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形态学研究方法是法医人类学的常用鉴定方法。根据骨骼形态学特征，对检材及样本的形态进行比对，推定检材的种属、种族、年龄、性别、身高等，其原理主要是应用解剖学、组织学、人体测量学及影像学的方法，对骨骼及骨骼残片进行个体识别。当骨骼形态学特征被破坏时，根据考古学的方法，对检材进行修复，然后对修复完整的检材进行鉴定。形态学比较鉴定，可以用典型的骨骼标本与现场发现的检材进行比较而得出结论，也可以通过间接的比较方法进行鉴定而得到结论。例如，用判别分析的方法确定骨骼的性别，用回归分析的方法确定骨骼的年龄及身高等。之所以将用统计学方法建立的骨骼个体识别技术也称为形态学比较方法，是因为这些方法是以大量的已知年龄、性别、身高等生前确切资料的骨骼标本为基础，进行观察、测量、统计分析而建立的。
在法医人类学研究中，通过对骨骼的形态学观察及测量，建立骨骼个体识别的方法仍然是活跃的领域。例如，人类骨骼的地域特征，骨骼种族的鉴定方法等，都有待于进行进一步的研究。在骨骼的形态学研究中，人体测量学是理论基础，统计学技术是重要的工具。
由于杀人焚尸案件中，骨骼的破坏很大，若要确定骨骼残片是否属于人类，需要进行比较解剖学研究，重点研究不同动物同名骨骼的形态特征，确定骨骼残片是否为人类骨骼或者属于何种动物骨骼。这方面的研究需要加强。
在骨骼的形态学观察中，计算机图形、图像技术的应用，可以提高骨骼个体识别技术鉴定结果的可靠性。扫描电镜技术的应用，可以方便地观察骨骼的组织学结构，为鉴定骨骼残渣的归属提供有效的工具。现代科学技术在法医人类学中的应用，为法医人类学的发展开拓了更加广阔的前景。
应用现代科学技术进行骨骼个体识别，可以更加快速、准确地得到鉴定结果。例如，利用DNA技术，从骨骼中提取DNA，通过与失踪人有亲缘关系的个体的血样，进行DNA图谱比较，可以直接认定失踪个体的身份。而牙齿是白骨化尸体检验中的常见检材，从牙齿中提取DNA并进行STR分型是对白骨化尸体进行尸源鉴定的重要技术手段。
（丁艳君 蔡继峰 阿丽耶·库热什 孙淑乐）