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转运团队应事先确定转入医院有为患儿准备的合适床位，这需要考虑到重症特级护理需要、隔离需要、专科医师在场等因素。为确保患儿能顺利的转运，转入医院必须要清楚转运团队到达的时间，从而保证能为患儿提供特殊治疗及护理的医护人员准时到场。在转运团队离开转诊医院后，必须与转入医院保持持续联系。事先设定的联络人员应该知晓当前已经启动的转运，熟悉转运的方案和指导原则，必要时候可提供持续标准的建议。转运团队还应该在患儿转运途中情况有变化时能够及时通知转入医院。
患儿到达接诊医院后，应由绿色通道直接入住NICU, NICU值班人员需按照先稳定患儿病情再办理住院手续的程序进行。转运人员与NICU值班人员应全面交接患儿情况。NICU值班人员对患儿进行必要的处置，包括危重评分、进一步详细询问病史、完成各种知情同意书的告知并签字。待患儿病情基本稳定后，协助监护人完成入院手续。转运人员详细检查已使用过的转运设备，补充必要的急救用品，完毕后将转运设备放回转运处，以备下一次使用。
要重视转运后的反馈工作，加强与转诊医院之间和网络之间交流，这对整个转运网络的发展和新生儿综合救治水平的提高有重要意义。NICU是危重新生儿转运网络中最关键的环节，各级NICU是危重患儿后续治疗的保障。绿色通道的建立可以密切新生儿救治中心（NCC）与转诊医院之间的关系，促进沟通与合作，共同提高急救水平，使NCC中心成为可以信赖的基地和坚强后盾。NCC中心规模、设备、技术实力以及科学规范管理均起到强化转运网络组织的作用，对提高危重新生儿的救治水平、降低新生儿死亡率起关键作用。