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经过近百年的休养生息和人民的辛勤开发，北宋的农业、手工业和商业都有显著发展，社会经济继盛唐之后，再次呈现出繁荣局面。政府已摆脱开国之初的窘境，完全具备了兴复和发展官学系统的实力，因此自庆历四年（1044）开始到宋室南迁，即1044—1126年，80多年时间就开展了三次兴办官学的运动。正是在这种形势下，书院开始了新的发展历程。
振兴官学运动的更直接原因是不满“不务耕而求获”的科举制度及其愈演愈烈的弊端。自隋唐以来，学校和科举就成为封建社会养士与取士的正途，宋初无力兴学而大倡科举，几倍几十倍地扩大科举名额，本属不正常，虽然曾努力于培植书院以代官学，但书院数量毕竟有限，北宋前期全国仅20所左右，且最大规模者如岳麓书院，先前只有60余名学生，最多也只有数百人就读，改变不了国家养士、取士的跛脚局面。更何况士人贪图名利，不务实学，因循为弊，“遂隳素业，颓弛苟简，浸以成风”
。因此，一些有识之士纷纷起来批评这种状况，要求政府兴办官学，整顿科举。于是，宋仁宗改变政策，在坚持20年支持书院之后，转而开始了支持官学的复兴，于是全国先后出现了三兴官学的运动。
第一次兴学运动是范仲淹发起的，是庆历新政的一部分。范仲淹对不教而择人的科举制度极为不满，天圣年间曾多次上书要求改变这种“不务耕而求获”的弊端。庆历三年（1043）八月，他任参知政事，第一次《答手诏条陈十事疏》中，第三件事就是“精贡举”。次年三月，仁宗皇帝从其议，诏令兴学。庆历兴学的重点：一是整顿国子监，并令州县皆立学，建立从中央到地方的完整的学校教育系统；一是规定士须在学三百日，才能参加科举考试，以确保学校教育的权威性。
第二次兴学运动是王安石发起的，是其变法的一部分。早在嘉祐三年（1058）王安石在长达万言的《上仁宗皇帝言事书》中就提出人才救国的思想，以及教之、善之、取之、任之的全面改革教育的设想。熙宁二年（1069），他任参知政事，开始实行变法，并着手实施改革科举、兴办学校的主张：在太学实施三舍法，增设武学、律学、医学、蕃学，在全国各路、州、府设学官53员，规定《三经新义》为各类学校必读教材。其中最主要的是三舍法，它规定将太学分为外、内、上三舍，外舍生700人，年终考试，成绩优秀者升内舍；内舍生200人，每两年升级一次，升上舍；上舍生200人，学行皆优者可直接授予官职。它的意义在于以三舍进取替代科举考试，将学校教育的地位进一步加强。
第三次兴学运动是蔡京发起的，它开始于崇宁元年（1102），其主要内容是建辟雍，增加州学、县学学生名额，设置各路提举学司，管理一路之州县学政，以加强国家对官学教育的行政领导。
三兴官学运动的主要目的是恢复和发展从中央到地方的完整的学校教育体系，并确立其权威性，进而以升舍之法取代科举考试，集养士、取士于官学教育之途。虽然由于种种原因，三次兴学的最后结果与主持者的预期目标可能有距离，但总的来讲是较成功的。史称，自庆历四年（1044）“诏天下皆立学，置学官之员，然后海隅徼塞，四方万里之外，莫不皆有学。……宋兴，盖八十有四年，而天下之学始克大立”
。陈傅良于淳熙十五年（1188）所作的《潭州重修岳麓书院记》也说：“熙宁初，行三舍之法，颇欲进士尽由学校，而乡举益重教官之选，举子家状必自言尝受业某州教授，使不得人自为说。崇宁以后，舍法加密，虽里闾句读童子之师，不关白州学者皆有禁。”
各地兴学运动的开展以及运动中书院与官学的互动等情况各不相同，仅以湖南为例来作说明。北宋后期的湖南地区虽不是每州每县都建立了学校，但整个官学教育的基础却奠定于此时，据《湖南教育史》统计，宋代13所路州郡监学中，有11所是北宋建立的；31所县学中，也有11所是明确记载为北宋建复的。
这时也不乏兴办官学的积极之人，如前述之王定民，元祐中他先后为衡阳、湘阴县令，在其任上就将石鼓、笙竹二书院分别改为州县之学。耒阳县令江滋还因兴学有功而得到晋升的奖励，光绪年间《湖南通志》卷九十四记载：“江滋，建安人，元符中知耒阳县，作新学校，工成独先他邑。事闻，进秩一等。”
官学的普遍建立及其权威地位的确立，意味着书院替代官学作用的完成。宋人洪迈记载“及庆历中，诏诸路州郡皆立学，设官教授，则所谓书院者当合而为一”
