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循证医学的方法是临床思维和临床决策的重要途径，临床医生应追踪、评鉴和阅读医学文献以保持知识的不断充实和更新，才能适应现代医学的发展。学习和实践循证医学，培养严谨科学的临床思维应遵循以下基本原则：
证据，无论强还是弱，都不能单依此做出临床决定。循证医学不能取代临床技能、临床经验和临床资料。所获得的证据必须在全面获取临床资料的基础上，结合患者价值观，分析利弊，以实现最佳的共享决策。
一方面，患者是临床信息来源，要应用系统医学的理论，全面收集信息；另一方面，循证医学强调要将最佳证据、医生经验和患者具体情况进行整合。患者的获益是首要考虑的因素，医生和患者（及其家庭）都是决策的参与者，是伙伴和同盟关系。在诊治过程中，医生要和患者充分沟通，解释目前的情况、已采取的措施及下一步对策的利弊，共同商讨决策。
临床医生应根据患者人口学特征、病例特点、医疗条件、支付能力等多方面因素，个性化地选择诊断和治疗方案。
证据和指南都是具有时效性的，对患者进行随访可促进新证据产生，改进临床实践，不断提高临床水平。