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筹办水师的困难，要远超陆师，尤以造船最为不易。而后者也被曾国藩认为是水师能否编练成功的首要环节。
湖南虽不乏造船技工，但工艺水平不高，只会造民船；至于战船，他们连见都没见到过，更不用说造了。曾国藩及其幕僚对此也所知甚少，结果勉强试造出来的样船太小，既压不住大江风浪，又顶不住巨炮轰击，皆不可用。
湖南绿营有岳州水师，尽管也是空有其名，不过守备成名标却知道广东拖罟、快蟹船舰的式样。曾国藩将成名标从长沙调到衡州，在成名标的指点下，工匠将商船改造成了拖罟、快蟹。样船果然能在江面上顺利行驶，而且发炮试击，船上也没有出现大的震动。
接着曾国藩又从广西桂林调来了候补同知褚汝航。褚汝航懂得广东长龙船舰的式样，有了他和成名标，造船技术上已经没有太大问题，只缺经费。
造船费用巨大，在船舰试造期间就已出现不小开支，如此大的开支，不可能通过捐输消化。曾国藩因此奏准朝廷，将广东解江南大营的四万两饷银截留下来，作为水师经费。随后曾国藩即设总厂于衡州，委任成名标为监督；设分厂于湘潭，委任褚汝航为监督，开始大规模赶造船舰。
千里长江，港汊纵横，太平军船只易于在港汊中藏匿；拖罟、快蟹、长龙皆属于大中型船舰，难以进入这些港汊。刚刚加入曾国藩幕府的黄冕曾在江南办理过海运海防，熟悉江海兵事，按照他的建议，曾国藩下令增造江南小型战船舢板，与拖罟、快蟹、长龙搭配使用。
船之外是炮。当时国内造炮技术很原始，土制的铜炮、铁炮难以配备于战船，大家对此都是很清楚的。朝廷也已按照江忠源的奏疏，准许从广东购进大炮千尊。这些从国外购进的大炮时称“洋庄”，系广东地方政府设法与英、法、美等国商人接洽，从他们手里购回的一种旧式前膛熟铁炮，此类洋炮比中国土炮的威力大、射程远，而且不易炸膛。
水师招募和训练的流程与陆师一般无二，也是先由曾国藩挑选营官，再由营官募勇，最后加以训练兼筛选淘汰。营官人选，曾国藩仍坚持选用儒生；水勇因为技术性强，应募者没那么多，所以要求方面比陆师要低一些，而且主要集中于船民尤其是湘乡船民。
陆师既已扩充，如今又新建了水师，使得湘军初具规模。曾国藩在给江忠源的信中，道出了自己的计划：打造战船两百条，辅以民船七八百，大小炮千余尊；水勇四千，陆勇六千（不计老湘营在内的现有湘勇）；次年成行，夹江而下，与江忠源会师于九江。计划看上去很美，然而曾、江最终能否会师，还要看江忠源到底能不能撑到那个时候。
江忠源此次赶赴安徽的情况，与田家镇战役前近似。他接到朝廷的急诏时，人还在湖北黄陂，楚勇则远在长沙和武昌，无法随其出征。江忠源没办法，他在田家镇溃败时收容了一些残兵败将，只好临时从中挑选了一千四百余人，随其先行赴皖。
出发时下着大雨，江忠源部冒雨疾行，冬雨寒湿，加上又饥又饿，许多官兵都生了病。当抵达安徽霍邱县境内的霍家集时，疲惫不堪的江忠源也染上了疟疾，但他仍率部继续急行军达八十余里，直至于次日晚赶至六安州。在六安州城，江忠源病情加剧，不得不暂时留城医治。
两天后，太平军攻克舒城，守城的吕贤基自杀身亡。吕贤基系在籍工部左侍郎，时任安徽督办团练大臣。曾国藩闻讯，颇有兔死狐悲之感，又得知江忠源抱病六安，暂时不能前往庐州，更是忧急惶恐，慨叹：“东南局势真堪痛哭。”
舒城距庐州仅一百二十里，如果太平军迅速进军庐州，庐州必然会被其攻占。江忠源连日派人打探，得知太平军正在舒城补修城垣，开挖壕沟，驻兵防守，其机动主力部队尚未向庐州挺进；与此同时，已被革职的庐州府知府胡元炜又传信过来，告知庐州“兵力已厚，饷也充裕”。这让江忠源认为守住庐州尚有希望，于是不顾六安吏民的竭力挽留，决定抱病前往庐州。
江忠源在六安也招募了一批当地乡勇。病势稍见好转，他即命云南鹤丽镇总兵音德布带云南兵、陕西兵、乡勇共一千四百人留守六安；自率四川兵、开化勇、广勇、乡勇两千七百余人，向庐州兼程前进。