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支气管镜检查是呼吸系统疾病的重要检查方法，其适应证如下：
1.不明原因的慢性咳嗽 支气管镜对于诊断支气管结核、异物及呼吸道肿瘤等具有重要价值。
注意： 气管上端肿瘤可能会因其位于胸部CT扫描范围之上，胸部CT未显示呼吸道异常。有文献报道，一些患者出现慢性咳嗽，按“哮喘”治疗长达1年以上，直至憋气、咯血等症状出现时才发现气管内肿瘤。
2.不明原因的咯血或痰中带血 尤其是持续1周以上者。支气管镜有助于查明出血部位和原因。肺癌高风险或持续咯血的患者即使胸部CT检查未发现异常，也应行支气管镜检查。
3.不明原因的局限性哮鸣音 支气管镜有助于查明呼吸道阻塞的原因、部位及性质。
4.不明原因的声音嘶哑 气管肿物或纵隔占位侵犯喉返神经、声门下肿物侵犯声带或声门旁间隙，都可能引起声嘶。
5.痰中发现癌细胞或可疑癌细胞 有些微小和/或表浅病变胸部CT可能无法显示或漏诊，可以通过支气管镜检查进一步明确。
6.胸部X线和/或CT检查 提示肺不张、肺部结节或块影、阻塞性肺炎、炎症不吸收、肺部弥漫性病变、肺门和/或纵隔淋巴结肿大、气管支气管狭窄以及原因未明的胸腔积液等异常改变者。
7.肺部手术前检查 支气管镜术前检查对于确定手术方式、确认治疗方案必不可少，同时有助于评估预后。支气管镜检查是胸部影像学检查的重要补充，支气管镜观察的病变范围可能与CT预估的病变范围不一致，导致手术方式甚至是治疗方案的变更。此外，支气管镜检查时可观察与手术麻醉相关的咽喉部情况，还可能发现支气管解剖变异等。
8.胸部外伤、怀疑有气管支气管裂伤或断裂
9.肺或支气管感染性疾病（包括免疫抑制患者支气管肺部感染）的病因学诊断 如通过呼吸道吸引物、保护性毛刷、支气管冲洗液以及支气管肺泡灌洗（bronchoalveolar lavage，BAL）获取的标本进行涂片、培养及实验等。
10.机械通气时的呼吸道管理 床旁支气管镜检查应用于机械通气的患者，可以有效提高呼吸道管理水平。例如，观察人工气道是否存在扭曲、狭窄、阻塞等异常；有效清理下呼吸道分泌物，送检深部痰液进行实验室检查，根据药敏试验结果指导临床合理用药等。
11.疑有气管、支气管瘘的确诊