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身在越州的宋高宗，最初得到金兵自采石渡江的不确切传闻，“大骇”，命随从官员商议对策。众人七嘴八舌，议论纷纷，莫衷一是。接着，又正式得到杜充的败报。吕颐浩说：“臣有一策，望圣意详度，断在必行。”宋高宗问：“如何？”吕颐浩说：“虏人以骑兵取胜。今銮舆一行，皇族、百司官吏、兵卫家小甚众，若陆行山险之路，粮运不给，必致生变。兼金人既渡浙江，必分遣轻骑追袭。今若车驾乘海舟以避狄，既登海舟之后，虏骑必不能袭我。江、浙地热，虏亦不能久留。俟其退去，复还二浙。彼入我出，彼出我入，此正兵家之奇也。”宋高宗为此不得不沉思良久。翌日，吕颐浩晚朝奏事，宋高宗说：“航海之事，朕昨夕熟思之，断在必行，卿等速寻船。”君臣遂决定先逃往明州（治今浙江宁波）。吕颐浩还建议，“欲令从官已下，各从便而去”。宋高宗不同意，说：“士大夫当知义理，岂可不扈从？若如此，则朕所至，乃同寇盗耳！”但百官人心惶惶，皇帝的圣旨对他们已无约束力，“侍从百官皆散”，或留在越州不走，或逃奔外地，惟有吕颐浩等少数臣僚“从行”。
十二月初，宋高宗一行来到明州。原来在当年初春，由监察御史林之平往福建沿海的泉州和福州，召募到南方福建、广南路的大批海船，“为防托之计”。故当时已有很多船只在明州停泊待命，其中包括一百艘米船。枢密院提领海船张公裕向皇帝禀明情况，宋高宗愁颜稍开，并亲自下诏褒嘉和赏赐广南东路转运使赵亿，因为他所募的船队最先到达明州。
完颜兀术（宗弼）率军占领建康府后，急欲捉拿宋高宗，他只派少量兵力留守，遂以大兵直扑临安府。
宋廷商议航海避敌的具体计划，由於船只供应等诸多困难，决定每艘海船载卫士六十名，每人所带家眷不得超过两人。众卫士自然必须提出交涉，说：“我有父、母，有妻、子，不知两者如何去留？”他们向主管禁卫、入内内侍省都知陈宥提出申诉，陈宥一时张口结舌，难以区处。於是又有卫士张宝等百余人遮道拦阻左相吕颐浩，“问以欲乘海舟何往，因出语不逊”，“间有斥骂者”。吕颐浩发怒，责问说：“班直平日教阅，何尝有两箭上贴（中靶心），今日之事，谁为国家死战者？”众卫士怒不可遏，甚至举刃相向，要杀吕颐浩，参知政事范宗尹将吕颐浩拉入行宫殿内。权同主管殿前司公事李质
出面制止，将众卫士关在殿门之外。
宋高宗得知此事，说：“闻人情纷纷，不欲入海。缓急之际，岂可如二圣不避敌，坐贻大祸。”他亲自下手诏“抚谕”，众卫士遂在殿门外山呼万岁而散。风波平息后，宋高宗深感诸班直不可依仗，便密谕宰执说：“此辈欲沮大事，朕今夕伏中军甲士五百人於后苑，卿等翌旦率中军入朝，捕为首者诛之。”
吕颐浩退朝，当即密令御营都统制辛企宗、御营中军统制辛永宗和自己的亲军将姚端做秘密准备。第二天，御营中军和姚端部冲入行宫，对直宿卫士发动突然袭击。宋高宗本人也披戴铠甲，指挥伏兵接应。卫士们猝不及防，无法抵抗，“或升屋，或逾墙遁走”。宋高宗亲自弯弓搭箭，射中两人，坠落屋下。众卫士“骇惧，悉就擒”。
宋高宗命令吕颐浩将卫士张宝等十七人，斩於明州闹市。其他卫士“降隶诸军”。宦官陈宥也受贬窜潭州（治今湖南长沙）“安置”的处分。由於皇帝诸班直建置的撤销，遂以辛永宗御营中军几千人和姚端所部充当皇帝宿卫。
