明显的向好发展；其二，各个地区之间财政收入稳健水平差距较大，甚至地区间差距还有扩大趋势，实现不同地区财政收入质量的均衡发展还需继续努力。
减税降费是我国深入推进供给侧结构性改革的一项重大举措，也是积极财政政策的重要组成部分。大规模减税举措，无疑对我国保持经济中高速增长，促进结构优化做出了重要贡献。但是，减税降费对我国地方财政收入稳健运行带来了巨大挑战：
首先，减税降费加剧了地方财政困难程度。持续扩大规模的减税降费政策分别从“减税”和“降费”两方面对地方财政产生了显著影响。第一，减税政策减的主要是增值税，而增值税是共享税（其收入在中央和地方之间五五分成），增值税减税额中地方政府少收了一半；如果再考虑到增值税附加税，地方政府减收幅度更大。第二，“降费”中的“费”可能有多种形式，如果仅就从财政角度界定的宽口径的“费”而言，可视为一般公共预算收入中的“非税收入”，而地方非税收入占全国非税收入比重在80%左右，故降费减少的主要也是地方政府收入。因此，总的来说减税降费会使地方政府相对短收，财政赤字增加。
其次，减税降费对地方财政收入结构也产生了不利影响。当前我国财政收入结构最突出的问题在于，税收占比较低，非税收入过高，大量财政收入以基金、费、土地出让收入等形式存在，减税降费进一步加剧了这一问题。第一，减税降费主要减少了地方一般公共预算收入。在地方支出压力不减而收入相对减少的情况下，地方政府转而寻求其他收入来源，特别是土地出让收入，以满足支出需要。第二，由于减税力度大于降费力度，近年来政府收入依赖于非税收入的程度进一步升高，这在一定程度上会相对弱化财政收入体系的法治程度。同时近年来减税的主角是增值税、个人所得税和企业所得税，但是小税种鲜有减税。小税种的波动性较大，收入质量通常较低。
再次，为应对减税降费带来的财政收支矛盾，近两年我国采取的“开源”举措主要包括盘活财政存量资金、从预算稳定基金调入、增加国有企业利润上缴、盘活各类国有资产（资源）。但财政各类“结余资金”及“调入资金”面临的最大问题是不可持续，近4年已经使用逾5亿元，未来可使用数额必然不乐观。同时，提高国企分红面临天花板。过高的利润上缴比率必然降低国有企业投资的积极性，影响国有资本保值增值。
最后，土地出让收入在未来很可能难以延续过去高增长的态势。主要原因有以下两点：第一，在坚持“房住不炒”房地产调控大背景下，房价高增长的时代难以再现。第二，我国城镇化率突破60%大关之后，城镇化速度会逐步放缓，对新增土地出让需求减少。
提高地方财政收入质量，其中最关键的是提高经济发展水平较低地区的财政收入质量。这主要涉及三方面：
第一，加快完善地方税体系，为地方政府建立稳定的收入来源。地方税建设上，体现受益性和激励相容原则。地方税与地方政府积极性发挥有着密切关系，当前人民对经济增长的追求已逐步让位于良好公共服务、参与公共治理的需求，地方税体系应该有利于激励地方政府回应地方需求，提高地方政府提供优质教育、医疗卫生、环境保护等公共服务的积极性。受益税按受益范围划分可分为房地产税、零售税、个人所得税等。我们认为应该构建多支柱的地方税体系：首先，房地产税是一种优良的地方税。在房地产税改革上，我们认为目前步调过慢，应该加快推进房地产税立法并稳步实施。其次，应该将增值税收入的25%部分由按生产地原则改为按消费地原则分享，从而更好地体现税收受益性。
第二，优化转移支付结构，促进激励与平衡之间的协调统一。近年来，我国转移支付体制改革的基本思路是“以推进地区间基本公共服务均等化为主要目标，以一般性转移支付为主体，完善一般性转移支付增长机制，清理、整合、规范专项转移支付”。进一步控制专项转移支付规模，清理、整合专项转移支付项目，加大对中西部地区和民生领域的倾斜力度，进一步完善资金分配方法，提高资金分配的透明性和科学性，充分发挥专项转移支付的政策导向作用和财力均等化作用。但是，在提高一般性转移支付比重的过程中，应在实现财力均等化所带来公平的同时兼顾效率，防止一般性转移支付比重增长过快、均等化程度过高导致地方政府发展经济的努力出现下降，防止欠发达地区对一般性转移支付的过度依赖。而且，应该出台相关配套措施，对地方政府使用一般性转移支付资金建立激励、约束和监督机制。同时，采取激励相容、奖补结合的方式调动地方政府的积极性和主动性，对市县超额完成的税收收入，可以通过转移支付的形式给予一定比例的奖励性返还。
第三，进一步加大降费力度。在当前财政吃紧的情况下，应防止地方以非税收入的非正常增长来弥补税收增长的不足，因此需要正税清费，优化财政收入结构，营造公平的税费负担环境。建立对地方政府收费的长期约束机制，防止一些政府收费项目在运动式清理之后又死灰复燃。