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随着数据库系统的不断演进，开发人员不断加入新功能并修复bug和性能问题。其后果是，二进制文件的格式也会发生变化。大多数时候，任一版本的存储引擎都要支持不止一种序列化格式（比如，当前的格式加上一种或多种旧的格式，以实现向后兼容）。为此，我们必须能够确定当前文件是什么版本。
有几种方式都能做到这一点。例如，Apache Cassandra中的文件名带有版本前缀，这样不用打开文件就可以知道文件的版本。从4.0版本开始，数据文件名带有“na”前缀，例如na-1-big-Data.db。旧版本文件则带有不同的前缀：3.0版本的文件带有“ma”前缀。
或者，可以将版本存储在单独的文件中。比如PostgreSQL将版本存储在PG_VERSION文件中。
版本也可以直接存储在索引文件的头部。在这种情况下，头部的一部分（或整个头部）必须用一种不随版本变化的格式进行编码。在找出文件编码的版本之后，我们可以创建出特定版本的读取器来解析文件内容。某些文件格式使用魔数（magic number）标识版本，我们将在4.1.1节中详细讨论。