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中国卒中中心组织架构分为四级（图2-1）。第一级，国家卫生健康委员会作为我国卒中中心的行政主管部门，主导全国卒中中心建设发展。第二级，国家卫生健康委员会组织成立的国家脑防委，负责指导和推进全国卒中中心建设，对全国卒中中心建设工作开展评估与管理。第三级，各省（区、市）卫生健康行政部门组织成立的省级及地市级卫生健康委脑防委，在国家脑防委的指导下开展区域内卒中中心建设和管理工作。第四级，各医院成立的卒中中心管理委员会，负责本单位卒中中心的申报认证和建设管理工作。
图2-1 中国卒中中心组织架构
《“健康中国2030”规划纲要》提出创新医疗卫生服务供给模式。卒中中心建设作为“五大中心”建设的重要组成部分，通过推广卒中的多学科诊疗模式、建立医疗救治绿色通道和一体化综合救治服务，提升重大急性病医疗救治质量和效率的创新医疗服务模式得到了国家卫生健康委员会的高度重视。2015年正式启动全国卒中中心建设以来，国家卫生健康委员会相继出台《脑卒中综合防治工作方案》（国卫办疾控发〔2016〕49号）、《医院卒中中心建设与管理指导原则（试行）》（国卫办医函〔2016〕1235号）、《关于进一步加强脑卒中诊疗管理相关工作的通知》（国卫办医函〔2018〕269号）等一系列文件，明确了我国卒中中心建设标准、任务、目标和管理要求，同时将卒中中心建设列入“进一步改善医疗服务行动计划（2018—2020年）”重点推进，为全国卒中中心建设在制度和政策层面提供了有力保障。
国家脑防委在卒中中心建设标准、申报评价及管理要求等规章制度的制定、卒中急诊绿色通道建设及多学科协作工作模式推动、脑卒中防治适宜技术规范培训及推广等多方面发挥重要作用，指导并推动了全国卒中中心建设的深入开展。
中国卒中中心管理指导委员会由国家脑防委、各省（区、市）卫生健康委脑卒中防治工作委员会等机构的成员组成。各省（区、市）脑卒中防治工作委员会协助国家脑防委开展卒中中心建设工作，在制订卒中中心建设规划、认证考核及质量控制标准、编写脑卒中防治系列指导规范等材料、现场考评、培训等工作中发挥核心骨干作用。
国家脑防委先后制定了《高级卒中中心现场评估指标（试行）》《防治卒中中心现场评估指标（试行）》和《卒中中心申报认证管理办法（试行）》等一系列文件，并结合各地实践反馈不断修订完善相关流程制度和指标体系，推动全国卒中中心建设工作科学、规范开展。
国家脑防委一直致力于推广规范化的脑卒中防治适宜技术。截至2018年，国家脑防委先后组织专家编写了《脑卒中筛查与防治系列培训教材》及《脑卒中高危人群筛查及防治系列指导规范》；成立了包括缺血性脑卒中静脉溶栓技术、缺血性脑卒中机械取栓技术等在内的10个专家巡讲团，组织专家在全国范围内开展技术巡讲；启动“规范指导临床三年行动计划”，进一步推动了脑卒中防治适宜技术的推广和技术人才培养工作的“同质化”“常态化”和“可持续化”发展；围绕脑卒中防治适宜技术的开展和推广启动了多项临床多中心研究。
“以患者为中心”的诊疗模式在各中心广泛推行，开展卒中救治工作。各卒中中心按要求成立包括神经内科、神经外科、急诊科、超声科、放射科、检验科等临床、医技和行政后勤等多部门协作的卒中救治团队，建立多学科协作的卒中急诊绿色通道。
国家脑防委成立“国家卒中急救地图工作委员会”推动省（区、市）、尤其是地级城市区域卒中急救网络体系建设。区域内的医疗机构、急救机构在各地政府和卫生健康行政部门的支持和组织协调下，利用互联网+信息技术，探索建立分级救治与区域协同并举的区域脑心救治网络模式，开展卒中急救地图建设，推动区域卒中防治网络体系构建，逐步构建成一张覆盖全国的卒中救治地图。
省卫生健康委脑卒中防治工作委员会由省级卫生健康委的相关委领导担任主任，医政医管处、疾控处、基层卫生处、科教处负责人及高级卒中中心、基地医院负责人等担任副主任。其主要职责：一是研究制定本省脑卒中防治总体规划；二是组织本省卫生健康行政部门、医疗机构和公共卫生机构开展卒中中心建设工作及国家脑防委部署的其他工作任务；三是对卒中专科联盟（专家组）进行管理并对卒中中心培训、现场评价等工作进行指导。
开展卒中中心建设的医院需成立以医院党委书记、院长或业务主管院领导为主任，相关职能部门和临床、医技及信息等科室负责人为成员的卒中中心管理委员会。主要职责：一是持续开展卒中中心建设管理工作，制定卒中中心工作制度和奖励政策等；二是建立健全多学科协作的卒中诊疗管理模式；三是建立规范科学的卒中诊疗流程。