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物流系统作为社会经济大系统中的一个子系统或组成部分，其目标是获得最大的宏观和微观经济效益。在设计与运行物流系统时，要以宏观和微观两个效益为目的。具体来讲，物流系统要实现以下5个目标，简称为5S。
物流系统的本质要以用户为中心，树立用户第一的观念。在物流活动中要做到无缺货、无货物损伤和丢失等现象出现，并且费用要低，这些都要求物流系统对生产与消费者有很强的服务性。物流系统的这种服务性决定了其本身具有一定的从属性。物流系统采取的送货、配送等形式，就是其服务性的体现。近年来，在物流管理上出现的“准时供应”“柔性供货”等方法，也是其服务性的表现。
物流系统的快速、及时是其服务性的延伸。快速、及时既是用户的要求，也是社会发展进步的要求。随着社会化大生产的发展，对物流快速、及时的要求也更加强烈。在物流领域采用的诸如直达物流、多式联运、时间表系统等管理和技术，就是这一目标的体现。
在物流领域中，除了流通时间节约之外，由于流通过程消耗大但又基本上不增加或不提高商品的使用价值，所以依靠节约来降低投入是提高相对产出的重要手段。在物流领域里，可以通过推行集约化经营方式，提高物流作业的能力，以及采取各种节约、省力、降耗等措施，来实现降低物流成本的目标。
以物流规模作为物流系统的目标，依此来追求“规模效益”。生产领域的规模效益是早已为社会所承认的。实际上，规模效益问题在流通领域也异常突出，只是由于物流系统比生产系统的稳定性差，因此难以形成标准的规模化模式，也难以获得规模效益。物流领域以分散或集中等不同方式建立物流系统，研究物流的集约化、机械化、自动化以及信息系统的利用等，都是规模优化这一目标的体现。
库存控制是及时性的延伸，也是物流系统本身的要求，涉及物流系统的效益。物流系统通过本身的库存，实现对众多生产企业与消费者的需求保证，从而创造良好的社会外部环境。库存过多则需要更多的保管场所，而且会产生库存资金积压，造成浪费。因此，必须按照生产与流通的需求变化对库存进行控制。同时，物流系统又是国家进行资源配置的一环，系统的建立必须考虑到国家资源配置及宏观调控的需要。在物流领域中正确确定库存方式、库存数量、库存结构、库存分布就是这一目标的体现。要发挥物流系统的效果，就要把从生产到消费过程的货物量作为不断流动的物流量看待，缩短物流路线、物流时间，使物流作业合理化、现代化，从而实现物流系统的目标。
6σ管理法是一种统计评估法，核心是追求零缺陷生产，防范产品责任风险，降低成本，提高生产率和市场占有率，提高顾客满意度和忠诚度。6σ管理既着眼于产品、服务质量，又关注过程的改进。“σ”是希腊文的一个字母，在统计学上用来表示标准偏差值，用以描述总体中的个体离均值的偏离程度，测量出的σ表征着诸如单位缺陷、百万缺陷或错误的概率，σ值越大，缺陷或错误就越少。
6σ是一个目标，这个质量水平意味的是所有的过程和结果中，99.99966%是无缺陷的，也就是说，做100万件事情，其中只有3.4件是有缺陷的，这几乎趋近到人类能够达到的最为完美的境界。6σ管理关注过程，特别是企业为市场和顾客提供价值的核心过程。因为过程能力用σ来度量后，σ越大，过程的波动越小，过程以最低的成本损失、最短的时间周期满足顾客要求的能力就越强。
6σ理论认为，大多数企业在3σ～4σ间运转，也就是说每百万次操作失误在6210～66800之间，这些缺陷要求经营者以销售额在15%～30%的资金进行事后的弥补或修正，而如果做到6σ，事后弥补的资金将降低到约为销售额的5%。