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一个全国性革命运动高潮的出现，通常都经历了从分散到集中的过程。客观形势的发展，需要把各地分散的革命力量联合起来，建立一个全国性的统一的革命组织，使大家的目标和行动进一步一致起来，将革命运动更有力地推向前进。这个问题已成为当时一切问题中最迫切需要解决的中心问题。
联合，已成为革命形势发展到这个阶段的必然趋势。联合才能产生更巨大的能量，而联合不能不有一个把各种分散的力量凝聚在一起的核心。在这方面，孙中山有着其他人难以企及的几个优越条件：第一，他在十年前就首倡反清的民族民主革命，并因策划发动广州起义而遭到清政府的通缉。那时，国内还没有什么人懂得革命为何物。所以，当越来越多的人逐渐觉醒起来，也认识到革命的必要时，孙中山在他们心目中便享有极高的威望。第二，当时人们普遍地渴望了解并学习西方。但不要说留居国内的人，就是那些到日本没几年的留学生，对世界的了解依然是相当肤浅的。而孙中山久居海外，已经环游全球数圈，对世界各国的实际情况和近代种种社会政治学说的了解，都比一般人要深刻得多。这也能博得许多人的景仰。第三，就孙中山个人来说，他有世界眼光，对革命的目标和方略有经过深思熟虑的透辟的见解，有富于鼓动力的雄辩的口才，又豁达大度，待人诚恳，有着很能吸引人的个人魅力。因此，他就自然地成为众望所归的共同领袖，成为足以团结各方面革命力量的中心人物。
1905年7月19日，孙中山从美国经英国、比利时、法国、德国、新加坡等地后来到日本东京。几天后，就同正逃亡日本的黄兴、宋教仁、陈天华等相见。他在谈话中，有一段话很能打动宋教仁等的心：“中国现在不必忧各国之瓜分，但忧自己之内讧。此一省欲起事，彼一省亦欲起事，不相联络，各自号召，终必成秦末二十余国之事、元末朱陈张明之乱，此时各国乘而干涉之，则中国必亡无疑矣。故现今之主义，总以互相联络为要。”
第二天，黄兴、宋教仁、陈天华、刘揆一等共同商议华兴会会员是否参加同盟会的问题。会上虽没有作出结论，只以“个人自由”一言了结，事实上华兴会在东京的会员除极少数人外，都决定参加同盟会。除了华兴会这个留日学生中最重要的革命团体外，还有为数众多的过去并没有参加过什么组织的留日学生这时也决定参加。这样，中国同盟会成立的道路就铺平了。
7月30日，同盟会在东京霞关内田良平家里召开筹备会。到会的有孙中山、黄兴、陈天华、宋教仁、朱执信、冯自由、张继、居正、蒋尊簋、马君武、古应芬、田桐、程家柽、胡毅生、曹亚伯、康宝忠、宫崎寅藏、内田良平等七十人。孙中山、黄兴等先后演说。接着，讨论组织问题，决定定名为中国同盟会。“时有主张为对满同盟会者，总理以革命宗旨不专在对满，其最终目的尤在废除专制，创造共和，众始无异议。次提议以‘驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权’十六字为会纲。时颇有置疑于‘平均地权’一语者，经总理详加解释，遂无异议通过。”
讨论结束后，经黄兴提议，到会的人当场填写誓约，举右手宣誓。
8月13日，留日学生在东京富士见楼召开欢迎孙中山的大会。这是孙中山到日本后第一次在盛大的留学生集会上露面，也是同盟会正式成立前夜由它的领袖向群众宣布政见的重要政治活动。到会的有一千三百多人，室内室外到处挤得水泄不通，站在街头仰望楼上的还有几百人，真是留日学生中的空前盛会。
孙中山到来时，“着鲜白之衣，数人导之拾级而上。满场拍掌迎之。立在后者，为前者所蔽，跂足以望，拥挤更甚，然皆肃静无哗”。“无何，孙君以蔼然可亲之色，飒爽不群之姿，从人丛中出现于演台上，拍掌声又起。”
孙中山的讲演充分满足了人们对他的殷切期待。那时在留日学生中，抱有盲目排外的顽固思想的人是极少的，但半殖民地国家的悲惨处境却使不少人存在着浓重的民族自卑感，以为中国事事不如人，就是革命也难望取得成功。孙中山在讲演中丝毫没有这种半殖民地国家常见的民族自卑心理，而充满民族自豪感地说道：“中国之文明，已著于五千年前，此为西人所不及，但中间倾于保守，故让西人独步。然近十年思想之变迁，有异常之速度。以此速度推之，十年、二十年之后不难举西人之文明而尽有之，即或胜之焉，亦非不可能之事也。”他指出，中国要迅速发展，有许多有利条件。“中国土地、人口为各国所不及，吾侪生在中国，实为幸福。各国贤豪，欲得如中国之舞台者利用之而不可得。吾侪既据此大舞台，而反谓无所藉手，蹉跎岁月，寸功不展，使此绝好山河仍为异族所据，至今无有能光复之，而建一大共和国以表白于世界者，岂非可羞之极者乎？”他热烈地号召人们下定决心，迎头赶上，并在最后说：“语曰：‘取法于上，仅得其中。’择其中而取法之，是岂智者所为耶？鄙人愿诸君于是等谬想淘汰洁尽，从最上之改革着手，则同胞幸甚，中国幸甚。”
