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许多人认为，功利主义最明显的缺陷在于，它没有尊重个体权利。由于仅仅考虑满意度的总和，它可能恣意践踏个体公民。虽然对功利主义者而言，个体也重要，但只有将每个人的偏好与他人的偏好统计在一起的时候才是如此。然而，这意味着我们如果自始至终坚持功利主义的逻辑，就有可能纵容许多无视人类基本尊严的行为，正如以下这些案例所表明的。
古罗马时期有一种大众娱乐项目：将基督徒扔给竞技场中的狮子。让我们来想象一下，运用功利主义会如何看待这种娱乐：当狮子撕裂并吞食基督徒时，这名基督徒遭受了极大的痛苦，然而，那些围在竞技场边欢呼着的观众却感受到了狂喜。如果有足够多的罗马人从这一残暴的景象中得到足够多的快乐，那么，一个功利主义者又有什么理由来谴责它呢？
功利主义者可能会担忧，这样的游戏会使人们变得粗野，进而在罗马的街头引起更多暴力；会引起那些潜在受害者的恐惧和战栗，他们某一天也有可能被扔给狮子。如果这些后果足够坏，那么它们或许会超过这个游戏带来的快乐，并给功利主义者们禁止该游戏的理由。但是，如果这种考虑就是反对为了娱乐大众而残害基督徒的唯一理由，难道不是缺少了一些道德上的重要性吗？
在当代争论中有一个类似的问题：在审问恐怖分子嫌疑人时，使用严刑逼供是否正当？让我们来考虑一个关于定时炸弹的情形：假设你是美国中央情报局（CIA）分支机构的负责人，抓住了一名恐怖分子嫌疑人，你相信他肯定有一些关于一个核装置的情报，而这个核装置被设定于当天在曼哈顿爆炸。事实上，你有理由怀疑，就是他自己安装了这个炸弹。随着时针嘀嘀嗒嗒地转动，他还是拒绝承认他是恐怖分子，也不供出这个炸弹的位置。那么，我们能够正当地对他施行严刑拷打直至他供出炸弹在何处，以及如何拆除它吗？
赞成这么做的理由源于一种功利主义的算计。尽管严刑逼供使嫌疑人遭受痛苦，极大地减少了他的幸福和功利，可是炸弹一旦爆炸，就将伤害成千上万条无辜的生命。因此，你可能会基于功利主义的理由认为，如果使一个人遭受剧痛能阻止大范围的死亡和苦难，这样做在道德上就是正当的。美国前副总统理查德·切尼认为，对基地组织恐怖分子嫌疑人使用残酷的审讯手段，能帮助他们避免另一场针对美国的恐怖袭击。他的这一论证就是基于功利主义的逻辑。
这并不是说功利主义者就肯定支持严刑逼供，某些功利主义者基于实际的理由是对此持反对态度的。他们认为，严刑逼供很少起作用，因为逼迫之下所获取的情报经常不可靠。因此，我们是让他们受苦了，却并没有使共同体更加安全：集体的功利没有任何增加。或者他们担心，如果美国实施严刑逼供，那么一旦美国士兵被俘，他们就将面临更加严酷的对待。综合起来考虑，这种与使用严刑逼供相关的结果，可能在实际上减少了总体功利。
这些实际的考量也许正确，也许错误。不管怎样，作为反对使用严刑逼供的理由，它们与功利主义的思维方式完全一致。它们并没有断言严刑逼迫一个人在本质上就是错的，而只是担心使用严刑逼供会有不良后果，而这不良后果从总体来看弊大于利。
有些人从原则上反对严刑逼供，他们认为这侵犯了人权，也没有尊重人类的内在尊严。他们反对严刑逼供的理由并不依赖于功利主义的考量。他们认为人权和人类尊严拥有一个超越功利的道德基础。如果他们是对的，那么边沁的哲学就错了。
