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糖尿病肾病患者的家族聚集性现象是遗传因素参与本病的重要证据。全基因组关联分析研究发现，在大样本人群中糖尿病肾病发病风险存在多个显著相关的基因变异。有关糖尿病肾病发病相关的遗传分子参阅本书第三章。
糖尿病肾病的风险增加还可能来源于多个基因的微效多态性，而以前GWAS可能是还没能力确定这种多个微效多态性的共同致病作用。尽管多个慢性肾脏病和终末期肾病相关的SNP位点已经被发现了，但是糖尿病白蛋白尿对应位点仍未确定。绝大多数（>85%）确定的SNPs是在基因组的非编码区，它们在疾病发展中的作用尚未明确，未来研究目标是确定糖尿病肾病的优先位点基因、靶细胞类型和下游靶基因。