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转运工作不是单纯的运输，评估和稳定转运患儿是转运工作的核心成分。理想的转运组织应成为以高速运动的交通工具为平台的“流动监护病房”。基于飞行生理学原理，加速和减速可对血流动力学产生影响，高度上升、气压和温度的下降也会对患儿的治疗产生影响，噪声和振动也可能进一步对生理功能、设备的运转和患儿的治疗产生干扰。因此，对航空转运时可能出现的医学问题必须给予特别的注意。
在患儿离开转诊医院之前，需要彻底的评估，评估可分为主要项目和次要项目。评估的目的是检查和鉴别是否将要发生或已经存在呼吸衰竭、休克。主要项目的基本内容包括系统地评估气道、呼吸、循环状况，对外伤的患儿应评估是否有脊髓损伤以及是否需要限制活动。在评估各个系统的同时，必要时应予以针对性的静脉给药治疗。一旦主要项目完成，气道已确保通畅，患儿的血流动力学稳定，就可以开始次要项目的评估，包括详细的病史和体格检查、实验室数据和药物治疗的回顾，最后对可能存在的问题进行鉴别判断。
转运过程中，气道必须保持通畅。在转诊医院用气囊及面罩通气就可以满足需要的患儿，如果有发生气道梗阻或呼吸衰竭恶化的潜在可能，都应该在转运之前给予气管插管以确保气道安全。在转运中搬运患儿和控制气道的操作很困难，以至于当需要评估气道，放置插管或需要重新进行气管插管的时候都可能需要使直升机着陆或停下救护车。所以，在离开转诊医院之前，应确保气管插管的位置正确、可靠，评估氧合和通气是否充分，确保气管插管的安全。根据波义耳定律：在温度不变的情况下，气体的体积和它所受到的压力成反比。随着机舱高度的升高和大气压的下降，套管中气体发生膨胀。因此，在使用气管插管套管时，应根据转运时的套管膨胀系数来确定充气量。
轻微的气胸或肺气肿可能随着机舱高度的改变而改变、破裂或症状明显加重。转运前应常规摄胸部X线片以排除或评估气漏综合征。如果预见由于机舱高度改变病情将会发生改变，则在航空转运前应排空气胸内的气体。用带有阀门的胸腔引流管代替胸部引流瓶，可减少因后者中空气膨胀带来的风险。脑外伤的患儿如有气体进入颅内或脑室，可能会因气体膨胀增加颅内压导致脑疝。同理，坏死性小肠炎患儿肠壁可能因积气膨胀而发生破裂、穿孔。
使用固定翼飞机时，血流动力学不稳定的患儿应头对着机舱的尾部，以防止起飞时的加速度使大脑的灌注压降低；血流动力学稳定的脑外伤患儿一般应头对着机舱的前面，加速的力量可降低起飞时脑的灌注压和血流量，防止由于脑血流量的急剧增加而导致颅内压显著增加。这类患儿在飞机下降或减速的时候，应予仔细监测。
严重呼吸衰竭的患儿在转运前必须给予仔细评估。根据道尔顿定律，混合气体的压力等于混合气体中每一个气体压力之和，一种气体的分压是和这种气体在混合气体中所占的浓度成正比的。氧气的分压等于氧气在混合气体中的浓度乘以总压力。所以随着高度的增加及大气压的下降，可有效利用的氧气量在下降。如果患儿的通气状况没有改变，可以预期患儿的肺泡氧浓度会出现下降，动脉血的氧合也会出现下降。患儿如果在地面需要FiO 2 是100%，为了适应飞行高度的变化必须采取相应的措施。在短途飞行的航空转运期间，通过给予干燥的气体可以使重症患儿的肺泡氧浓度增加。尽管有增加痰液阻塞和小气道梗阻的风险，但是风险效果分析认为这是一个值得推荐的方法。