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1903年春夏之交的拒俄事件和苏报案是一个重要的转折点。这以后，留日学生中的多数迅速地倾向革命，内地的革命思潮也迅速兴起。许多接受了革命思想、要求采取行动的激进分子，便自动结合起来，组成革命团体。1904年突出的历史特点是：各种革命团体像雨后春笋一般，在内地开始建立起来。这些革命团体中最重要的有：湖南的华兴会，湖北的科学补习所，江浙的光复会，安徽的岳王会。
在这些革命团体里，出现较早、影响最大的，当推成立于湖南的华兴会。它的主要发起者和领导者是黄兴。黄兴原名轸，字廑午，湖南善化（今属长沙）人，1874年生，比孙中山小八岁。他的早期经历和孙中山不很相同：出身于一个当时的所谓书香门第，受过较多的传统教育，十九岁中秀才，二十四岁到武昌进入著名的两湖书院求学。这种经历，在国内知识分子群中是比较有代表性的。“他是一个爱国的血性男儿，平居沉默寡言，治学行事，脚踏实地，对待同志，披肝沥胆”
，因而能得到周围人的尊敬和爱戴。1902年初，他由湖广总督张之洞派遣到日本留学，进入东京弘文学院速成师范学习。这时，他和多数留日学生一样，相信要使国家富强，最重要的是要人人具有国民的资格，以自立于生存竞争之世，而这需要从教育着手。1903年的拒俄事件给了他极为强烈的刺激。他“得是耗，焦急万状，咯血斗余。章、宋诸君召医士为之诊治，旬日始瘳，先生尝慨然曰：中国大局，破坏已达极点。今而后惟有实行革命，始可救危亡于万一耳”
。从这时起，他就积极地参加拒俄义勇队、军国民教育会等活动，还参加了军国民教育会一部分会员秘密组成的暗杀团，以运动员的名义，回湖南从事反清革命活动的策划。
回湖南后，他到那时刚刚归国的留日学生胡元倓创办的湖南第一所私立的新式学堂——明德学堂教书，并且广泛地同教育界爱国人士交往，还大量翻印《革命军》《警世钟》《猛回头》等书向军学各界散发。这年11月，黄兴三十岁生日。朋友们借祝寿之名，准备了两桌酒菜，到的有黄兴、陈天华、张继、宋教仁、刘揆一、胡瑛、秦毓鎏、章行严、周震鳞等二十余人，商定成立华兴会，从事反清革命活动。对外采用办矿名义，取名华兴公司，并提出口号：“同心扑满，当面算清。”1904年2月15日，即癸卯除夕，华兴会正式成立，推黄兴为会长，宋教仁、刘揆一为副会长。对革命的方法，华兴会一开始就提出要发动武装起义。具体主张是：首先从条件比较成熟的本省做起，积极准备发难，不能消极地依赖或等待别人；同时，又要尽可能和外省取得联络，避免孤军作战。
华兴会的成员，大体上是留日学生和国内新式学堂出身的知识分子。为了采取行动，他们还成立了一个同仇会，作为外围团体，专为联络哥老会、策动会党起义的机构。当时，醴陵、湘潭、浏阳一带的哥老会首领马福益，是这一地区会党中独一无二的正龙头大爷，在湘赣边界拥有雄厚的势力。黄兴派人同他联络后，因为洪门中原有“反清复明”的遗训，双方谈得很投机。随后，黄兴、刘揆一就亲自赶去湘潭，同马福益会面，“相见于茶园铺矿山上一岩洞中，柴火熊熊，三人席地促坐，各倾肝胆，共谋光复”，约定11月16日西太后七十寿辰全省官吏在皇殿行礼时，预埋炸药，乘机起义，并推黄兴为主帅，刘揆一和马福益为正副总指挥。黄兴在会谈后十分兴奋，“归途诗中，有‘结义凭杯酒，驱胡等割鸡’之句，以纪其事”
。
