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北京协和医院作为全国疑难重症诊治指导中心，改革开放以来，就医人数快速增长，狭小的空间严重制约了医院的发展。在这个时期，如何加强基本建设、扩大服务空间就成了医院亟须解决的问题。
2002年9月15日，北京协和医院与邮电总医院合并重组庆典大会
21世纪初，大医院通过托管、重组、联网运作等方式兼并小医院的做法蔚然成风。为了突破北京协和医院受地域环境掣肘，门诊、病房压力巨大的困境，2002年2月21日，经卫生部、信息产业部批准，医院与信息产业部邮电总医院合并重组，形成东西两院区格局，增加建筑面积4万多平方米、床位500余张。
两院重组后，人员、财务、资产、医疗、教学、科研和后勤完全合并。统一建制，设一套领导班子，统一领导；两院财务、资产统一核算、统一管理；两院人员执行统一政策，享受同等待遇。
通过北京协和医院与邮电总医院的合并，使当时协和最受困扰的空间问题得到初步缓解。然而，合并只是开始，合并后的管理，才是重中之重。
2008年初，刚刚上任的新一届领导班子清醒地认识到，忽视西院区现状，浪费西院区资源，是对患者、协和品牌、协和事业发展的不负责任。最可行的办法就是利用好协和医院现有的资源，做强西院，通过提高医疗水准、加强质量管理、改善服务态度来弥补西院的不足。
在北京奥运会前夕，协和医院吹响“做强西院”的号角。2008年4月28日，东西两院病房调整方案敲定，启动搬迁工作。短短两个月的时间，门诊、病房一次搬迁到位，大批东院医生西院出诊，风湿免疫科、普通内科、肿瘤内科、乳腺外科、血管外科和整形外科六大强势和特色专科整建制搬到了西院。这次大搬迁，不仅是这些科室自身抓住了一次发展提升的机遇，更重要的是为提高西院综合实力作出了重要贡献。
普通内科每周四上午都会安排一场多学科参与的专业组查房，极大地提升了西院区对疑难重症的诊治处理能力。乳腺外科精心专研手术技巧，乳腺癌改良根治术的手术时间远低于国外医院。心衰、肾衰等慢性病和疑难病病例资源正逐渐向西院区集中，“双跨科室”也按照不同侧重规划东西两院病房，互为依存，共同发展。
协和的培养模式和医院文化在西院区也得到了很好的传承。经典的“内科大查房”“住院医师巡诊”在西院落地生根，“总值班下午茶”和“教学门诊”从技术到人文，呵护着青年医生的成长。
风湿免疫科连续申请了多个国家级课题，在学术研究上、发表论文的数量和质量上均有了长足进步。
在这段时期，西院区在全院各科室鼎力支持和共同努力下，人员、管理基本理顺，整体布局调整到位，各项工作平稳运行，医疗质量明显提高，员工士气足、学术氛围浓，做强目标基本实现。
融合发展十年功，医院在西院区硬件设施上的投入并不算大，但是一批又一批协和人肩负着“开拓者”的使命，将重心放在西院的软实力建设上，努力缩小西院在医疗技术、学术氛围和文化建设上与东院之间的差距。
随着2012年东院新门急诊楼和外科楼的启用，医院的诊疗空间得到很大提升，为医院进行新的战略布局、谋求新的发展提供了条件。
2014年3月，医院启动西院区新一轮功能定位及装修改造，优化重组职能处室，西院综合办更名为西院事务管理处，新增职能描述“西院实行区域管理，探索机制创新”。将建设成为集门诊、病房、国际医疗部和多个医疗中心于一体的新协和西院。
装修改造后的西单院区国际医疗部阳光厅
2018年5月4日，北京协和医院西院全体党员会暨誓师大会
党的十九大报告中提出“人民健康是民族昌盛和国家富强的重要标志。要完善国民健康政策，为人民群众提供全方位全周期健康服务”。国家卫生健康委支持发展多元经济，满足群众多样需求。协和站在服务国家战略角度，有责任探索尝试建立一套与国际先进理念接轨的医疗服务模式，打造中国医疗机构的国际“名片”。
赵玉沛院长在西院全体党员会暨誓师大会上说，协和必须解放思想、引进人才，不能再固守过去的思维模式。协和人要学习国际先进的医疗及企业管理理念和运行模式，创新体制机制，将西院建成协和特色医学中心。2018年底，西院区正式更名为“西单院区”，整形美容中心、乳腺疾病诊疗中心、妇科内分泌与生殖医学中心、口腔中心落户西单院区。
从“做强西院”到改造院区、建设国际医院，西单院区正在被打造成协和的新“特区”。以服务国际化、管理精细化、特色学科群为定位，以连续医疗、共享医疗、高效医疗、舒适医疗、绿色医疗、人文医疗和健康生态圈为理念，西单院区正在向“协和的深圳和海南”的目标迈进。