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疼痛涉及全身各部位、各器官系统，引起疼痛的病因是多方面的，包括创伤、炎症、神经病变等，不同部位的疼痛和不同的疼痛性疾病，其疼痛性质不同。为了便于对疼痛的流行病学、病因、预后和治疗效果等各方面的研究、利于临床的正确诊断，对疼痛进行分类和建立一套合理的分类方法是必要的也是有用的。1988年国际头痛学会（HIS）提出了头痛、颅脑神经痛和颜面痛分类方法，1994年国际疼痛研究会（IASP）制订了疼痛的五轴分类法，2004年HIS又推出了第2版（ICHD-2）分类法。根据疼痛的发生部位、原因、性质及持续时间等可有多种分类方法。
可分为头痛、颌面部痛、颈部痛、肩及上肢痛、胸痛、腹痛、腰痛、下肢痛、盆部痛、肛门及会阴痛等。每个部位的疼痛又包含各种疼痛性疾病或综合征。
可分为躯体痛、内脏痛和中枢痛。
疼痛部位在浅部或较浅部，多为局部性，疼痛剧烈、定位清晰。如原发性头痛、肩周炎、膝关节炎等。
为深部痛，疼痛定位不准确，可呈隐痛、胀痛、牵拉痛或绞痛。如胆石症的胆绞痛、肾输尿管结石的肾绞痛、胃痛等。
主要指脊髓、脑干、丘脑和大脑皮质等中枢神经疾病，如脑出血、脑肿瘤、脊髓空洞症等引起的疼痛。
或表述为快痛、锐痛或刺痛，这个疼痛刺激是由外周神经中的A β纤维传导进入中枢神经系统进行反应的。个体痛觉主观感受的特点是定位明确，痛觉产生快，消失也快，机体在受到刺激时往往会马上做出保护性反射，即刻出现不良的情绪反应，但很快消失。
或表述为慢痛、灼痛，这个疼痛刺激是由外周神经中的C纤维传导进入中枢神经系统进行反应的。个体痛觉主观感受的特点是定位不明确，痛觉产生慢，消失也慢。疼痛刺激会引起同一脊髓节段所支配的横纹肌紧张性强直，常伴有循环系统和呼吸系统的改变，并带有强烈的个体感受而多难以承受。
或表述为钝痛、酸痛，这个疼痛刺激是由外周神经的A β纤维和C纤维传导进入中枢神经系统进行反应的。个体痛觉主观感受的特点是定位较差，很难确定痛源部位，痛觉难以描述。痛觉产生时常伴有内脏和躯体反应以及较强的情绪反应。
根据疼痛的原因分类主要有：创伤性疼痛、炎性疼痛、神经病理性疼痛、癌痛和精神（心理）性疼痛等。
创伤性疼痛主要是皮肤、肌肉、韧带、筋膜、骨的损伤引起的疼痛，如骨折、急性或慢性腰扭伤、烧伤等。
由于生物源性炎症、化学源性炎症所致的疼痛。如风湿性、类风湿关节炎、强直性脊柱炎等。
神经病理性疼痛是由于末梢神经至中枢神经任何部位的神经病变和损害，出现痛觉过敏、痛觉异常，如带状疱疹后神经痛、糖尿病性神经病变等。
癌痛是由于肿瘤压迫、浸润周围器官或神经引起的疼痛，常见于肝癌、胃癌、胰腺癌、胆管癌和恶性肿瘤骨转移的疼痛。
精神（心理）性疼痛主要是由于心理障碍引起的疼痛，往往无确切的躯体病变和阳性检查结果，患者常主诉周身痛或多处顽固性痛，可伴其他心理障碍表现，如失眠、多梦、困倦等。
根据疼痛的持续时间可分为急性痛和慢性痛，急性痛的持续时间<6个月，慢性痛的持续时间>6个月。但另一种观点认为疼痛持续时间超过正常持续时间即可定义为慢性痛，这段时间往往超过6个月，但也可能少于1个月，又有另一种观点认为对于非恶性疼痛，3个月是区分急慢性疼痛的最佳时间。