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明清时期（1368～1840年），骨伤科出现了许多学术上有相当成就的医学家，撰写了大量的骨伤科专著，他们不仅总结了前人的经验，而且还不断提出新的理论和观点，从而形成不同学派，这是中医骨伤科发展史的兴盛时期。
明初，太医院设有十三科，其中属骨伤科范畴的有“接骨”“金镞”两科。隆庆五年（1571年）改名为正骨科（又名正体科）。1644年清朝建立，太医院设九科，其中有“疮疡科”和“正骨科”，后者又名“伤科”。明代《金疮秘传禁方》记载了用骨擦音作为检查是否骨折的方法；对开放性骨折，主张把穿出皮肤已被污染的骨折端切除，以防感染等。明代永乐年间（1406年）朱
等编著《普济方》，其中“折伤门”“金疮门”和“杖伤门”等辑录治疗骨伤科方药1256首，是15世纪以前治疗骨伤方药的总汇。在“接骨手法”中，介绍了12种骨折脱位的复位固定方法；在“用药汤使法”中又列出15种骨折、脱位的复位固定法。明·异远真人著《跌损妙方》记载全身57个穴位，总结了一套按穴位受伤而施治的方药，其“用药歌”在骨伤科亦广为流传。明·薛己撰《正体类要》共两卷，上卷论正体主治大法及记录治疗骨伤科内伤验案65则，下卷介绍诸伤方71首。薛氏重视整体疗法。《正体类要·序》曰：“肢体损于外，则气血伤于内，营卫有所不贯，脏腑由之不和。”强调突出八纲、脏腑、气血辨证论治，用药主张以补气血、补肝肾为主，行气活血次之，其“气血学说”和“平补法”对后世产生巨大影响。著名医药学家李时珍《本草纲目》载药1892味，其中骨伤科药物170余种。明·王肯堂《证治准绳·疡医准绳》对骨折亦有较精辟的论述，如对肱骨外科颈骨折采用不同体位固定，若向前成角畸形，则用手巾悬吊腕部置于胸前；若向后成角，则应置于胸后。该书还把髌骨损伤分为脱位、骨折两类，骨折又分为分离移位或无移位两种，分离移位者，主张复位后用竹箍扎好，置膝于半伸屈位。该书对骨伤科的方药还进行了由博而约的归纳整理，深为后世所推崇。
清代吴谦等著《医宗金鉴·正骨心法要旨》，较系统地总结了清代以前的骨伤科经验，对人体各部的骨度、损伤的治法记录周详，既有理论，亦重实践，图文并茂。该书将正骨手法归纳为摸、接、端、提、推、拿、按、摩八法，并介绍腰腿痛等疾患的手法治疗及运用攀索叠砖法、腰部垫枕法整复腰椎骨折脱位等。在固定方面，主张“爰因身体上下正侧之象，制器以正之，用辅手法之所不逮，以冀分者复合，欹者复正，高者就其平，陷者升其位”，并改进了多种固定器具，如脊柱中段损伤采用通木固定，下腰损伤采用腰柱固定，四肢长骨干骨折采用竹帘、杉篱固定，髌骨骨折采用抱膝圈固定等。沈金鳌著《沈氏尊生书·杂病源流犀烛》发展了骨伤科气血病机学说，对内伤的病因病机、辨证论治有所阐发。胡廷光著《伤科汇纂》收集了清代以前有关骨伤科的文献，结合其临床经验加以整理，是一本价值较高的骨伤科专著，该书系统地阐述了各种损伤的证治，记载了骨折、脱位、筋伤的检查、复位法，附录许多治验医案，并介绍大量骨伤科处方及用药方法。钱秀昌著《伤科补要》，较详细论述骨折、脱位的临床表现及诊治方法，如髋关节后脱位采用屈髋屈膝拔伸回旋法整复等。该书载有医疗器具固定图说、周身各部骨度解释、伤科脉诊及大量方剂。王清任著《医林改错》，对解剖尤其重视，纠正了前人脏腑记载的某些错误，对气血研究亦较深入，尤善活血化瘀法治伤，某些方剂如血府逐瘀汤、通窍活血汤、膈下逐瘀汤、少腹逐瘀汤、身痛逐瘀汤等至今仍为骨伤医家广为采用。