处置了诸班直卫士后，宋高宗仍身穿甲胄，与臣僚冒着大雨，从明州州衙出东渡门，乘楼船前往定海县（今浙江镇海）。从行臣僚除宰执外，仅有御史中丞赵鼎、右谏议大夫富直柔、权户部侍郎叶份及中书舍人李正民、綦崇礼和太常少卿陈戬六人，另有御营都统制辛企宗和御营中军统制辛永宗兄弟朝夕侍卫。一部分官员或留在明州，或以“不便海舶”为由，“请陆行以从”。当时宋廷已得到金军逼近临安府的报告。“士大夫去者有风涛之患，留者有兵火之虞，相别殿门外，皆面无人色”，笼罩着一片凄惨景象。
金朝一面用兵，一面劝降，仍派出使的属官卢伸回宋廷。宋高宗一行到达定海县后，接到传闻有金使前来的消息。宋高宗害怕金使到行朝打听情况，刺探虚实，便命参知政事范宗尹回明州等候。范宗尹看到卢伸，方知并非金使，因金朝国书“语极不逊”，“遂不奏”。宋高宗仍感不安全，又将行朝搬迁到海中的昌国县（今浙江定海舟山岛）。范宗尹赶回行朝，报告了临安府陷落的消息。
完颜兀术（宗弼）大军占领临安府后，“命讹鲁补、术列速降越州”，又令斜卯阿里和乌延蒲卢浑率精骑四千，疾驱明州。
斜卯阿里和乌延蒲卢浑军自南下以来，追奔千百里，到得明州，已成强弩之末。张俊以优势兵力迎战，权同主管殿前司公事李质、明州知州刘洪道也派兵助战，使疲惫的金军遭受“小衄”。完颜兀术（宗弼）闻讯，即派兵增援，张俊等急忙撤离明州。
宋高宗得到金兵径趋明州鄞县的消息，遂与臣僚商议，将船队移泊台州（今属浙江）和温州（今属浙江）。建炎三年岁末，宋高宗的御舟自昌国县起碇南下，偏巧遭遇海上的连日南风，时称“送年风”，船队航行甚慢。
建炎四年（公元1130 年）正月元旦，由於海风势劲，这批船队只能在海中下碇停泊。
宋廷君臣漂泊海上，成日提心吊胆，在金军利刃和大海鱼腹之间犯死求生。这个二十四岁的君主，回忆昔日开封皇宫辞旧迎新的繁盛，两年扬州行宫除夜元旦的欢乐，转瞬间居然已成梦景和幻境，真有一种难以形容的辛酸滋味。扈从的中书舍人李正民居然还诗兴发作，写下了自我解嘲的绝句。
云涛雪浪蹙天浮，
隐隐征帆去未休。
蛟蜃伏藏舟楫稳，
将军何用说防秋。
宋高宗的六宫女子大多随隆祐皇太后去江南西路，惟有张才人和吴夫人留在身边。
张才人是开封人，“有宠”。
吴夫人出身开封“珠子吴员外”家，“累赀数百万”，北宋末已被选入康王府，算是康邸旧人。吴夫人容貌不算美，但聪明过人，“读书万卷，翰墨尤绝人，繇是宠遇日至”。
她“常以戎服侍左右”。当明州卫士哗变时，有的卫士曾向吴夫人打探皇帝居止，她机警地予以隐瞒和欺骗。此次航海，恰好有一条鱼跃入御船，吴夫人当即说：“此周人白鱼之祥也。”相传周武王渡河伐商时，有白鱼跃入王舟中，结果周军获得全胜。这种荒诞迷信的祥瑞，却使近乎绝望的宋高宗得到很大的精神慰藉，并将吴夫人进封和义郡夫人。
正月初二日，北风稍劲，宋高宗的船队得以在晚间停泊台州港口。初三日，船队又进泊章安镇，船队的食品已极度缺乏。宋高宗一行步行到祥符寺，向寺院索食。寺院事先毫无准备，仓促之间，只能取炊饼（类似於今馒头）五枚，又采摘一些园蔬，另加姜和盐以进呈。饿极了的皇帝居然连吃了三枚半炊饼。
