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血吸虫病呈世界性分布，热带和亚热带地区普遍存在，主要集中影响撒哈拉以南非洲地区的贫困和弱势群体。血吸虫病分布于78个国家和地区，全球受血吸虫感染的人口有8亿，每年有超过2.4亿人感染，需要治疗的血吸虫病病人90%以上生活在非洲。实际上，由于全球人口数量增加和受检测技术的限制，这些数据严重被低估。
按病种分，日本血吸虫病分布在亚洲的中国、日本、菲律宾和印度尼西亚，曼氏血吸虫病分布在非洲、南美洲和加勒比海地区，湄公血吸虫病分布于柬埔寨和老挝，间插血吸虫病分布在非洲中部的雨林地区，埃及血吸虫病分布在非洲及中东地区。我国只流行日本血吸虫病，历史上流行于长江中下游一带及其流域以南的湖南、湖北、江苏、浙江、安徽、江西、四川、云南、广东、广西、福建和上海等12个省、市、自治区。
对血吸虫感染率的估计主要是基于发现虫卵的技术，但由于技术的缺陷，实际情况被低估。血吸虫病导致的死亡估计值在全球范围内每年在24072和200000之间变化，与感染相关的慢性疾病剥夺了个人和家庭的健康、学业和社会生产力，给流行地区造成严重疾病负担。据2010年世界卫生组织（WHO）报告，仅在非洲，血吸虫病每年导致28万人死亡。撒哈拉沙漠以南非洲地区居民的感染风险从2000年开始下降，但2012年估计仍有1.63亿居民感染血吸虫病。根据2014年Hotez等的估算，血吸虫病造成的疾病负担约为331万（95% CI ：170万～626万）伤残生命调整年（DALYs）。事实上，由于血吸虫病对病人的影响是长期的，即使是进行了驱虫治疗，生长迟滞、认知障碍和永久的器官伤害以及增加的各种癌症患病风险等等因素均没有被考虑，因此血吸虫病所造成的疾病负担是被严重低估的。有专家认为，全球血吸虫感染人数应在4.4亿左右。
非洲54个国家中，51个流行血吸虫病，承担着世界上最沉重的血吸虫病疾病负担，但不同国家和地区间血吸虫病感染率和感染度差异较大。如突尼斯于1969年宣布已消除血吸虫病，最后一例本地病例发生于1981—1982年。阿尔及利亚、毛里求斯已处于消除血吸虫病状态但需要评估和验证。非洲目前病例主要集中在撒哈拉沙漠以南地区。Lai等研究表明莫桑比克学龄儿童血吸虫感染率最高（52.8%，95% CI ：48.7%～57.8%）。低风险国家（学龄儿童感染率低于10%）包括布隆迪、赤道几内亚、厄立特里亚和卢旺达。据估计，每年需要吡喹酮治疗的学龄儿童为1.23亿（95% CI ：1.21亿～1.25亿），整个人口数达2.47亿（2.39亿～2.56亿）。位于非洲东北的埃塞俄比亚，需要治疗血吸虫病的学龄儿童估计有1310万，此外还有数百万成年人在流行区受到感染。按地区分，埃塞俄比亚全国833个地区中，有374个未发现肠道和尿路血吸虫病病例，分别有190个、153个、69个地区呈血吸虫病低度、中度和高度流行，剩下的地区是否流行血吸虫病尚未确定。
在亚洲，血吸虫病主要在中国、日本、菲律宾、印度尼西亚等国传播流行，日本是目前亚洲唯一一个消除血吸虫病的国家。在中国，日本血吸虫病主要分布在长江以南的12个省（自治区、直辖市），是亚洲血吸虫病流行最严重的国家。20世纪50年代初估计病人数达1200万人，受感染威胁人口1个亿。经过多年防治，2015年中国顺利实现血吸虫病传播控制目标。2017年底，全国现有病人数估计为37601人，包括29407例晚期血吸虫病病例。近年来中国血吸虫病流行情况呈持续下降趋势，但是部分地区仍然存在疫情反弹的风险，实现传播阻断乃至消除目标仍面临不少挑战。在菲律宾，日本血吸虫病流行于28个省份，其中高度流行（感染率＞5%）、中度（1%～4.9%）、低度或接近消除水平（＜1%）的省份分别有10个、6个、12个，受威胁人口1200万。水牛在菲律宾血吸虫病传播中发挥重要作用，qPCR和福尔马林-乙酸乙酯沉淀试验表明部分地区牛的感染率可达50%以上。在印度尼西亚，血吸虫病主要在该国的纳普（Napu）、林杜（Lindu）、巴杜（Badu）三地流行，2008—2011年，纳普的感染率为0.3%～4.8%，林杜的感染率为0.8%～3.2%，巴杜于2008年首次被认为是新的流行区，当时居民感染率为0.5%，2010年则上升至5.9%。湄公血吸虫病仅在老挝人民民主共和国南部的一个省（2个区）和柬埔寨北部的两个省（6个区）流行，大约有20万人处于感染风险。基于化疗的控制活动使得两国血吸虫病的感染率均已降至5%以下。
在拉丁美洲及加勒比海地区，有10个国家和地区流行曼氏血吸虫病。据估计，巴西、委内瑞拉约有1600万人需要预防性服药，苏里南和圣卢西亚可能还有部分残留地区有血吸虫病传播，其他六个国家和地区包括安提瓜和巴布达、瓜德罗普、马提尼克、蒙特塞拉特、波多黎各、多米尼加可能已经消除血吸虫病，但需要通过进一步的查阅档案和流行病学调查进行验证。
血吸虫病是一种贫穷所致疾病，患病使受感染者贫困，反过来又增加了感染风险，医疗资源和医务人员有限的地区的贫困和不发达使问题更加复杂。在尼日利亚西南部，血吸虫感染的流行率从收入超过1600美元的家庭的1.5%增加到收入低于600美元的家庭的70%。血吸虫病主要影响儿童和成年人以及稻农和渔民等高风险职业群体中的个体。学龄儿童由于经常接触含有血吸虫尾蚴的水体和低水平的获得性免疫力而特别容易受到感染，学龄前儿童也是血吸虫病的高危人群；在成年人中，20岁以上的个体血吸虫感染的概率最高，男性的感染率普遍高于女性。妇女由于在自然水体中洗衣服、洗器具，感染血吸虫后可能发展成为女性生殖器血吸虫病，并成为艾滋病毒/艾滋病传播的协同因子。近年来，由于出国务工、旅游等原因，境外感染血吸虫病的病例报告越来越多。不少游客感染血吸虫但因症状较轻而被漏诊或者误诊，在来自非洲的无症状旅行者中，据报道有多达11%的人被感染，且男性感染血吸虫的风险是女性的两倍。欧洲移民中发现血吸虫病感染病例比较常见。