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两个月几乎接踵而至的事变，使二十三岁的宋高宗受到十分沉重的心理打击，也使他在政治上趋於成熟。待到政局较为稳定后，他又在六月下亲笔罪己诏，“以四事自责，一曰昧经邦之远图，二曰昧戡难之大略，三曰无绥人之德，四曰失驭臣之柄”。又说“朕之四失，姑举大纲，至如直言之士衔愤未摅，死事之家遗孤未录，朝纲尚紊，军律不严，兵无杀敌之心，士亡死节之谊。京东两路，旱蝗相继，斗米万钱，粟麦虽成，反资贼廪。加以军期〔征〕发，力役繁兴，远迩嗷嗷，民不堪命”。“今朕深自修省，悔过责躬。一食之间，惟二圣是念；一席之上，惟四方是忧。逆耳忠言，钦而必受；宽民良法，信而必行。放斥宫嫔，减损服御，捐不急之务，罢冗食之官，积粟训兵，图复旧业。庶渐平於多垒，获迎奉於两宫”。并规定“行在令尚书省出榜朝堂，在外令监司、郡守行下告谕，无有远迩，咸知朕悔过之意”。
宋高宗自即位以来，对黄潜善和汪伯彦主持偏安大政盲目乐观，简单地认为自己既登大宝，就应享尽皇帝之乐。维扬之变已使他得到足够的教训，更何况又加上苗刘之变。事实上，若再无某种程度的改弦易辙，稳定政局，岂但不能有宫室之乐，还会有性命之忧。他的“深自修省，悔过责躬”，不能说全无恳恻之意，但今后在多大程度上付诸实施，则又另当别论。
御史中丞张守说，“陛下罪己之诏数下矣，而天未悔祸，实有所未至尔”，他希望皇帝“应天以实不以文”。张守还引用汉朝枚乘之说，“出舆入辇，命曰蹶痿之幾，洞房清宫，命曰寒热之媒，皓齿蛾眉，命曰伐性之斧，甘脆肥浓，命曰腐肠之药，此言可以戒也”。
从杀陈东和欧阳澈时下“妄议”者“处斩”诏，到目今屡下罪己和求言诏，当然是一种进步，但只是悖逆於宋高宗秉性的进步、无可奈何的进步。聪明的张守不但自己进谏，还请汉人代自己进谏，其实无非是说明了皇帝诺言的虚伪性。
朱胜非在苗刘之变平息后，立即提出辞呈。他精通专制政治的三昧，尽管自己在这次惊心动魄的政变中，费尽心力保全官家，但事后却必须及时引退，他对皇帝说：“臣若不去，人必谓有所蒙蔽。臣去之后，公议乃见。”宋高宗问他谁可继任相位，朱胜非说：“以时事言之，须吕颐浩、张浚。”宋高宗说：“且除一人，二人孰优？”朱胜非回答：“吕颐浩练事而粗暴，张浚喜事而疏浅。”於是，宋高宗同意朱胜非辞职，而命吕颐浩为右相，张浚任知枢密院事。
吕颐浩和张浚都倾向於抗金，朱熹评论吕颐浩说：“这人粗，胡乱一时间得他用，不足道。”
其实，除李纲外，在宋人承认的较好的中兴诸相中，哪一个也说不上比吕颐浩有多少高明之处。经历了内有黄潜善和汪伯彦，外有杜充的胡作非为，南宋的国力已虚弱到极点，任何一人也拿不出挽回颓势的速效的奇谋良策。四川人张浚认为，“若欲致中兴，必自关陕始。又恐虏或先入陕陷蜀，则东南不复能自保，遂慷慨请行”。宋高宗命他以执政官的资格出任宣抚处置使，前往陕西前沿。
吕颐浩和张浚建议，将行在搬迁到鄂州（治今湖北武汉市武昌），但宋高宗还是采纳其他臣僚的折中建议，将行在迁至江宁府，并改名建康府。
黄潜善和汪伯彦两人在苗刘之变期间已被进一步贬谪，事变之后，宋高宗“诏责授镇东军节度副使、英州安置黄潜善降充江州团练副使，责授秘书少监、永州居住汪伯彦降充宁远军节度副使，并即其州安置”。值此“扰攘多故之秋”，与其说是贬黜，倒不如说是“好好送他去广中避盗”。
宋高宗为死去的王渊追赠开府仪同三司，连劣迹昭彰的康履“亦赠官”，谥号荣节。
流放各地的宦官又纷纷回到行宫。中书舍人季陵上奏说，“宫阃之内，无女谒之私，惟宦寺之习未革”。“比闻蓝珪之流复有召命，党与相贺，气焰益张，众召僧徒，广设斋会，以追荐钱塘之被害者。行路见之，疑其复用，莫不切齿”。