台州知州晁公为，权户部员外郎李承造，江、淮发运副使兼军前粮料使宋辉先后前来参拜。宋辉运来大批钱、米、帛，使皇帝和百官、军士的断炊之忧得以缓解。
宋高宗等人不敢离舟陆居，但一个时期的海上漂泊又颇感寂寞无聊。吕颐浩等宰执大臣“常郁郁不乐，游宴金鳌峰，以消忧感”。一天，忽然有两艘海船，因被风所吹，直犯禁卫船队，经军士查问后，原来其上是贩运柑子的客商。宋高宗便命将柑子全数收买，分给禁卫军士食用。到了正月十五日元宵之夜，“乃命贮油於柑皮中，点灯，随潮退，放入海中。时风息浪静，水波不动，有数万点火珠，荧荧出没沧溟间”。於是章安镇的居民们便纷纷登上金鳌峰，观看这种别致的灯火胜景。宋高宗并无处变不惊、从容镇定的气质，然而在辗转逃亡之际，却不乏及时行乐的志趣。
宋高宗在章安镇泊船期间，也曾登上金鳌峰一游，他看到僧寺壁上题诗一首：
牡蛎滩头一艇横，
夕阳高处待潮生。
与君不负登临约，
同向金鳌背上行。
便问是何人所题，和尚回答说是过往行人，不详其姓氏。宋高宗却对这首寻常的旅游题诗产生恶感，认为这个无名氏是有意讥诮自己，他顺手就将啜余的茶水泼在诗上。
宋高宗一行在章安镇停留半月，张俊率本部人马赶到行朝。宋廷得知金军再犯明州的消息，臣僚们建议张俊率所部前往救援。宋高宗要留此军保驾，不同意发遣。他下御批“令刘洪道等皆退避其锋”。君臣们又担心明州失守，“则海道可虞，而行在必不敢安”，遂决定再次航海，南逃温州。船队於正月二十一日到达温州港口，此后又屡次改变泊船地点。
此次海上流亡，险阻备尝。在“四海已无容足地”
的窘境中，为维持行朝的体面，每次御舟近岸下碇，吕颐浩等臣僚尚须登御舟朝拜宋高宗。他们在沮洳之地行走，只能“著草履行泥泞中”。吕颐浩便对同僚作戏言道：“草履便将为赤舄。”有时遇到岸边水深，还须用稻草垫路，而登宋高宗的御舟。於是参知政事范宗尹又和以下联说：“稻秸聊以当沙堤。”
这条戏联也足见宋高宗君臣当时的狼狈情状。
金军连破明州鄞县和定海县后，便大肆抢掠宋朝民间商船，组织舟师，进犯昌国县。金军船队到达碕头，正值风雨大作，枢密院提领海船张公裕指挥水军，“引大舶击散之”。
金军攻势至此已至再衰三竭的地步。据说完颜兀术（宗弼）还亲自下海，遥望大洋之中，隐隐有一座山，便问向导，说是阳山。完颜兀术（宗弼）自我解嘲说：“昔唐斥境，极於阴山，吾得至此足矣！”便下令“反棹”。
自完颜兀术（宗弼）大军渡江后，金军官兵显然对卑湿的地气、纵横密布的江河湖泊无法适应，而江南广大军民的奋起抗击，更使金军屡遭挫败。完颜兀术（宗弼）无可奈何，遂决定撤兵。金军宣称“搜山检海已毕”，首先在明州纵火屠城，“惟东南角数佛寺与僻巷居民偶有存者”，“遍州之境，深山穷谷，平时人迹不到处，皆为虏人搜剔杀掠，不可胜数”。
接着，金兵又在临安城撤退，“下令洗城，自州门杀人，而四隅发火”，“三日夜烟焰不绝”。
宋高宗海上流亡图
由於金军掳掠的财物过多，陆行不便，他们便绕道六百四十一宋里的浙西运河，
