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攻打南昌的太平军将领，无论赖汉英还是石祥祯，当时都只顾一味强攻坚城；其实他们应该审时度势，及早采取围城打援的战法，以歼灭清军援兵为主。这样不仅可以改变长期顿兵坚城之下的不利态势，而且有望在各个击破、不断歼灭援敌的情况下攻克南昌。根据当时双方的实力对比以及清军援军到达时间不一等情况，太平军是有可能做到这一点的，可惜赖、石等人计不及此。等到清军援兵都陆续集结于南昌，江忠源一方兵力加厚，守城已经变得有惊无险了。
在援兵云集的情况下，江忠源认为没必要把所有部队都屯集于城内，应该分出兵力，去稳定南昌外围的州县。江忠淑部楚勇、罗泽南部湘勇，一个因过于轻敌；一个因刚刚募成，未经充分训练，临敌又无经验，导致双双落败。按照江忠源的意思，以两部为主的湖南援兵不宜再当大敌，正好可以分派出去。
江忠源就此征询张芾等人的意见，众人都不赞同，觉得好不容易等来的援军，怎么还要撒出去？江忠源拥有张芾所赋予的军事指挥权，他坚持己见，仍然还是按照自己的设想，命湖南候补道夏廷樾率营兵移驻樟树镇，以扼制太平军的水上行动；同时派楚勇、湘勇分别前往泰和、安福，对当地的天地会起义军进行镇压。
楚勇、湘勇都在短时间内完成了任务。楚勇盛名在外，一旦恢复过来，拿下会党本不在话下；倒是安福之战对于罗泽南等人来说，意义更为重大，此后他们渐习战阵，在作战能力方面开始和楚勇不相上下。
江忠源避实击虚，分兵外围，切断了天地会与太平军联手作战的可能，在态势上使太平军陷入了孤军奋战和两面应敌的被动处境。赖汉英、石祥祯等人无计可施，双方进入了对峙相持阶段。
郭嵩焘进入南昌后，在江忠源身边临时充当幕僚。他跟随江忠源守章江门，通过实地观察和审讯俘虏，发现太平军利用水乡泽国的地理条件，已把水营的价值和作用充分开发出来——水营除了用船只运送陆战部队外，还可以与陆营互相依靠和掩护。即平时陆营用营垒保护船队，而当陆战爆发时，水营也可以列队排阵，对自家陆营予以援助，用炮火对清军进行攻击。
在长江流域这条战线上，太平军依靠水陆联动，行动迅捷，攻守两利。相比之下，清军只有陆师，没有水师，受江河湖汊限制太大，部队行动拙滞，南昌被围初期的窘境即说明了一切。郭嵩焘由此得出结论，只有与太平军争夺长江之险，最终方可以制胜；而要争夺长江之险，又必须打造战船，否则便无可言战。
郭嵩焘提醒了江忠源。江忠源早在湖北时，看到太平军水营活跃于大江之上，有感而发，在和曾国藩讨论江皖大局时，就曾建议：是否可以从江楚皖各省调集战船数百艘，再调闽广水师数千人，用以先肃清江面。那时候江忠源就想到要集中战船，但道咸年间武备废弛，内地省份的绿营都是徒存水师之名，哪有战船？广东水师倒是有战船，主持江南大营的向荣后来奏调广东海船百余艘，并拟取海道至江南。但广东方面回复称，所调海船都很笨重，恐怕难以驶入长江，江忠源的这一建议只能流于空谈。
南昌战役期间，太平军船队在长江、内湖穿梭来去，运送给养给部队非常及时；而清军却没有一艘船，机动能力和后勤补给效率都远远落后于对手。江忠源对此非常着急，经过郭嵩焘一点拨，他茅塞顿开，恍然大悟：与其临渊羡鱼，不如退而结网，没有船，可以自己造嘛！江忠源很激动地对郭嵩焘说：“在军营两年，未闻此言！”他立即让郭嵩焘代他拟稿上奏，请饬湖南、湖北、四川各造长龙快蟹船二十艘；即令广东购大炮千尊，配给各船；并请求将所造战船统一交曾国藩管带部署。
无独有偶，清廷这时也看到了水师的重要性，曾国藩一到衡州，就接到咸丰的上谕，让他和骆秉章选派兵勇，酌办炮船。不过咸丰所说的，其实仍是收集和改造民船，而非自造战船。
曾国藩十分赞赏江忠源、郭嵩焘的倡议，但船要打造、炮要添置、兵要训练，不是说有就有的，没法立即施用于南昌之役。曾国藩最初主张直接调广东水师，然而也是远水难解近渴；后来郭嵩焘献计，说可以先造可容百人的木排，列炮其上，与陆勇夹岸冲击太平军的船队。出于临时应急的需要，曾国藩果真依计赶造了大木排，但尚未来得及投入使用，南昌前线就传来消息，太平军撤围了。