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“院有田则士集，而讲道者千载一时。院无田则士难久集，院随以废，如讲道何哉！”
能否请到名师主持，能否招徕寒士入院肄业，能否购买相对丰富的藏书，等等，是影响书院办学质量的关键，而其基础则是经费的充裕与否。没有经费，有的书院无法延聘山长，如清代直隶东光观津书院，“院长许由生童公议，禀明本县核定。延请学隆望重之师，以资训迪。不得以干修势利不到馆者塞责。现在无力延请，俟经费稍充，再为延订。”
有的书院没有藏书，如清代山西平定州冠山书院，“士子平日应读应看书籍，所缺尚多。本州因费无可筹，且晋省亦猝无由购，兹先力措购藏各种，以为前导，尚望后来者陆续增益。”
有的书院肄业生徒寥寥，如乾隆五十四年（1789），具有会城书院性质的南昌友教书院在院生童正课仅50人，根本原因亦在于经费短绌，因此“俟添置膏火、房屋，另增额数，以广翘材”，而“书院并无书籍，何以资诸生翻阅”，同样出于经费原因，“此后经费有余，再为增置”。
再如清咸丰五年（1855），江西铅山鹅湖书院存典生息本银1500两遭兵燹化为乌有，受此惊吓，其他典商也纷纷退还书院生息本银6000两，书院绅董将银次第购置田租1200多石，但租谷所入不如存银之息，日渐支绌。在此情况下，经手局绅不得已而商之县尊，只有将每年甄别取录的副课生员由20名减为10名、正副课童生各减5名，从而每年可节省膏火费洋银110两。直至同治七年（1868），铅山知县冯兰森将一单14担的充公田租拨充书院，副课生员取录人数才恢复至20名，但童生数一直未能恢复原数。
河北获鹿鹿泉书院也因经费短缺而肄业生徒稀少，“书院旧设经费每年所出甚属寥寥，除山长脩仪支送外，肄业生童不堪培养”，直至道光二十二年（1842）由监生任笔书首倡捐资后，才略有起色。
光绪年间，山西襄垣县古韩书院建筑规模宏敞，但经费无多，“不敷士子膏火，故肄业者仍复寥寥”。
士多清贫，有时候课期稍丰盛的会餐对寒士而言也有一定的吸引力，而考课者增多，对书院招徕更多优秀生童无疑有所帮助。同治八年（1869），山西临晋署县钱官俊考课县中的桑泉书院，“而讶士之来者寡，徐而察之，盖以诱掖而奖励之者，久矣缺焉而弗讲，士无怪无以作其气，而浸浸乎终废矣”。在这种情况下，钱知县在考课时为士子提供较为丰盛的课餐，对于考课位列前等的生童给予奖赏，这些举措起到一定的效果，邑中士子“而后纷纷然来”。
山西太谷凤山书院创建于乾隆时期，虽设有经费，“然每岁所得息仅敷院长脩脯资，而士子之供膳阙如，以故诸生聚散无常，不能萃处一堂，朝夕亲炙共砥砺，夫身心性命之学而发为文章亦鲜有根柢，是两君之美举不无未竟之憾矣”。
山长、生徒、书籍，等等，无一不与经费关联，是以有充裕的经费，书院便能有序运行，教育质量便有所保证；反之，则不但不能延聘名师、取录生童、购置图书，甚或有衰废的危险。