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作为外交官，他强化了一切外交手段：恭维和威胁、欺骗和坦率，偶尔也扮演大兵的角色。在与梵蒂冈打交道时，他表现得最为机智。
作为彻底的革命者，巴黎的督政官们在废除了基督教后，还想摧毁这一宗教的大本营——教皇国梵蒂冈。这种道德上的成就加上梵蒂冈的巨大财富，比波拿巴组建的所有边境国家更具吸引力。因此，他们要求他进军罗马。自儿童时期以来，波拿巴就在想象中把罗马与权力、伟大和荣耀联系在一起，而现在，这个非同一般的地方就在他的眼前，他可以像恺撒那样，亲手从朱庇特神殿中摘取桂冠，因为教皇的军队根本不是他的对手。
但他还是没有这么做。在他眼里，教皇是唯一一个无法用大炮加以废黜的统治者。波拿巴看到了那种影响法国和欧洲千年的思想，也明白殉教行为的道德冲击力。因此他决定不与教皇交战，最多只摆出要交战的样子。“罗马的影响力不可估量，与这个政权断绝关系是我们犯下的一大错误，这对他们有利。”
他挥师南下，渡过卢比孔河，但就此不再前进。提出停火建议的是处于强势的他。这也是他后来惯用的技巧。年迈的教皇接受了提议，因为波拿巴保持了足够的明智，把一切教会问题都暂且搁置。教皇答应向法国支付几百万法郎，并提供一百幅名画，另外还有花瓶和雕像。这些艺术品事先由法国成立的一个委员会挑选。只有两件是波拿巴指名索要的：朱庇特神殿里的尤尼乌斯·布鲁图和马可斯·布鲁图胸像。他就像一个来自科西嘉的罗马人：渡过了卢比孔河，没有踏入罗马，却索取两位布鲁图的胸像作为占领费。
当教皇不肯如约支付赔款并制造麻烦时，他再次朝罗马进军，但依然没有进入罗马。一次小小的交战足以敦促敌方缔结和约。他在北部战场马上又要用到部队，而且教皇倘若逃跑，会把所有珍宝一起带走，到时候他拿什么进贡给巴黎的督政官们？他甚至自作主张宽恕了那些拒绝宣誓效忠革命政府、逃到罗马寻求庇护的法国神父，到处结交教会人士，把那位公民大主教比作使徒，并在好几封致教会高层人士的信件中强调：“福音书的教义建立在平等之上，因此它对每个共和国来说都是最有利的学说。”对此，废除了基督教的巴黎政府不知会说些什么！
最后，他给准备逃亡的教皇带去消息，叫他不必怕他：“请您转告圣父，波拿巴不是阿提拉。纵然他是阿提拉，也请圣父想一想，他可是列奥的继任者。
”他就是如此具有历史意识地对待最古老的御座。然而，当教皇的使节迟迟不肯签字时，这位老练而有教养的男子顿时摆出一介武夫的架势，一把撕碎协议草案，转身扔进火炉：“阁下，我们缔结的不是和平，而只是停战协定。”教皇的代表们大惊失色。他借机把原来的要求提高了一倍。这一次他如愿以偿。教皇给这位“亲爱的儿子”写了封信，并向他祝福。
他从来不像当时的外交官们那样故作神秘。在他的第一个停战协定签订后一小时，他便以历史学家的超然态度看待此事。“我对科萨里阿城堡的进攻毫无意义，”就餐时他对战败的皮埃蒙特代表说，“而你们17日的行动非常正确。”
第一个战役接近尾声时，他在自信和适度方面也表现得十分出色。3月初他从伦巴第出发，月底即已抵达施蒂利亚，距维也纳只有数日路程。如果现在莱茵部队取得类似的胜利，他们便可迫使奥地利皇帝弗朗茨缔结和约。然而，恰恰现在他停止了前进，主动向战败者提出和平建议。实际上，莱茵部队尚未到达，奥地利和匈牙利正在热火朝天地备战，他本该等待并保持威慑力，这是占领者的逻辑。
