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面对突发公共卫生事件，尤其是新发重大传染病所致的突发公共卫生事件，往往会导致患者就医数量呈“井喷式”增长，从而极易形成大量患者在社区和社会流动，造成传染病突发公共卫生事件不断发展恶化的局面。在面临延误治疗时机、造成疫情扩散的双重压力下，建设以体育场馆、会展中心为基础改造的方舱医院，可有效缓解医疗资源紧张，满足床位达到应收尽收要求，积极阻断传染病突发公共卫生事件传播。方舱医院的建设，在防与治两个方面发挥了重要的、不可替代的作用，也为今后应对突发公共卫生事件、应对重大灾情疫情，迅速组织扩充医疗资源创造了一种新的模式。方舱医院的大规模使用，在我国医学救援史上具有标志性意义。
根据武汉方舱医院的收治标准，原则上收治年龄在18~65周岁，有生活自理能力，且无呼吸系统、心脑血管系统等基础性疾病及精神疾病的新冠肺炎已确诊（含临床诊断）且未在定点医院隔离治疗的轻症患者。在收治患者进入方舱前，要严格把控预检分诊制度：安排专职医务人员对将收治患者进行预检分诊，核实身份信息和核酸检测信息，测量体温、血压、心率等基本生命体征。对符合收治标准的患者，医务人员负责指引患者及时入住方舱床位，并安排后续治疗、检查等医疗活动；对预检不符合收治标准的患者，如发现病情较重病例，须立即报方舱医院指挥中心处理，及时转诊定点医疗机构；对其他不符合收治标准的患者，联系转运单位及时转回。
因为方舱医院收治的都是核酸阳性确诊患者或者CT呈明显病毒肺的临床诊断患者，根据省、市、区指挥部的要求，都是需要做好相关检验检查信息的网络直报工作的。为有效、迅速落实网络直报，在患者入住方舱时，需详细登记患者的姓名、性别、身份证号码、联系电话、家庭住址和临床严重程度（根据入住标准，只能为轻型和普通型）等信息，并确认上述信息真实有效（可要求提供身份证或户口本进行核实）。收集患者详细基本信息后，在中国疾病预防控制信息系统（即大疫情网）上先进行转诊（确认患者是否由社区卫生服务中心或综合医院上报），如能转诊就将患者相关信息转诊到所在方舱医院账号，确认患者由方舱医院收治；不能转诊的患者，需根据核酸阳性结果（CT病毒肺结果仅在第五版诊疗方案中需上报）在2h内上报国家疫情网，务必确保所有患者信息真实，同时不迟报、漏报。
患者出舱由当值医师根据诊疗方案中的出院标准判定患者是否符合出舱条件（每一个诊疗方案的版本出院标准可能有差别，需严格按照诊疗方案执行），在填写《患者符合出院标准评估表》后通知当班护士办理出院，审核出院后通过方舱医院所在辖区疫情防控指挥部协调后由各区接送人员将患者接回。为有效保障疫情防控的闭环规范管理，方舱医院的患者确认出院后，需当天在大疫情网上订正出院时间并进行备注；对于病情未得到有效医治或“封舱”未及时出舱的患者，其转归信息由收治的综合医院处理，方舱医院值班人员需做好记录备案留存。