，正是这种情况的反映。湖南地区在大兴官学前创建且充当替代角色而办得最有成效的几所书院，在兴学运动的过程中都改演角色而列入官学的阵营，衡阳石鼓、湘阴笙竹二院分别改为州学、县学，岳麓、湘西二院则与潭州州学连为一体，形成所谓“潭州三学”的结构。
岳麓书院虽然在宋初位居天下四大书院之首，名甲天下，但在大兴官学的运动中同样免不了受到冲击。绍圣四年（1097），朝廷下令开鼓铸以兴冶炼之业。这时潭州州学早已重建招生，执行鼓铸令的使者大概以为岳麓书院为多余之物，抑或是看中了书院的地皮，提出将其改建为鼓铸之所。此议受到潭州属邑湘阴县县尉朱辂的反对，据光绪年间《湖南通志》卷一百六十四记载，当时“辂抗言乡校不可毁。使者困之，辂不为惧”，经过一场较为严峻的抗争之后，书院才未因鼓铸而废弃，保持了与州学并行的地位。但时隔不久，在各州县推行“三舍法”时，官府以一种特殊方式，将岳麓书院与州学“合而为一”。
元符二年（1099），“初令诸州行三舍法，考选升补悉如太学”
，到崇宁四年（1105），全国各州县就已“悉行三舍法”了。当时的通行做法是，在州学或县学设外、内、上三舍，依照太学考试升舍的办法进行教学管理，但潭州的地方官却别出心裁地推出了“潭州三学”方案以应诏令。“三学”的最早记载见于《宋史·尹谷传》。明代所编《岳麓书院志》的记载则较详备，其谓：“宋潭士目居学读书为重，岳麓书院外，于湘江西岸复建湘西书院，州学生月试积分高等，升湘西书院生；又分高等，升岳麓书院生。潭人号为三学生。”
由此可见，所谓“三学”，即指潭州州学、湘西书院、岳麓书院三位一体，分成三个等级。学生通过考试，依太学升舍之法以积分高等逐级递升。在“三学”中，岳麓书院位同上舍，是潭州地区的最高学府。
“潭州三学”展示的是书院和官学的“合而为一”，或者说是书院的官学化倾向，但它仍然是书院替代官学现象的特殊反映。湘西书院是经地方官申奏之后赐建的，岳麓书院的创办、修复和扩建，也是由地方长官主持的，得到了最高统治当局的赐书、赐额，山长周式被真宗皇帝接见之后，即以朝廷命官国子监主簿的身份主讲院中。天圣八年（1030），另一位岳麓山长孙胄也被漕臣奏乞特授官职
，所有这些都无声无形地将州学的职责赋予了书院。因此其他地方在推行三舍法之时，潭州将书院与官学连为一体，并纳入“潭州三学”的特殊结构之中就不是偶然的了。但是，我们也应该看到，岳麓、湘西二书院地位高于州学，特别是岳麓书院成为“潭州三学”中的最高学府，说明该书院的教学水平、教学质量已高居州学之上，反映出该书院在替代官学的过程中，已经形成自己的特点，并发展成为一种新的富有生命力的、官学所无法替代的优势。
“潭州三学”的意义还在于确立了岳麓书院作为高等学府的地位，开创了岳麓山作为湖南高等教育基地的历史，体现了书院在我国古代地方文化发展事业中的贡献。
自庆历兴学令下，各府、州、县皆设学置官，普天之下，莫不有学。地方各级官学的建立及其权威地位的确立，意味着书院替代官学作用的完成。名列天下四书院或三书院的宋初几所著名书院，在官学运动中或被废弃、停办，或被改作他用，或被僧道所占，或被改为州府之学，几乎全军覆灭，唯岳麓书院以天下书院之首的地位灵光仅存。岳麓书院虽高居潭州州学之上，但也是并入“潭州三学”的体制始得运行，而且差点逃不脱被改作鼓铸冶炼之所的命运。至此，书院在宋初获得的那种显赫声名几乎丧失殆尽。
然而，声势的失却并不意味着书院发展历程的中断，恰恰相反，书院在北宋后期获得了比前期更快的发展速度。据曹松叶的统计，自仁宗庆历至北宋末年，时间与北宋前期相比只少一年，但建复书院总数25所，超过前期2倍多。其中仁宗庆历以后20年（1044 —1063），建复书院10所，位居宋各朝之首。20世纪60年代，孙彦民在其著作《宋代书院制度之研究》中，统计仁宗以降六朝共建书院21所，是宋初书院的1.6倍，其中仁宗时期8所，数量也是最多的。20世纪90年代，白新良先生统计庆历以后建复书院共36所，是宋初的1.7倍，神宗时期最多，有11所。曹、孙、白三家的统计数字虽然互有出入，但其结论相同：庆历兴学以后，书院仍然在发展，并且是以比宋初更快的速度发展。书院的绝对数字，北宋后期也要比前期多出1.5倍以上。关于这一点，有必要在这里予以强调，因为以往的研究，总认为庆历兴学后书院即处于停滞状态，而没有注意到它继续发展的事实。