但波拿巴是政治家。督政官们面临着新的选举，他们需要和平，而他还需要督政官们。如果他这个军人独自、亲手给法国带来它五年来一直寻求的和平，那会怎么样呢？难道要他把荣誉与莱茵部队的竞争对手们分享？战场的运气捉摸不定，只有鲁莽的人才敢冒不必要的风险。他再次攻击敌人，切断了对方的莱茵部队与其他部队的联系。一年来这位新统帅令整个欧洲感到畏惧，现在他该作出和平的姿态，让人们对他这位新政治家产生尊敬。他以完全平等的地位，不按宫廷礼节称呼，写信给德意志皇帝
的弟弟、他的手下败将查理大公：
“总司令先生：我们勇敢的战士正在浴血奋战，同时期盼着和平。这场战争不是已经持续六年了吗？难道我们杀的人、我们给悲伤的人类造成的痛苦还不够吗？到处都有人呼唤和平，几乎所有国家都放下了对付法国的武器，只有贵国还在单枪匹马地战斗。这场新战役已有不祥的预兆在先。不管它的结局如何，我们中的每一方都将给对方带来数千人的死亡，而最终我们依然会缔结条约，因为一切都有尽头，包括最强烈的仇恨……您作为皇帝的亲人，应该比感情用事的政客们和两国政府超脱，您难道不愿意获得人类造福者和德意志民族救星的称号？我相信您完全可能凭武器拯救您的国家，但届时德国也成了一片废墟。如果我的这些话能够挽救哪怕一个人的生命，我也将以此为荣，而宁愿不要可悲的战场荣誉。”
这封信使查理大公深受感动。他受过良好的教育，从骨子里反对一切战争，只是因职责所在才不得不担任总司令。有波拿巴的信在手，他可以说服维也纳的主战派和皇帝改变立场。如果他们拒绝接受，事情会怎样呢？波拿巴肯定会把自己的信连同他们的回信一起发表，并再次向欧洲大肆吹嘘法兰西共和国的人道理想，谴责德意志封建国家的好战分子。然后，他会烧杀抢掠，并宣称这一切都是我们的顽固造成的。事实上信刚寄出，他的部分军队便紧跟而来，占领了莱奥本城。
奥皇的使节们来了。波拿巴一直走到台阶下迎接，谈起皇帝和查理大公时充满了尊敬。针对波拿巴的和平呼吁，使节们提出了停火十天的请求，在此期间维也纳可以继续备战。波拿巴避而不答，只邀请他们赴晚宴。饭后他同意停战五天。
维也纳的敌人松了口气，巴黎的督政官们却大为震惊。什么？这位将领打算单独缔结和约？那么以后他只需来到巴黎，轻而易举地便可把我们除去。他们礼貌地通知波拿巴，政府代表已动身前往军营，请他耐心等候，等代表抵达后再作定夺。接到命令后，波拿巴更为急促地催对方尽快决定。他知道别人在巴黎怎么评价他，毫不客气地回复督政官们说：“我本人恳请你们少安毋躁。我是值得你们信赖的。可以说，我的一切行动都在拿自己的生命冒险，我为自己赢得的荣誉远远超出了一个幸福者的需要。目前我已逼近维也纳，再次把意大利的美丽平原留在身后，以便为这支国家已经养不起的部队寻找面包。我的公民生涯与军人生涯一样单纯，诽谤者却企图诬蔑我有不可告人的目的，他们的阴谋不会得逞。”
这带刺的话语背后，波拿巴正朝着他未曾道出的目标前进。