从表面上看，定时炸弹的情形似乎支持边沁的论证。数量似乎确实产生了道德上的差异。为了尊重一个无辜的船舱男仆的生命而接受救生艇上三个人可能死亡的事实是一回事，可如果是像定时炸弹的情形，有成千上万条无辜的生命处于危险之中呢？如果几十万条生命处境危险呢？功利主义者可能会辩称，在某些时刻，即使是最热心的人权倡导者也会很难坚持认为，让大量无辜的生命死去，比严刑拷打一个可能知道这个炸弹藏身之处的恐怖分子嫌疑人在道德上更加可取。
然而，作为对功利主义道德推理的一个考验，这个定时炸弹的例子具有误导性。它似乎证明了数量确实重要，因此，如果有足够多的生命处于危险之中，那么我们应当放下对尊严和权利的道德顾虑。如果这一点是真实的，那么，道德终究还是在于计算得失。
然而，严刑逼供的情形并没有表明，挽救许多条生命的这样一种前景能够证明使一个无辜之人遭受严酷痛苦是正当的。让我们回想一下，那个被严刑拷打以挽救无辜生命的人是一个恐怖分子嫌疑人，事实上我们相信这个人安装了那枚炸弹。那么，那种支持我们严刑拷打他的理由的道德力量在很大程度上便取决于这样一种假设：他以某种方式对我们现在所力图避免的危险负有责任，或者在他对这枚炸弹并没有任何责任的情况下，我们认为他实施了其他可怕的行为使他应得残酷的对待。在定时炸弹这一案例中起作用的道德直觉并不仅仅是关于得失的计算，同时也是一种非功利主义的观念，即恐怖主义者是坏人，他们应该受到惩罚。
如果我们将这个假设的情形稍做改动，排除任何假定的犯罪因素，我们会更加清楚地看明白这一点。假如诱使该恐怖分子嫌疑人开口的唯一方式，就是折磨他的年幼女儿（她对父亲穷凶极恶的行为毫不知情），这样做在道德上是允许的吗？我相信，即使是一个硬心肠的功利主义者也可能在这一想法面前退缩。然而，这一版关于严刑逼供的情形，却给功利主义原则带来了一次更加真实的考验。它悬置了这样一种直觉：恐怖分子无论如何都应当受到惩罚（不考虑我们所期望获取的重要情报），同时，它也促使我们评价功利主义的计算本身。
第二个版本（涉及那个无辜的女儿）的关于严刑拷打的情形，使我们想起厄休拉·勒古恩的一篇短篇小说：《离开欧麦拉城的人》。它讲述了一个叫欧麦拉的城市的故事。这是一个拥有幸福感和公民荣誉感的城市，没有国王和奴隶，没有广告和股票交易，也没有原子弹。为了不让我们觉得这个地方过于理想化而超出想象，作者告诉了我们有关这个地方的另外一件事情：“在欧麦拉的一栋漂亮的公共建筑的地下室里，或者说在一栋宽敞的私人住宅的地窖里，有一个房间，门是锁着的，没有窗户。”房间里坐着一个孩子，有些弱智，营养不良，并且被人们忽视。他在极度痛苦中勉强维生。
所有的欧麦拉人都知道，他就在那里……他们都知道，他得待在那里……他们明白，他们的幸福、他们美丽的城市、友谊及孩子们的健康……甚至粮食的大丰收和风调雨顺的天气，都完全取决于这个孩子所受的可怕的痛苦……如果人们把这个孩子带出那个污秽之地以见天日，如果人们把他清理干净并喂饱他、让他感到舒适，这确实是一件好事。可是，如果人们这样做，那么欧麦拉人所有的繁荣、美丽和喜悦，在那一刻都将衰退并被毁灭。这就是条件。 8
这些条件在道德上是可接受的吗？对边沁功利主义的第一种反驳主张维护基本人权，认为它们在道德上不可接受，即使它们能带来整个城市的幸福。侵犯那个无辜孩子的权利是不对的，哪怕是为了多数人的幸福。