整个北宋时期，书院的发展情形是：在前期，由于政府的扶持褒扬，书院虽然数量较少，但名气很大，号动天下，其教学功能得到了强化，显得十分突出；到后期，书院失去了政府的支持，表面上冷落，但数量增多，获得了较前期更快的发展，其文化功效则呈多彩之姿。
北宋后期书院的继续发展，得力于以士人为主体的民间力量的支持。以书院最发达的江西为例，庆历至靖康（1041 —1127）年间，共创建24所书院，可以确定其创建者的有21所，其中赣州清溪书院为知州赵抃所建，仅此一所乃官府所建，所以民力对于书院发展的决定性作用显而易见。北宋湖南新建12所书院，其中庆历以降有6所书院是士人所建。这些情况证明，北宋后期民间力量已重回历史舞台，虽无宋初官府实力强大、坚决，但却实实在在、沉默无声地推动着书院向前发展。
北宋后期书院的发展，既得力于士人的支持，也满足了士人不同层次、不同类型的文化需求。比如洞庭湖区青草湖（今属湖南岳阳）边的石鼓书院，原本是朱陵仙府（一作朱陵洞），唐人题刻散满岩石，颇有人文景观，但岁久荒凉。据张舜民作于元丰年间（1078 —1085）的《郴行录》记载，“至庆历中，因其地建为石鼓书院”。这所略有规制且有近40年历史的书院，因为僻在江郊，而且张游览时又值三冬寒露时节，所以“学者未尝游焉，唯守将之，好事者岁时一为登览，燕游之地也”
。可见石鼓书院更多的功能只是文人墨客把酒论文、登览赋诗的处所，它与衡阳石鼓书院教学授受的功用大不相同。此种不同类型的书院，体现了书院作为文化组织对各种文化需求的适应力，而其创建于庆历兴学运动之中，更说明书院就算没有官府的支持仍然能够生存。
北宋中后期，是其思想文化进入成熟的阶段，古文运动深入发展，道学（即后世所谓理学）兴起，因而士人的文化需求往往又体现在这两方面。古文运动的领袖人物中，欧阳修曾作《吉州学记》为官学兴起而欢呼，还在皇祐元年（1049），于颍州（今安徽阜阳）知州任上创建西湖书院；范仲淹于康定二年（1041），以延州（今陕西延安）知州身份创建嘉岭书院；曾巩在嘉祐年间（1056 —1063）于其家乡临川创建兴鲁书院；王安石年轻时也有在宜黄县鹿冈书院随杜子野学习的经历。
这说明，古文运动的倡导者曾利用书院传播其学说，也即是说，书院可以满足古文运动者的文化教育需求。
北宋理学家也有建立书院或与书院发生密切联系的记录。如被尊为理学开山祖师的周敦颐，长期在江西做官讲学并终老其地，李才栋先生在《江西古代书院研究》中就认定，与周敦颐讲学相关的濂溪书院共有修水（景濂）、萍乡之芦溪（宗濂）、江州（濂溪）、虔州（清濂）四所。周敦颐的学生程颢、程颐兄弟，创立洛学而奠定理学基础，时称“二程”，皆曾讲学于嵩阳书院。程颢在熙宁、元丰间任扶沟县知县5年（1075 —1080），曾建书院讲学，后人以其号称明道书院，或作大程书院，历宋、明、清三代办学，其院舍至今保存完好，被列为县级文物保护单位。
程颐则于元丰五年（1082）沿用唐人王龟松斋书堂故事，请得文彦博赠地，及粮地十顷，在洛阳伊川创建伊皋书院，“以为著书讲道之所，不惟启后学之胜迹，亦当代斯文之美事”。从此直至逝世凡20余年，只要他人在洛阳，基本都在伊川著书讲学，成就人才众多，人称伊川先生。
二程的学生杨时，是理学南传的重要人物。政和四年至建炎三年（1114 —1129），他在无锡讲学15年之久，建有东林书院，又以其号称作龟山书院。其学经罗从彦、李侗而传至朱熹，终于开创了理学的全盛时代。长期的学术浸润，也宜乎其学光大于明代，以规正王阳明之学和关心家国天下事而称名于世。
凡此种种，都表明书院作为一种文化教育组织可以满足人们不同的文化需求，不同追求、不同爱好的人皆可以运用书院来实践自己的理想，凝聚成一种超强的文化适应力。正是这种适应力，使得北宋后期的书院呈现出丰富多彩的文化功效，作为主流的学校性质的书院之外，还衍生出墨客游览、骚人放歌、学者著述、大师传道等不同类型、各有特色的书院。毫无疑问，这是书院在北宋后期发生的一种具有积极意义的流变。
在这些流变中，以讲求学术为目标的追求值得引起特别注意。它为书院的发展开辟了另一种更具文化意义的方向，其直接的结果是南宋书院与理学的一体化。推溯其源，则是前述宋初三先生在泰山、徂徕书院的讲学活动。