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太平军进抵南昌后，稍事准备，即行攻城，但为城内炮火所阻。与此同时，由于江忠源已将近城的民房建筑物一概烧光，土营缺乏掩护，只能在离城较远的地方开掘地道，由此距离拉长，工程量也变大了。
西征军统帅之一赖汉英时任夏官副丞相，他是洪秀全的妻舅，天国内部称为“赖国舅”。天国将领以文化不高的大老粗居多，主要将领多为文盲半文盲，连东王杨秀清都目不识丁；“赖国舅”曾读诗书，粗通文墨，在其集团内已经算是一员儒将了。见江忠源就在南昌，而且城中守御严密，赖汉英便在德胜门外的北兰寺一带连营数里，掘壕起堑，建立阵地；另派游动部队在战场外围巡逻，日出夜归，断敌接济。
现在赖汉英手上有两张牌，一张是地上的“困死牌”，一张是地下的“穴地牌”，其中任何一张牌，都对守军有着致命的威胁。江忠源深知如果单纯死守，脖子只会被对手越掐越紧，他多次督军出城，对北兰寺阵地进行冲击，并炮轰太平军船只。其间虽有过两次小捷，但都无法从根本上动摇太平军的防线。
随着时间的延续，太平军的地道逐渐接近城根。江忠源根据长沙经验，也早已采取针对性措施，开挖明沟；又采用“瓮听法”，即埋设瓮缸，让人坐在瓮缸里监听动静，一旦发现地道，即灌水淹塌。当然，这些措施也都无法做到万无一失，1853年7月9日，德胜门月城外一声巨响，城墙被炸坍六丈余。城上预先配置了大量盛土的布囊，就是紧急时拿来堵塞塌城缺口的；按照预案，江忠济立即率数百敢死队员冲进缺口，一边堆垒布囊，一边阻击拥上来的太平军。未料没多一会，旁边的城墙也发生坍塌，不少敢死队员猝不及防，被埋在了里面，江忠济闪得快，才避免了一劫。尽管如此，众人并没有因此胆怯，反而垒得更快更急，最后终于将缺口给完全堵住了。
灵活多变是太平军作战的一大特征。隔了十几天后，原缺口附近在破晓之前又发生爆炸，其西面城墙被炸坍四丈余；紧接着，在右面相连处，城墙被轰塌五丈余。当守军奔向缺口进行堵筑时，原缺口东面的城墙竟然又被轰塌六丈余，顿时，巨石掀空，尘土四塞，缺口附近的守军非死即伤。
在三个不同的方位埋设地雷，连续进行轰炸，而且炸药量一次比一次大，这样的打法，足以令人精神崩溃。这时正值东北风，扬起的漫天尘埃向城内扩散，遮住了守军的视线，太平军趁机扬旗登城，至此，守军无法抵御，已人人自度必死。江忠源后来直言他在南昌之役中，“历生平未历之险，受生平未受之惊”，那一瞬间，也无疑是他最感绝望的时刻。眼看赖汉英的“穴地牌”就要成功了，忽然风向突变，刹那间，北风变成了南风，滚滚烟尘又向城外散去。江忠源抓住这一天赐良机，率部发起反击；驻于城外的清军也分路出救，绕至太平军背后进行袭击；已经登城的太平军站不住脚，被迫退下了城头。
两次轰城不克，赖汉英极不甘心，便亲自督兵挖掘地道。很幸运，新的地道在挖掘过程也没被发现，最后引燃炸药，将城墙炸坍数丈。看到城墙坍塌，官兵正要沿着缺口冲击，赖汉英说别急，我们这是连续爆炸，再等一等。可是等来等去，所谓的第二声爆炸声一直都没响，而守军却已经趁机封死了缺口。事后，赖汉英理所当然遭到诸将埋怨，他还不服气，结果拿来土营的报告一对照，证明确实是他自己记错了。赖汉英为此把肠子都给悔青了。
自此以后，穴地攻城再未有新的成果。赖汉英攻南昌不下，只得一面继续围困，一面等待后续援军。
由于南昌战役僵持不下，双方都向南昌增兵，准备进一步展开争夺。1853年8月初，国宗石祥祯、韦俊等率增援部队万余人、船只近千艘，自天京抵达南昌城外。赖汉英与其合兵一处，联合对南昌城发起猛攻。
南昌城头，攻守激烈，江忠源将千余名楚勇分派至城头，用以监督城垛守卒。他自己带着官吏们早晚巡城，实行近乎严酷的军纪：玩忽职守者，杀；缒城逃跑者，杀；临阵退缩者，杀；甚至在街上传言太平军攻城很急，快要守不住的，也要杀。在严行军律的同时，也予以重赏。总之是为了守住城池，可以不顾一切。赖汉英、石祥祯等屡攻不克，于是决定一面继续围城，一面进攻其外围各州县，以孤立南昌守军。
自8月中下旬起，清军各路援兵也陆续抵达，其中以湖南的援兵为最多。另外，张亮基从湖北派来广东兵两千人，向荣从江南大营派来云南兵一千两百人，这使南昌城内外的清军兵勇最终也增加到了万余人。