破秀州（治今浙江嘉兴市），取平江府，占常州，准备由镇江府渡江。镇守平江府的签书枢密院事、两浙宣抚使周望“恐怖畏怯”，望风而遁。“市人遮道请留，为一城生灵计”，大家“极口谩骂”。周望则不顾谩骂，而只管逃命。金兵沿途所至，烧杀抢掠，实行毁灭性的破坏，使作为当时全世界最丰腴谷仓的浙西地区，惨遭浩劫，“横尸枕藉”，人口锐减。
金兵在北撤过程中，也不断遭受宋朝军民的攻击。完颜兀术（宗弼）大军抵达镇江府后，韩世忠率水军进行拦击，金兵不能渡江。双方相持四十日，金军屡战屡败，一时颇为狼狈，但最后又用火攻击破韩世忠的舰队。完颜兀术（宗弼）又退守建康府，青年将领、御营司统制岳飞率兵克复建康城，将金军最终逐出江南。
宋高宗的船队在二月二日，又移泊温州江心寺下。他将江心寺改名龙翔寺，并将寺中一小轩赐名“浴日”，亲自“御书题额”。当月中旬，宋高宗得知金军撤出明州，方敢将行朝迁入温州的州衙。
三月，宋高宗得到金军北撤的确讯，遂自温州乘船北上，途经台州时，还在海上发生御舟搁浅，几乎翻船的事故。
四月，宋高宗船队抵达残破不堪的明州城，又从明州到越州，得以结束了五个月的海上流亡生涯。他将行朝暂驻越州州衙，
后又将隆祐皇太后以及潘贤妃等尚未死难和逃离的六宫女子接回越州。饱经患难的隆祐皇太后则於翌年病逝。
经历建炎三年、四年之交的大变故后，执政官李邴、滕康、刘珏、周望等人因失职，而相继被罢免。自建炎初设御营使司后，一直由宰相兼领御营使，“遂专兵柄，枢密院几无所预”，吕颐浩任相期间“颛恣尤甚”。宋高宗回到越州后，得到韩世忠在黄天荡一带屡败金军的消息，吕颐浩“请上幸浙西，且下诏亲征，以为先声，而亟出锐兵”，策应韩世忠，消灭江南金军。御史中丞赵鼎认为不宜轻举妄动，他率台官屡次上奏，弹劾吕颐浩。按照惯例，吕颐浩只能请求罢相，宋高宗予以允准。吕颐浩的罢相制词中枚举其过失，说：
然浸怀偏见之私，殊失大臣之体。占吏员而有亏铨法，专兵柄则几废枢庭。下吴门之诏，则虑失於先时；请浙右之行，则力违於众议。
其实，吕颐浩的罢相，在相当程度上还是反映了他和皇帝、赵鼎等对金政策的分歧。但宋高宗又特别面谕执政王绹等人：
颐浩功臣，兼无误国大罪，与李纲、黄潜善不同。朕当眷遇，始终不替。
由於参知政事王绹与吕颐浩政见“颇同”，宋高宗遂暂命参知政事范宗尹“摄行相事”。
宋高宗於苗刘之变平定后，曾在杭州中和堂赋诗一首：
六龙转淮海，万骑临吴津。
王者本无外，驾言苏远民。
瞻彼草木秀，感此疮痍新。
登堂望稽山，怀哉夏禹勤。
神功既盛大，后世蒙其仁。
愿同越勾践，焦思先吾身。
艰难务遵养，圣贤有屈伸。
高风动君子，属意种蠡臣。
诗以言志，经历了流离颠沛之苦，逃死求生之忧的宋高宗，更是痛定思痛，百感交集。当他途经定海县时，目睹金军焚杀后的惨状，曾无比感慨地说：“朕为民父母，不能保民，使至如此！”
如今身居夏禹殡葬之地，勾践雪耻之国，对他不能没有很大的刺激和感触。他盼望真能有文种、范蠡那样的古代贤臣，能辅佐他摆脱目前的困境。当然，宋高宗虽然也有效法勾践的一时冲动或自我标榜，但终究不可能真正具备卧薪尝胆、以复中原、以雪国耻的决心和恒心。
宋金对抗的局面，出现了某种转机。一方面，金军撤出江南，标志着金朝的武运开始由盛转衰；另一方面，宋廷回归越州，又标志着宋朝的偏安局面开始渐趋稳定。