8月20日下午，中国同盟会借东京灵南坂的阪本金弥住所开成立大会，到会的约一百人。黄兴宣读章程，经讨论修改后通过。接着，举孙中山为总理，举司法部职员八人（邓家彦为总长），议员二十人（汪兆铭为议长）。再由孙中山指任执行部职员八人（黄兴为庶务）。同盟会本部的机构分执行部、评议部、司法部，这是模仿西方国家行政、立法、司法“三权分立”的制度。“惟当时以秘密结社，最忌手续繁复，稽延时日，司法、评议二部尤难实行。”因此，“司法、评议两部未尝独立行使职权”，“开会时总理在部，则总理主席，总理离部，庶务主席”。
三权分立这种制度，连当时醉心学习西方的同盟会在试了一下后，也没有真正付诸实行。
中国同盟会的成立是中国近代史上的一件大事。从此，革命派以新的阵营和新的姿态登上中国的历史舞台。它有这样一些特点：
第一，它在中国人民面前提出了一个比较完备的资产阶级民族民主革命纲领，为众多的革命分子所接受，成为他们公认的奋斗目标。在这以前，许多人对必须用革命的手段推翻清朝政府这一点是比较一致的。但对推翻了清朝政府后应该建立一个怎样的国家，却有很不相同的理解，有些人甚至没有认真地思考过。同盟会提出的“驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权”十六个字，中心点是要推翻清朝政府，建立民主共和国。由于这十六字列在同盟会的誓词中，入会的人必须填写誓词并进行宣誓，它便确立为每个同盟会会员的共识，并且随着同盟会誓词在全国暗中流行，成为广大革命分子中无可争议的公认目标。这是中国近代思想界中一个绝大的变化。正因为这样，辛亥革命的结果才可能不仅推翻了清朝政府的统治，并且一举结束了统治中国几千年的君主专制制度，建立起民主共和国。
第二，它使革命派有了一个全国性的统一组织，尽管这个组织后来还发生分化，在国内也有其他革命团体的出现，但它们一般都接受了同盟会的影响，并和同盟会协同作战。武昌起义后，各省响应，尽管情况相当复杂，却没有出现“秦末二十余国之事”和“元末朱陈张明之乱”那类的相互火并或各行其是，而能在南方很快地建立起一个统一的临时政府，以同北方的清朝政府相抗衡。从这里，也可以看到中国同盟会这个全国性革命组织的建立所产生的深远影响。
第三，同盟会在组织成分上同兴中会相比，也有很大的变化。兴中会的社会基础比较窄，除孙中山、杨衢云、陈少白、郑士良等少数人外，青年知识分子参加的很少，而以华侨商人和国内的会党分子为多，而且绝大多数是广东人。同盟会就不同：主要生活在国内的人士所占的比重大大增加，青年学生的人数也大大增加。前一点，使它同国内社会的联系加强了；后一点，又增加了它的革命民主派的色彩。参加同盟会筹备会的人至少来自十个省。这年年底前参加同盟会的四百五十二人中，通常所称中国本部十八省中除甘肃外都有人参加，尤以湖南、广东、湖北三省为多（湖南八十七人、广东七十七人、湖北六十七人）。这就突破了原来那种地域性的限制，成为一个全国性的政党。1905年和1906年入会的会员中有年龄可查的三百零一人中，二十至二十九岁的二百二十三人，也就是说三分之二以上是二十多岁的青年人。
他们血气方刚，对未来充满信心，背上的牵累和包袱又比较少，从而给这个组织带来了生气勃勃、奋发进取的新气象。
第四，它使人数日益众多的革命派有了一个公认的领袖，那就是孙中山。在当时中国的具体历史条件下，有没有这样一个众望所归的领袖，对能不能把原来处在分散状态，甚至各不相下的革命力量凝聚在一起，能不能建立起一个全国性的革命政党，有着十分重要的意义。
当时留日学生中的革命分子大多又个个自负，互不相让，要把他们的意见和行动统一起来是不容易的，而孙中山却能博得他们中大多数人的信任和服从。这里还要讲到黄兴所起的作用。黄兴有两个条件是孙中山所不及的：第一，前面已说过，他长期生活在国内，受过比较多的传统教育，还中过秀才，以后又到日本留学。这种经历和教养，同当时绝大多数留日学生是相似的，从而同他们保持着更直接的联系。在这些众多的留日学生看来，黄兴是他们中间的一个。他们对孙中山是十分尊敬，而同黄兴则更亲近。第二，黄兴是湖南人，又曾在湖北求学，同两湖学生的关系十分密切。当时的留日学生特别是革命分子中，两湖籍的学生人数最多，而孙中山过去同他们的联系却十分薄弱。因此，在孙中山回到日本前，黄兴是留日学生的革命分子中最有威望的人物。可是，黄兴一向“诚恳谦和，与同志一见如故”，在同孙中山相见后，“他便尊国父（指孙中山）如师，常对国父执弟子礼甚恭，言必称‘先生’，出入必随‘先生’，以是孙黄合作，而粤、湘之同志翕如”。
中国同盟会的成立，标志着整个革命形势的进一步成熟，从此进入一个新的阶段。