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1978年12月，党的十一届三中全会作出把党和国家工作中心转移到经济建设上来、实行改革开放的历史性决策，开创了建设中国特色社会主义的新道路。在这样的历史背景下，卫生部选择北京协和医院作为改革的第一块试验田，旨在探索一条卫生工作改革的道路，进而推动整个卫生系统的改革进程。
1983年2月，卫生部部长崔月犁率领一个庞大的工作组进驻协和医院。在第一次党委扩大会议上，崔月犁部长开宗明义地指出卫生部选择协和医院为改革试点单位理由有三。
第一，协和医院在国内外享有较高的声誉。几十年来为国家卫生保健事业作出了重大贡献。然而医院现有的管理模式、现行的规章制度，缺乏生机与活力，很不适应新形势下社会主义市场经济发展的需要，不改革就没有新的出路。
第二，协和医院是集医、研、教于一体的国家重点综合性医院，在全国医药卫生战线上有普遍的代表性，协和医院改革成功了，还有哪个医院不能迈上改革的道路呢？
第三，协和医院作为改革试点，不但要使医院自身受益，更重要的是以协和为突破口，取得经验去推动全国医药卫生系统的改革工作。
协和医院的改革首先要从端掉大锅饭、改革铁饭碗入手。国家从对医院的全额拨款改为差额拨款、创收留用的政策。因此，医院在管理、人事制度、经济运行等诸多方面动“大手术”，革除老框框，抛弃老套套，建立新制度新作风，创立新章法。精简机构，按革命化、知识化、专业化、年轻化的标准调整领导班子。通过改革使医院的医疗技术、教学质量、科研水平、行政管理、人才培养、经济效益以及精神文明建设等方面成为全国医药卫生系统的典范。
概括来说，改革所遵循的原则是：必须有利于患者，有利于提高医、教、研质量，有利于节省国家开支，有利于调动职工的积极性和提高医院管理水平；改革的目标是争取在3～5年内，把协和办成具有中国特色的“医疗、科研、教学”三结合基地，办成全国疑难重症诊治指导中心。
经过若干年实践，协和医院总结出六个方面的改革成效和经验。
第一，实行院长负责制，扩大医院管理的自主权。
第二，实行明确的目标管理责任制，强调责、权、利相统一。
第三，打破了平均主义的“大锅饭”，贯彻按劳分配原则，分配上明显向一线倾斜，进一步体现知识劳务的价值。
第四，挖掘内部潜力，开拓业余兼职服务和专家门诊等项目。
第五，调整部分医疗收费标准，试行新技术、新设备按成本收费的办法。
第六，发展横向联合，增设医疗服务网点，扩大了服务功能。
由于医院对各科室的考核指标考虑到了国家、医院、个人和患者四方的利益，因此没有出现医生为了挣钱，单纯追求看病数量及乱开大处方等不良倾向。
协和医院的改革信息随着电波传播到全国各地，在整个医疗系统引起轰动。全国各级各类医院开展了由点到面、由浅到深、由单项到综合的改革。这一阶段，医院改革主要体现在改革医院领导体制，实行院长负责制；实行以定员定编、干部职工聘任合同制、严格考勤并与工资奖金挂钩、建立一定范围内的人才流动制度等为主要内容的劳动人事制度改革。协和的实践为指导全国卫生系统改革的方向和思路提供了新的依据。
协和的改革无疑是艰难的，但当时的成功经验，至今都在指导协和的绩效改革。2008年，北京协和医院出台了第一版绩效考核方案，之后基本每年修订一次，其基本宗旨是“病人需要什么，绩效就考核什么”。这些成果和贡献不仅让协和人引为自豪，还在全国卫生改革的历史画卷中书写了浓墨重彩的一笔。