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“古人用兵，先明功罪赏罚。”这是曾国藩在实战中得到的另一个重要启示。湘军诸将，立功者被奖拔保奏，溃败者被革退更置，能够在整编裁撤中被曾国藩留下来的部队，主要是参加湘潭战役的塔齐布、周凤山、彭玉麟、杨载福等营；以及在岳州战役中表现突出的邹寿璋两营；防守平江有功的林源恩营。
衡州出师之前，按湘军制度，营的编制上面没有组织。有人曾建议曾国藩于营官之上，再立“总统”。曾国藩考虑每个营的勇丁大多来自湖南某个地方，如果设“总统”，貌似“总统”可辖好几个营，但因语言、习惯、乡情等不同，各营之间仍可能无法贯通，导致“总统”无法统一指挥和节制，所以没有同意。
曾国藩虽未正式设“总统”，实际却早已有此行动，因为各营常常需要联合作战，而仅凭他一个大帅，又难以处处遥制。比如，塔齐布和周凤山分别为营官，然而两营其实都由塔齐布负主责；又比如，出援湘潭的五个营水师，均由褚汝航担任阵前指挥。实战需要促使曾国藩改变主意，终于建立起一个与“总统”相仿的制度，这就是统领制。统领在大帅之下统辖各营，独当一路。这时罗泽南自衡州来长沙，曾国藩便让他与塔齐布分统陆师，水师方面则仍由褚汝航担任统领。
除统领制外，曾国藩还完善了营规。在岳州战役中，湘军因为没有扎营以守的习惯，导致屡战屡败，于是“扎营垒以利攻守”开始进入他们的意识。与此同时，曾国藩亲眼看到太平军凡军行所至，必筑垒如城、掘壕如川，坚深无匹，这样的扎营法在令其惊羡之余，也认为湘军必须加以效仿。在重新考订的营规中，曾国藩对于扎营标准规定得非常细致周到。从应选择在哪里扎营，到组成营垒的墙子（即土墙）、壕沟、花篱要选用何种材料、高多少、深多少，都一清二楚，可操作性极强。
湘潭之役后，太平军方面也在进行内部调整。石祥祯、林绍璋为等待援兵，退出靖港，退集岳州。不久，秋官又正丞相曾天养率部增援湖南，石祥祯回师湖北，参与进攻武昌，由曾天养接替他负责留守岳州。
在太平天国内部，因为要避“天”字，曾天养将本名中的“天”改成了“添”，故而称为曾添养。他在早期的拜上帝会会员中，是一个较为活跃的组织者。此人深目长髯，身材雄伟，金田起义时，就已经五十多岁，但剽悍绝伦，在太平军中有“飞将军”之称。湖北黄州堵城击溃清军大营，迫使湖广总督吴文镕自杀一役，即为他的军事杰作。
曾天养是一个堪比石祥祯，甚至可能更狠的角色。他没有守着岳州不动，而是趁湘军主力尚在整顿，水师无法巡逻援救之际，自岳州西进，连克华容、澧州、常德等地。看到这一情况，曾国藩决定尽快自长沙出师。军队既然还要准备打大仗，就不能只整编不扩充。湖南官绅此时皆倚湘军为长城，都指着湘军收复失地，这使曾国藩提出的扩军计划一路绿灯，进展顺利。
湘军再次大规模募勇，在执行相应规定时，总体上更加严格。衡州练兵期间，水勇基本是来了就收，现在则按照宁缺毋滥的原则，比照陆勇的招募办法进行挑选。除在本省招募水勇外，曾国藩还从广西调来了道员李孟群所募两广水勇千人、总兵陈辉龙所带广东水师四百余人，这使外省（主要是两广）水勇占到了全军的四分之一强。因风浪打击和靖港大败，水师船舰损失甚大。不过在太平军退至岳州后，衡州船厂又赶造了新船六十余艘，长沙亦设船厂并修理了旧船一百多艘，兵船方面的缺额基本得到弥补。
经过重新招募、跨省调兵，再加上罗泽南、李续宾两营已从衡州前来长沙与大部队会合，全军战勇达到一万三千余人，比衡州出师时的勇数还有所增加。
代替罗、李二营到湘南执行防务的，是王錱的老湘营。在羊楼司、岳州两战中，王錱损失了超过一半的人马，即便他早已不受曾国藩辖制，也很难逃过朝廷的处分和裁撤。这时应骆秉章之聘，左宗棠已入抚幕。骆秉章、左宗棠视老湘营为湘抚的近卫军，为帮助王錱摆脱困境，左宗棠在替骆秉章起草湘潭大捷的奏稿时，便暗自将夸大了的王錱战功插了进去，以此保住了王錱及其老湘营。不久，骆、左又让王錱新招了一营，作为防御部队使用。
除了老湘营已无法随曾国藩作战外，江忠淑带四千余楚勇在平江一带待命，胡林翼的黔勇、岳州知府魁联的宝勇亦可听命出击。不包括长夫在内，曾国藩可指挥调遣的机动作战兵力已达一万九千人左右。