没完没了的谈判！有什么意义？你们把比利时和伦巴第交给我们，以后再在德意志帝国范围内补偿这些失去了领土的诸侯！哈布斯堡接受了这一原则，因为无论皇帝还是任何一位德意志诸侯，都已对德意志帝国失去了兴趣。它已奄奄一息，行将就木。通过这种方式，法国把手伸到了莱茵河对岸。只是失去伦巴第的哈布斯堡该怎样获得补偿，还是个未知数。
恰在此时，传来报告说威尼斯发生了杀死法军的事件和骚乱。好极了，现在我们终于可以扮演复仇者的角色了！威尼斯也已老朽不堪，也该寿终正寝了。“随着好望角的发现及的里雅斯特和安可纳的崛起，威尼斯就开始没落。”波拿巴致信督政官们，以便使他们获得道德上的安宁，也就是说，他们可以把这些话拿到报上发表。“威尼斯已经不堪一击。我们必须把可怜、怯懦、缺乏自由潜质、无地无水的威尼斯人，交给那些得到了他们腹地的人。事先我们开走他们的船只，搬空他们的军械库，运走他们的大炮，关闭他们的银行。科孚岛和安可纳我们也会留给自己。”在将威尼斯几乎变成一具空壳后，再交给哈布斯堡。
至于那些贵族元老，他们作为几大家族强人的后代，在威尼斯统治了数百年，把它变成了世界上最反动的国家之一。对于他们，波拿巴毫不客气：“你煽动农民。”谈判期间他从蒂罗尔写信给威尼斯总督，“到处都在喊：打死法国佬！已经有数百名我军士兵成为你的牺牲品。你别抵赖，这些骚乱都是你挑起的！你以为我现在身处德意志的中心地带，就无法保护我们这个世界第一号民族的尊严？血债血偿，我会替弟兄们报仇的！要么战争要么和平！……如果你不马上把肇事凶手交给我，我将立刻宣战！”
吓唬十几个颤巍巍的年迈贵族时，他用的也是这种语气。不久，元老院的使节来到军营，他装作怒不可遏，训斥他们道：“宪法和元老院我都不想要了！对于威尼斯，我将充当阿提拉第二
！我不想再听什么提案！我会给你们法律！”后来，在城市移交仪式上，九十岁的总督当场昏倒，一命呜呼。他是威尼斯的最后一位总督。波拿巴一直忘不了这个情景。
现在，他在意大利的使命终于完成了吗？他不是已经拥有了一切，实现了所有的目标？
他没有目标，因为每迈出一步都会看到新的前景。威尼斯只是一块供他跃入大海畅游的跳板。他喜欢威尼斯的岛屿，而现在，亚得里亚海展现在面前，他怎能停步！不久前在安可纳强迫罗马签订和约时，他曾站在海滩眺望大海：那是爱奥尼亚群岛，那是土耳其。他写道：“从这里出发，二十四小时便可抵达马其顿，那可是我们左右土耳其帝国命运的宝地。”早在于参谋本部担任准将时，他不是就已经想要深入土耳其了吗？在安科纳，他派密使去约阿尼纳、斯库塔里和波斯尼亚，与当地有权势的帕夏
建立了联系。
此刻，在莱奥本，他巩固了对威尼斯各岛的统治，又下令攻占科孚岛和赞特，“以便同时控制亚得里亚海和东方。再也没有谁能保住土耳其帝国，要不了多久我们便可看到它的灭亡。爱奥尼亚群岛的占领使我们有机会支持土耳其或者获得我们应有的份额”。
从现实政治的角度看，所有这一切均针对英国，因为法国很早就希望通过在地中海建立据点，切断英国与印度的联系。但在波拿巴这里，这些手段首次为他自己的目标所推动：他不是为了打击英国这个死敌而欲得到东方，而是为了得到东方而寻找对付英国的手段。他的想象总是远远超前于行动，因此刚被他抓住一只角的欧洲对他来说已经太小了。他对布里昂说：
“只有东方才出现过庞大的帝国和巨大的变革，那可是六亿人的居住地！欧洲不过是鼹鼠挖出的一堆土！”