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我们可以按照不同的标准对物流系统进行分类。
按物流发生的位置，物流系统可划分为企业内部物流系统和企业外部物流系统。
1）企业内部物流系统。例如，制造企业所需原材料、能源、配套协作件的购进、储存、加工直至形成半成品、成品最终进入成品库的物料、产品流动的全过程，均为企业内部物流系统。
2）企业外部物流系统。例如，对于制造企业，物料、协作件从供应商所在地到本制造企业仓库为止的物流过程，从成品库到各级经销商，最后送达最终用户的物流过程，都属于企业的外部物流系统。
根据物流运行的性质，物流系统可以划分为供应物流系统、生产物流系统、销售物流系统、回收物流系统和废弃物流系统。
1）供应物流系统。指原材料、燃料、辅助材料、机械设备、外协件、工具等从供应商处的订货、购买开始，通过运输等中间环节，直到收货人收货入库为止的物流过程。供应物流系统通过采购行为使物资从供货单位转移到用户单位，一般是生产企业进行生产所需要的物资供应活动。
2）生产物流系统。指从原材料投入生产起，经过下料、加工、装配、检验、包装等作业直至成品入库为止的物流过程。生产物流的运作过程基本上是在企业（工厂）内部完成。流动的物品主要包括原材料、在制品、半成品、产成品等，物品在企业（工厂）范围内的仓库、车间、车间内各工序之间流动，贯穿于企业的基本生产，辅助生产、附属生产等生产工艺流程的全过程，是保证生产正常进行的必要条件。生产物流的运作主体是生产经营者，部分生产物流业务可以延伸到流通领域，例如，第三方物流所提供的流通加工。
3）销售物流系统。指成品由成品库（或企业）向外部用户直接出售，或经过各级经销商直到最终消费者为止的物流过程。从事销售物流运作的经营主体可以是销售者、生产者，也可以是第三方物流经营者。
4）回收物流系统。指物品运输、配送、安装等过程中所使用的包装容器、装载器具、工具及其他可以再利用的废旧物资的回收过程中发生的物流。回收物流主要包括边角余料，金属屑，报废的设备、工具形成的废金属和失去价值的辅助材料等。
5）废弃物流系统。指对废弃杂物的收集、运输、分类、处理等过程中产生的物流。废弃杂物一般包括伴随产品生产过程产生的副产品、废弃物，以及生活消费过程中产生的废弃物等。废弃物流通常由专门的经营者经营，国外亦有第三方物流经营者参与废弃物流作业过程的实例。
以物流活动的范围进行分类，物流系统可以划分为企业物流系统、区域物流系统和国际物流系统。
1）企业物流系统。指围绕某一企业或企业集团产生的物流活动，包括企业或企业集团内部物流活动，也涉及相关的外部物流活动，如原材料供应市场和产品销售市场。企业物流活动往往需要考虑供应物流、生产物流和销售物流之间的协调，及相应的一体化规划、运作和经营。
2）区域物流系统。指以某一经济区域或特定地域为主要活动范围的社会物流活动。区域物流一般表现为通过一定地域范围内的多个企业间的合作、协作，共同组织大范围专项或综合物流活动的过程，以实现区域物流的合理化。区域物流通常需要地方政府的规划、协调、服务和监督，在促进物流基础设施的科学规划、合理布局与建设发展等方面给予支持。在规划某区域物流系统时，例如，省域、城市物流系统，公路运输站场规划与布局等，一般需要考虑区域物流设施与企业物流设施的兼容和运行方式。
全国物流系统可以看作是扩大的区域物流系统。在全国范围进行物流系统化运作时，需要考虑综合运输、运网体系、物流主干网、区域物流及运作等因素。
3）国际物流系统。指在国家（或地区）与国家（或地区）之间的国际贸易活动中发生的商品从一个国家（或地区）流转到另一个国家（或地区）的物流活动。国际物流涉及国际贸易、多式联运和通关方式等多种问题，需要国际合作、国内各方的积极配合参与，一般比国内物流复杂得多。
在拥有较大作用范围（诸如区域、全国、国际）的物流系统中，第三方物流经营者的功能及服务质量往往显得十分重要。
我们还可以根据物流构成的内容，把物流系统划分为专项物流系统和综合物流系统。
1）专项物流系统。是以某一产品或物料为核心内容的物流活动系统。常见的有粮食、煤炭、木材、水泥、石油和天然气等物流过程。专项物流往往需要专用设施、专用设备与相应物流过程的配套运作才能完成。
2）综合物流系统。是包括社会多方经营主体及多种类产品、物料构成的复合物流系统。
从不同角度对物流系统进行分类划分，可以加深我们对物流性质、过程的理解和认识，有利于更好地进行物流系统的规划、设计、运营、组织与管理。