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磁共振成像已成为临床上重要的影像诊断技术，具有的主要优点有：
参与MRI 成像的因素丰富，不仅可以提供与X线、CT相似的断层解剖学图像，还可以提供与病理、生化等相关的信息，在诊断疾病中具备诸多优势及应用潜力。除了氢核密度ρ，弛豫时间T 1 、T 2 以外，MRI还可以提供组织内部血流、扩散、物质交换等情况。比如通过弥散加权成像技术，通过弥散梯度对测量水分子弥散，提供基于脑生理状态的信息，对诊断急性脑梗死的敏感性和特异性远高于其他成像手段。
和CT相比，一些由软组织构成的器官X射线线性吸收系数相近，但磁共振横向和纵向弛豫时间存在差异，所以磁共振成像对软组织有很好的分辨力。特别是对大脑灰白质的对比度分辨能力：CT基本上不具备灰白质分辨能力，而磁共振对比非常明显，图像可用于脑区的分割。
在完成MR成像的磁场强度范围内，对人体健康不会带来不良影响，也就是说是一种非损伤性检查。如今全球每年至少有6 000万病例利用磁共振成像技术进行检查。
可以作横断面、冠状面、矢状面，任意方向的斜切面等的断层扫描。目前，在神经系统疾病的检查当中，MRI能获得脑和脊髓的立体图像，不像CT那样一层一层地扫描而有可能漏掉病变部位。通过调节磁场可自由选择所需剖面。能得到其他成像技术所不能接近或难以接近部位的图像。对于椎间盘和脊髓，可作矢状面、冠状面、横断面成像，可以看到神经根、脊髓和神经节等。不像CT只能获取与人体长轴垂直的横断面。
但是，MRI也有所不足，其主要表现为：扫描时间相对较长；空间分辨能力不够理想，很多病变单凭MRI仍难以确诊，不像内镜可同时获得影像和病理两方面的诊断；对胃肠道的病变不如内镜检查；对骨皮质病灶以及钙化灶等的检出敏感度不如CT；MRI征象的特异性常常还不够理想（多有重叠）等；对肺部的检查不优于X线或CT检查，对肝脏、胰腺、肾上腺、前列腺的检查不比CT优越，但费用要高得多；并且对装有心脏起搏器、义齿、人工关节等，体内留有金属物品者不宜做MRI检查。相对与其他部位或器官，神经系统的影像检查首选MRI。
另外，不适当的应用MRI系统也可能对人体造成伤害。主要包括以下方面：强静磁场，在有铁磁性物质存在的情况下，不论是埋植在患者体内还是在磁场范围内，都可能是危险因素；随时间变化的梯度场，可在受试者体内诱导产生电场而兴奋神经或肌肉，外周神经兴奋是梯度场安全的上限指标，在足够强度下，可以产生外周神经兴奋（如刺痛或叩击感），甚至引起心脏兴奋或心室震颤；射频场（RF）的致热效应，在MRI聚焦或测量过程中所用到的大角度射频场发射，其电磁能量在患者组织内转化成热能，使组织温度升高。RF的致热效应需要进一步探讨，临床扫描仪对于射频能量有所谓“特定吸收率”（specific absorption rate，SAR）的限制。MRI运行过程中产生的各种噪声，可能使某些患者的听力受到损伤。虽然MRI对患者没有致命性的损伤，但还是给患者带来了一些不适感。
磁共振成像是一种革命性的医学诊断工具，相对于其他影像技术出现较晚，但该技术除了提供人体内部结构的成像，还可提供大量反映生理生化信息的多参数，多模态图像，体现出其无可比拟的优越性。近几年来，磁共振成像诊断技术的研究一直在不断扩展及延伸，检查适应证范围逐渐拓宽，检查技术正逐渐完善、精进，诊断的敏感性和特异性也不断提高。
磁共振成像技术近年来的进展主要体现在两个方面，一是扫描速度提高、获得更高的分辨率和更多的生化信息。特别是快速变化的梯度磁场的普遍使用，加快了磁共振成像的速度，使该技术在临床诊断、科学研究的应用成为现实，极大地推动了医学、神经生理学和认知神经科学的迅速发展。而多线圈并行成像技术的应用，压缩感知减少K空间采样技术的推广，使过去需要数十分钟甚至数小时的检查能够在数分钟之内完成，给实验和患者带来极大的方便。二是磁共振成像分辨率的提高。目前磁共振图像的分辨率已达到了1.0mm左右，配有各种相控阵接收线圈，它的空间分辨率已达到先进的X射线、CT的分辨率。而随着场强的提升（目前国内已经有7T磁共振成像仪装机），更高的分辨率甚至被称为磁共振显微成像的技术已经出现。
随着上述研究的发展，在物理学、计算机工程学及临床医学（特别是医学影像学）等专家的共同努力下，磁共振成像将会有更强大的功能在更广阔的领域里发挥作用。
（幸浩洋）