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南宋时期，历高宗、孝宗、光宗、宁宗、理宗、度宗、恭帝、端宗、帝昺，凡9帝共153年（1127 —1279）。统计数字表明，是期书院总数为442所，是北宋的6倍，就是唐五代北宋共500余年间所有书院的总和（143所），也只占其总数的1/3。南宋时期每省书院平均数为40.181所、每年平均数为2.071所，每朝平均数为49.11所，分别是北宋同类数据（5.214、0.437、8.111）的7.7、4.7、6.1倍。这种情况表明，书院在南宋已经步入快速发展的繁荣时期。
在南宋442所书院中，有317所是可以确定其创建或兴复于南宋的，其余125所则分不清是南宋还是北宋所建，但在南宋时期皆有活动。
与南宋大体同时的金朝，以少数民族政权控制着中原及其以北地区，受南宋影响，先后修复、创建了10所书院。与辽代只有1所书院相比，是一种进步，但比同期的南宋则相距太远，根本无法相较。然而，我们还是不能低估其维系斯文于不坠的文化意义，以及其对元代以后北方书院发展所起的薪火相传的积极作用。
南宋442所书院，分布在今江苏、安徽、浙江、江西、福建、湖北、湖南、广东、广西、贵州、四川11个省区，每省平均为40.181所，是北宋每省平均5.214所的7.7倍
，其蓬勃发展之势，由此可见一斑。书院最多的是江西省，以147所高居榜首，最少的是贵州省，仅有1所，两者相差146倍，发展很不平衡。依据每省40.181所的平均数值，我们可以将南宋各地书院的分布情况划作三个区级。
一级：40所以下，低于平均数，有江苏、安徽、湖北、广东、广西、贵州、四川7个省区，皆属于南宋时期的书院不发达地区，从地理位置上看，也属于南宋领土的周边地区。
二级：40 —80所，略高于平均数，有福建、湖南2个省，属于是期书院相对发达地区。
三级：80所以上，约略高于平均数1倍，有浙江、江西2个省，属于南宋书院最发达地区。
考察南宋书院的区域分布情况，有几个特点应该引起我们注意。
第一，总的来讲，书院的势力范围比之北宋仍有扩大。一方面，南宋的广西书院建设不再空白，建有11所书院，与华南其他区域连为一片；另一方面，北方领土虽然丢失，但若计入辽、金境内之山西、山东、河南、湖北、河北5省书院，南北方合计有15个省区有书院分布，比之北宋时期的14个省区，书院建设也显示出继续扩张之势。
第二，书院分布不均，突显发展的不平衡性。书院最多的江西与最少的贵州之间，相差有146倍。第二多的浙江有82所，第二少的湖北有9所，两者相差也有8.1倍。如此大的发展不平衡不见于北宋以及唐五代。可见，在快速发展、总体扩张的形势下，地区发展不平衡也呈现迅速扩大之势。
第三，江西书院以高出平均数2.6倍的绝对优势，继五代、北宋之后第三次高居榜首，继续充当书院建设的发动机，引领着书院快速发展。
第四，以江西为中心，周边的浙江、福建、湖南皆高于省平均数，形成了一个占书院总数74.43%，势力强大的书院密集区，改变了以前书院呈点、线分布的格局，出现了书院大面积片状分布的态势。这标志着书院经历500余年的发展之后，终于在南宋迎来了它的繁荣昌盛时期。
第五，书院发达地区的形成，有政治、文化、经济等诸多原因。浙是首都临安所在地，冠盖云集，有诸多政治资源可以利用，同时又是浙东学派的基地。赣、闽、湘三省学术昌明，大学者居间讲学，四方从游者甚众，其鼓荡激扬，必然促使集合读书人的书院日渐兴盛。
南宋442所书院中，能够考定其具体创建兴复年代的有265所，占总数的59.95%，分布在高宗至端宗8朝中，另有52所只知其创建兴复于南宋而不能确定其具体年代。南宋各朝，书院数最多的是理宗朝，有83所；孝宗朝第二，有63所；以下依次是宁宗、度宗、高宗、端宗朝，分别为47、40、31、1所；光宗、恭帝朝为空白。兹依据书院数量，以朝代为单位，将南宋书院在时间上的分布，制作成如下一个坐标柱状图，见图3.1。
图3.1南宋书院发展轨迹参考图Ⅰ
图3.1是一个双峰并峙的图像，居于顶峰的是理宗、孝宗二朝。据图可知：
第一，南宋书院经历了两个大的发展阶段。双峰之间的光宗朝是一个天然分界线，其前，书院发展势头迅速爬升，到孝宗朝超过平均数，然后陡落到谷底；其后，再来一次爬升，到理宗朝到达一个更高的顶点。然后又下滑，到恭帝朝再至谷底。端宗朝想再爬升，但终究气数已尽。以上这样一个爬升—登顶—陡落—爬升—登顶—滑落的过程，大体就是南宋书院的发展轨迹图。
第二，书院的发展呈两个梯次。南宋8朝，每朝平均55.25所。其中光宗、恭帝二朝书院为零，端宗朝只有1所，皆可以忽略不计。第一梯次在30—50所之间，居平均线以下，为高宗、宁宗、度宗三朝。第二梯次超过60所，居水平线以上，为孝宗、理宗二朝，属书院数量的高密度时段，可以算作南宋书院的两个繁荣期。