如前所述，宋高宗虽然好色，但对任何女人又都寡情薄义，故季陵称“无女谒之私”，应是事实。但宋高宗对宦官“气焰益张”的警告，却置之不理。在大批作恶多端的宦官返回行宫的同时，宋高宗也想起了因进谏而被放逐已达两年的宦官邵成章，盘算着让他回宫。众宦官风闻此事，急忙进谗言说：“邵九伯若来，陛下无欢乐矣！”宋高宗认为此说有理，便令邵成章在洪州居留。
在不得不宣称“逆耳忠言，钦而必受”之后，宋高宗果然招来了尖锐的直言。起居郎胡寅上奏和万言书，直率批评皇帝“不力图兴复，抗志有为”，“反以省方巡幸之美名而文饰之”。“三年之间，国益危，势益蹙，狄益横，人益恐。”“陛下以亲王介弟，受渊圣皇帝之命，出帅河北，二帝既迁，则当纠合义师，北向迎请。而遽膺翊戴，亟居尊位，遥上徽号，建立太子，不复归觐宫阙，展省陵寝，斩戮直臣，以杜言路，南巡淮海，偷安岁月。虏兵深入陕右，远破京西，而漫不治军，略无捍御。盗贼横溃，莫之谁何。无辜元元，百万涂地。”“方且制造文物，縻费不赀，猥於城中，讲行郊报，朝廷〔之上〕，〔自〕谓中兴。虏骑乘虚，直捣行在，匹马南渡，狼狈不堪，淮甸之间，又复流血。逮及反正宝位，移跸建康，不为久图，百度颓弛，淮南宣抚，卒不遣行，自画大江，轻失形势，一向畏缩，惟务远〔逃〕，军民怨咨，如出一口，存亡之决，近在目前。”“黄潜善、汪伯彦、颜岐顾以乳妪护赤子之术待陛下，曰：上皇之子殆将三十人，今所存惟圣体，不可不自重爱也。曾不知太祖勤劳取天下，列圣兢业嗣守，不敢坠失。今也，宗庙为草莽堙之，陵阙为畚锸惊之，堂堂中华，戎马生之，赫赫帝国，盗贼营之。”“本初嗣服，既不为迎二帝之策；因循远狩，又不为守中国之谋。以至於今，德义不孚，而号令不行，刑罚不威，而爵赏不劝。”“未有乘衰微缺绝之后，窃窃焉因陋以为荣，施施焉苟且以为安，而能久长无祸者也。”他痛快淋漓地抨击建炎初政，特别强调宋高宗称帝本身就是“举措失人心之大者”。这实际上是重复两年前遇害的陈东的言论。他还提出了一系列正本清源的建议。
专制政治的最大特色之一，就是畏忌正论，嫌恨异议。史称宰相吕颐浩“恶其切直”，将胡寅罢官赋闲。这其实不过是修史者为尊者讳而已。真正“恶其切直”，但又不能采取当年对待陈东和欧阳澈的办法，而只能采取较温和的处置手段，无非是宋高宗本人。吕颐浩只是按皇帝圣旨行事，而又不得不代皇帝受恶名。尽管如此，胡寅上书确实轰动一时，连株守臣规的宋朝士大夫也承认“此论明白正大”，“关系最大”，“惜其说之不行也”。
胡寅在上书中指责宋高宗“建立太子”，其实，他的三岁幼子赵旉在不久前已离开人世。在潘贤妃妊娠期间，正值金军破开封府的前后，她成天提心吊胆，生活艰难，故太子赵旉先天不足，体弱多病。七月间，赵旉患病时，恰好有一宫女不慎，踢翻了地上一只鼎，“仆地有声，太子即惊搐不止”，宋高宗大怒，“命斩宫人於庑下”。然而仅过片刻，赵旉即停止了呼吸。
宋高宗在丧失生育能力之后，又失去了惟一的子嗣，这对他精神打击之沉重，是可想而知的。其实，他从当大元帅到扬州逃难，为时两年多，在正常情况下，本可继续生育，问题全在於他纵欲无度，故后宫无人怀孕。这当然是纵欲的恶报。他对宰辅们说：“闻上皇遣内臣、宫女各二人来，朕闻之，一则以喜，一则以悲。朕违远二圣，已及三年，忽得安信，岂得不喜。上皇当承平之久，以天下之养奉一人，彼中居处服食，凡百粗陋，而朕居深宫广殿，极不遑安。且朕父、母、兄、弟及妻皆在异域，惟有子，近又薨逝。孑然一身，当此艰难，所以悲也！”一时声泪俱下。
他内心有深沉的哀痛，但哀痛毕竟从未真正转化为卧薪尝胆及发愤雪耻的精神。