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鸦片战争后至中华人民共和国成立前（1840～1949年），中国逐渐沦落为半封建半殖民地的国家，随着西方文化的侵入，中医受到歧视，骨伤科面临危机。中医骨伤科处于花叶凋零、自生自灭的境地。在此期间，骨伤科著作甚少，较有代表性的是1852年赵廷海著《救伤秘旨》，收集少林学派的治伤经验，记载人体36个致命大穴，介绍了损伤各种轻重症的治疗方法，收载“少林寺秘传内外损伤主方”，并增加了“按证加减法”。处于萌芽状态的骨折切开复位、内固定等技术不仅没有发展，而且基本上失传了。这一时期，国内有不少医家接受西方医学知识，成为中西医汇通派早期的代表人物。唐容川著《血证论》，提出的“平人被伤出血，既无偏阴偏阳之病，故一味止血为要，止得一分血，则保一分命”“离经之血便是瘀”等观点对骨伤界产生很大影响。朱沛文编著《华洋脏象约纂》，书中附西洋解剖图百余幅，并试图以西方解剖生理阐述和印证中医理论。张锡纯一生从事中西医汇通，代表作《医学衷中参西录》，主张以中医为主体，取西医之长，补中医之短。他认为中药、西药不应互相抵牾，而应相济为用。
中华人民共和国成立前，中医骨伤科的延续以祖传或师承为主，医疗活动只能以规模极其有限的私人诊所形式开展。这种私人诊所在当时不仅是医疗单位，而且也是教徒授业的教学单位。借此，中医的许多宝贵的学术思想与医疗经验才得以流传下来。全国各地骨伤科诊所，因其学术渊源的差别，出现不少流派，较著名的如：河南省平乐镇郭氏正骨世家，天津苏氏正骨世家，上海石筱山、魏指薪、王子平等骨伤科八大家，广东蔡荣、何竹林等五大骨伤科名家，湖北武当派李氏正骨，福建少林派林如高，四川杜自明、郑怀贤，江苏葛云彬，北京刘寿山，山东梁铁民及辽宁孙华山等，各具特色，在当地影响甚隆。