但是，会党中人流品复杂，不能严守机密，往往在街谈巷议中泄露风声。起义计划事先被清方获悉。清政府大肆搜捕。黄兴、刘揆一、张继等先逃到上海，以后转往日本。马福益先避居湘西，后来在路过湘乡时被捕杀害。华兴会的起义计划就完全失败了。
湖北的科学补习所的最初发动者是张难先和胡瑛。他们都是在当时知识分子大批投入新军的情况下，到湖北的新军第八镇工程营充当士兵的。他们在士兵中也散发《革命军》《黄帝魂》《孙逸仙》《警世钟》《猛回头》等小册子，积极联络同志。1904年5月、6月间，他们和同营士兵八人以及表同情的学界人士吕大森、曹亚伯等四人发起组织革命机关。7月3日，科学补习所正式成立，吕大森任社长，胡瑛为总干事，武昌文普通学堂学生宋教仁任文书。胡、宋原来都参加过华兴会的发起活动。黄兴来湖北时，也把华兴会起义计划告诉他们，约定由湖南发难、湖北响应。华兴会起义计划被破坏后，清政府从华兴会机关查到的文件中得知湖北的科学补习所同这事有牵连，对它进行搜捕。宋教仁等也只得逃亡日本。
科学补习所是湖北最早的重要革命团体。它虽然失败了，但对以后湖北的革命运动有着深远的影响：不仅播下了革命的种子，并且留下了重要的革命经验。有人曾把这种革命经验归纳为三点：“第一，提倡知识分子投军，为以后运动新军革命打下了基础。第二，联合湘鄂两省，易使革命运动迅速展开，武昌长沙交通便利，武昌又为两省文化中心；科学补习所首与湘省联合，为两省以后开辟了联合的道路。第三，会党不受约束，容易坏事，湖南华兴会失败，给予革命党人以极大的警惕，以后湖北革命得到教训。”
这些经验很为湖北革命分子所重视，成为以后湖北地区革命活动和其他地区不同的一些显著特色。
光复会的成立，主要的推动力量是留日的浙江籍学生。1903年10月、11月间，在东京的一批浙江籍留学生多次密商组织秘密的革命团体。先后参加商议或有联系的有王嘉祎、陶成章、魏兰、龚宝铨、周树人等。并决定陶成章、魏兰到浙江，龚宝铨到上海从事活动。这是筹组光复会的酝酿阶段。
陶成章和魏兰在1904年初回国。先到上海，同曾任翰林院编修而这时思想已倾向革命的原中国教育会会长、爱国学社总理蔡元培取得联系。随后，到浙东奔走，同各地会党联络。同年10月，陶成章回到上海。本来，军国民教育会暗杀团团员龚宝铨已在这年到达上海，在上海组织暗杀团，但人数极少，力量单薄。陶、龚两人商议后，主张扩大组织成一个革命团体，推声望很高的蔡元培为首领，以资号召。这个提议得到了蔡元培的同意。于是，光复会便于这年10月在上海正式成立。12月，光复会成立东京分部，推王嘉祎负责，入会的有蒋尊簋、许寿裳、鲁迅等。1905年1月，徐锡麟到上海见到蔡元培后也加入了光复会。他加入光复会，对光复会会务的发展影响很大。蔡元培声望虽然高，会员们也都敬重他的为人，但他更多地是一个书生，所以会务最初发展不大。徐锡麟入会后，逐渐成为光复会实际上的领袖，光复会的活动重心也逐渐移往浙江绍兴。
光复会这个组织也有自己的特点。它有着比较浓重的汉族传统民族思想的色彩。后来成为光复会会长的章太炎对“光复”两字曾作过解释：“改制同族，谓之革命；驱逐异族，谓之光复。”
取名“光复”，可见他们的着眼点更多地在“驱逐异族”。它的组织比较严密，会员彼此并不相知。鲁迅参加光复会后，对同他一起留学日本的弟弟周作人也没有透露过。他们联络会党的工作是做得比较深入的。浙江地区会党遍地，山堂林立，互不相统，没有湘赣边界地区的马福益那样众望所归的首领，这更决定了他们不能不奔走各地，进行许多深入细致的工作。陶成章在这方面做出了突出的贡献。