南宋凡153年，平均每年2.071所书院。根据这样一个平均数，我们还可以绘制另一幅南宋书院发展轨迹图，见图3.2。
图3.2南宋书院发展轨迹参考图Ⅱ
图3.2也是一个双峰图，但居于顶峰的是孝宗和度宗朝，理宗朝的指标已经降下来，故而，此双峰已非彼双峰矣，难以相提并论。由于每朝时间长短不同，理宗朝书院总数虽然最多，但其发展速度不是最快的，而且居于孝宗朝之后，位列第三。度宗朝书院总数居第四，但其发展速度则是最快的。孝宗朝则比较稳定，无论是书院总数还是年平均数，都居第二位，显示出孝宗朝是书院比较繁荣且发展稳健的黄金时期。此其一。
其二，从大势上看，以年平均数为基点，我们可以将南宋书院的时间分布由低到高，划分为二级。
一级：在平均数以下。高宗、宁宗、端宗三朝皆属于此列，相对而言发展速度还不是很快。当然，如果和北宋相比，除端宗一朝外，高宗、宁宗朝的年平均数都在北宋的年平均数之上，这也表明南宋书院的总体发展水平已大大高于北宋。
二级：超过平均数。有孝宗、理宗、度宗三朝。孝宗朝是南宋第一个高速发展阶段。理宗朝略高于平均数，可以视作为度宗朝的发展作准备。度宗一朝，是书院发展速度最快的时期。它连续理宗朝而被视作南宋后期的书院辉煌之局。因此，可以说书院是以高速发展之势而骤然终止于南宋末年的战火之中的。
比较图3.1和3.2，我们可以看出南宋书院的发展经历了前后两个时期，形成了两个高潮，并且后期比前期更为发达，其发展的大势是虽中间略有曲折，但呈一路攀升之势。
综上所述，我们可以将南宋书院150余年的发展历史划分为两个阶段。第一阶段，自高宗至光宗（1127 —1194），共三朝凡68年，其特点是理学家掀起书院运动，使书院走上了与学术文化相结合的道路，而这种结合的激荡即形成第一个发展高潮。第二阶段，自宁宗至宋末（1195 —1279），共六朝85年，书院和理学一起经历庆元党禁的磨难与考验之后，终于在理宗、度宗时期蓬勃发展，其制度亦日趋完善。
如同书院起源于官民两途一样，书院的发展也受到官府和民间这两种力量的制约与影响。总的来讲，官民二者共同推进了书院的发展。但由于对书院的认识、兴办书院的目的、拥有的财力与社会影响力等各不相同，二者在书院发展的不同历史时期就表现出不同的历史作用，并进而使书院的发展呈现出不同的时代特征。因此，本书将特别关注官民二者在书院建设中的力量对比，分析它们所起的不同作用。
由于以往的学术统计，皆将两宋合并作宋代处理，我们只能运用这些数据来作分析。好在南宋书院数量大致是北宋的6倍，可以将其视作宋代书院的主体，故有关南宋的结论大致也就相当于宋代。
对于宋代官民二者在书院建设中的情况，曹松叶先生曾作过创设、兴复、改造人物的统计与分析，兹将其主要数据和结论开列如下表3.1：
表3.1宋代书院创设、兴复、改造人物统计表
结论：“最明显的就是民立书院，占一个最重要的位置”；“宋代书院经始多由于士民，后来得到官力的赞助，皇帝的赐额赐书赐田，得到促进的力量，亦是不少。所以宋代书院，可说做官私合办时期”；而民力之兴盛与地方官之尽力，是因为“学者留意教育，同地方官视为应当负责的缘故”。
1997年，我们以当时的行政区划为单位，也做过一个统计，兹将宋代的总体情况列表如下表3.2：
表3.2宋代书院建设情况统计表
需要说明的是，以上两个表中，我们作了一些同类合并工作。曹先生将官的部分划分成地方官、督抚、京官、敕奏，似乎太细，可以合并。而“其他”一项，收进士、教谕等，属于划分不当，因为教谕是地方学官，进士则例多为民。此其一。其二，古代中国是典型的官本位社会，官称父母以使民，大凡与官或官府发生关系的事情，都会记到官的身上，而绝不会只记其事而亡其名，更不会将官误入于民，或只记民而不记官。因此，凡地方志记为“民办”者皆货真价实，记为“官办”者则可能含有“民办”的成分，记为“不明”者绝不会是“官办”，而应划归到“民办”之列。于是，“民办”和“不明”也就可以作同类合并。
有鉴于此，我们可以得出如下结论：第一，宋代是民办书院主宰天下的时代，不是官私合办书院的时期，从整体上说，民间力量的强与弱决定着书院命运的盛与衰。北宋庆历以后书院的发展、南宋乾淳之盛局面的形成，皆与民力的决定因素相关。第二，官府虽不能决定宋代书院的整体命运，但它依凭着强大的权力附加值，仍然对书院的发展起着明显的推动和制约作用。宋初书院的盛大显扬，南宋后期书院的辉煌，都是官方力量的正面显现，而庆元党禁案对书院发展形成的阻力，又从反面表现出官方的力量。应该说，宋代书院发展得力于民间，它更多地反映和实现着民间形式多样的文化需求与理念。当这种需求和理念不为官方所反对时，书院建设即呈繁盛之势，而当它不为官方所接受时，往往就会形成冲突和矛盾，书院建设即现冷寂之象。好在赵宋政权兴文重教，官民二者相合者多，相冲者少，因此，无论是北宋还是南宋，书院发展都能以不同的形式呈现出相同的繁荣。