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诊断过程（diagnostic process）包括①收集资料：资料的收集就是把诊断的资料（临床表型资料）收集起来并进行整理的过程；②综合分析，提出初步诊断；③通过进一步检查、试验性治疗验证诊断：进一步检查主要指有创的检查，如疑诊腹膜转移癌，可通过腹腔镜、开腹探查等方式取得病理学资料以验证诊断；④做出最后诊断。
在诊断过程中还需注意两点：①岂有此理必有误：当初步诊断和新的临床资料（新出现的症状，对治疗的反应等）相悖，或有悖于逻辑及医学常识、医学原理时，首先应当怀疑初步诊断是否有错，其次应当反思治疗方案诸如用药的选择、用药的方式、方法是否出错。青霉素治疗肺炎球菌肺炎3～4天后仍然高热不退，在考虑耐药的同时，也需考虑诊断是否正确。②病理学诊断并非绝对可靠：病理学检查被认为是疾病诊断的金标准，但受多个因素影响。首先疾病不同阶段病理学变化会有差异，其次病理组织取材的部位也会对其产生影响，再者即使是同一张病理切片，不同医师的判断也会有差异。