岳王会成立的时间稍晚一点，大约是在1905年2月。那时，曾赴日本考察教育的李光炯在安徽芜湖创办安徽公学。在该校任教的陈独秀、柏文蔚等和学生中的激进分子常藩侯（恒芳）等就在这时成立了岳王会。它所以取名岳王会，其用意“盖岳武穆抵抗辽金，至死不变，吾人须继其志，尽力排满”。“会员入会用江湖上宣誓方式，绝对秘密。”
这年10月，柏文蔚去南京新军第九镇担任第三十三标第二营（管带为赵声）前队队官（相当于连长）。岳王会成立南京分部，由柏任分部长。冬天，常藩侯到安庆尚志学堂任训导主任，以后又投身新军的炮兵弁目训练所为学员。岳王会成立安庆分部，由常任分部长。岳王会总会仍设在芜湖，由陈独秀任总会长。
此外，在内地自发地成立的革命小团体还有不少，如上海的爱国协会，湖北的武库、群学会，福建的文明社、汉族独立会，江西的易知社，南京的强国会，四川的公强会、公德社，陕西的励学斋等。他们人数虽不多，作用也不可小视。同盟会成立后，国内各省的分会有不少就是在这些革命小团体的基础上建立起来的。
综观这个时期国内建立起来的这些革命团体，可以注意到这样几个特点：第一，在这些革命团体中力量和影响最大的，是两湖地区的华兴会、科学补习所，江浙地区的光复会。连同原有的以广东地区为基地的兴中会，它们所在的两湖、江浙、广东这三个地区，正是国内资本主义近代工业实力最雄厚也是近代新式学堂最发达的地区。国内的革命力量首先在这三个地区集结起来，自然同这里社会结构的变动和新兴社会力量的发展直接有关。第二，这些革命团体的成员，主要都是留日归国学生和当地新式学堂的师生。为了采取革命行动，他们也注意联络其他社会力量。兴中会、华兴会、光复会最初都着重做联络会党的工作，而科学补习所、岳王会一开始都注意投身到刚建立不久的新军中去工作。同盟会成立后，大体上仍循着这个格局前进。第三，这些团体从成立时起，大多就有着鲜明的革命要求，但却缺乏比较明确而完整的民族民主革命纲领。华兴会并没有成文的革命纲领，只是从它的主要成员的政治言论来看，着重宣传的是“满汉畛域及改革国体政体之理由”。科学补习所，“维会员则以心记之宗旨‘革命排满’四字为主”
。第四，这些团体都有着明显的地区性。华兴会常把自己称为“湖南团体”。光复会的会员大抵都是浙江籍人，如蔡元培、陶成章、徐锡麟、龚宝铨、鲁迅、许寿裳以及后来参加的章太炎、秋瑾等都是，而尤以浙江绍兴人为多。兴中会也绝大多数是广东人。据冯自由《兴中会会员人名事迹考》一文所列，兴中会会员二百八十六人中，二百七十一人为广东人，占百分之九十五。一些两湖籍的留学生甚至把它看作广东人的团体，他们自然是不乐意参加这样一个“广东人的团体”的。
以上这些，说明了两方面的事实：一方面，当时的国内情况，不仅革命思想已得到广泛的传播，而且在许多地方，特别是那些经济文化比较发达的区域已出现目标大体一致的革命团体，这说明成立全国性的统一的革命组织已有了相当条件；另一方面，又可以看到当时那些革命团体还存在严重的弱点，特别是缺乏明确而完整的革命纲领和有着浓重的地区性，这自然同掀起全国性的革命高潮、推翻清朝政府、建立民主共和国的任务难以适应，因而又说明成立全国性的统一的革命组织已是刻不容缓的当务之急了。