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循证医学实践伴随临床诊疗全过程，是一个不断提出问题、寻找方法、解决问题的过程，对一个患者的诊治可能需要把这个过程循环多次。本章节我们主要阐述应用当前证据解决临床问题，不涉及临床科研设计。
有些临床问题凭借医生的知识和经验可以解决；有些问题查证指南可发现答案；还有一些问题无现成答案，需要针对具体问题采用循证医学的探究方式来解决。图3-3-1显示了循证医学实践过程。
在应用过程中具体包括以下步骤：
将关于预防、诊断、治疗、预后等问题转化为可回答的科学问题。患者就诊过程中可能会问：“我为什么得这个病？”（病因问题）、“我得了什么病？”（诊断问题）、“得了这个病要吃药吗？”（治疗问题）、“得了这个病有什么影响？能活多久？”（预后问题），这些问题要么不能直接作为关键词进行检索，要么检索出太多文献，无法归纳得出答案。因此需要进行转化，使其更具体。
科学问题的提出，建议采用PICO方法。P指特定的患病人群（population/participants），I指干预措施（intervention/exposure），C指对照措施（comparator/control），O指结局（outcome）。
例如：一腹泻型肠易激综合征患者服益生菌后好转来就诊，询问是否还需服药。该问题医生可能不确定，指南中也无答案，就需要查找文献来解决。查找文献之前，需确定要解决的科学问题是什么，且要进行一定的限制，不能太泛。如该问题可以转化为：维持益生菌治疗比停药观察是否可以减少腹泻型肠易激综合征的复发。在这个问题中，患病人群是腹泻型肠易激综合征患者，干预措施指益生菌治疗，对照指停药观察，结局是复发。
图3-3-1 循证医学实践过程的示意图
这一步骤指追踪最佳证据，用以回答上述科学问题。证据的来源有很多，包括教材、专著、论文等，包括原始的和被评价过的证据。循证医学提倡定期更新的、网络来源的、预先评估的证据。关于证据的检索策略请参阅循证医学相关专著。
第3步是批判性评估证据的真实性（veracity，即是否接近事实）、重要性（magnitude，即影响大小）、实用性（practicality，临床实践中的有用性）。研究设计方案的论证强度从随机对照研究、前瞻性队列研究、回顾性队列研究、病例-对照研究、横断面研究、病例报告，依次递减。
针对病因、诊断、治疗、预后的证据，评价的要求有所不同，如病因学研究中要考虑是否符合因果关系推断原则，诊断试验研究要考虑是否与金标准进行了独立、“盲法”的比较，治疗研究则要注意是否采用了随机化分组等。表3-3-1和表3-3-2分别以诊断试验研究和治疗研究为例列出了证据评估的要点。另外，还可以在Critical Appraisal Skills Programme网站找到关于系统综述、随机对照试验、病例报告、诊断试验、队列研究、经济学评价等研究的评价要点清单，用以系统地评估已发表论文的可信度。
表3-3-1 诊断试验研究评价的要点
表3-3-2 治疗研究评价的要点
评价了研究的真实性和重要性，就要考虑如何将结果应用到对患者的医疗中，这实际包括两部分，一是这些结果可否推广到自己的患者，如果你的患者与文献中的患者非常不同，就需考虑是否应用该治疗；二是如果这些结果可以推广到你的患者，对你的患者来说意义何在。一项干预措施的影响包括获益和风险两个方面，此外还要考虑费用问题，要将获得的证据与专业知识以及患者的生物学特点、价值观和环境相结合才能形成正确的临床决策。
诊断方法或者治疗措施在临床工作中的应用是一个需要根据患者情况谨慎衡量利弊的过程。
在评价诊断试验研究中选取的研究对象的代表性决定了该研究结果的推广范围。例如：在某项研究中发现癌胚抗原（CEA）在晚期结直肠癌患者中的阳性率显著高于非结直肠癌的患者，认为其有良好的诊断意义。但当推广应用时发现在早期结直肠癌患者中有较高的假阴性率，在正常人群中有较高的假阳性率，这与研究的患者和对照者没有纳入所有可能应用的人群有关。因此，在阅读这方面文献时需要特别注意。
评价治疗效果的方法包括相对危险度减少（RRR）、绝对危险度减少、需要治疗的人数（NNT，指避免1例不良结局的发生或得到1例有益结果需要治疗的病例数）。这些指标需要结合起来看，RRR是相对数，有时看上去很大，但危险度下降的绝对值不一定如此。某研究治疗组危险度为0.6%，对照组危险度为0.9%，相对危险度下降为（0.9%-0.6%）/0.9%=33.3%，而绝对危险度减少仅0.3%（即0.9%-0.6%），临床价值有限。因此单独使用RRR容易引起误导，需要注意。干预措施，包括治疗和预防措施，在应用过程中还要考虑风险和费用。一项创伤性措施，如食管胃静脉曲张的套扎治疗，对操作医生的技术有较高的要求，每2个月要进行一次，需要住院治疗，有较高费用，NNT可能要2左右才会为医生和患者接受；乙型肝炎病毒的疫苗注射方便、副作用小、费用不高，预防慢性乙型肝炎病毒感染的NNT为12，但为社会所接受。
根据循证医学原则，对患者制订方案并实施后，需要对患者病情变化进行随访，不仅能促进新证据的产生，更重要的是对循证医疗的过程进行总体评价，以提高后续循证医疗的水平。需思考的问题包括提出的问题是否准确、是否找到证据、证据是否高质量、是否有临床意义、这次循证实践过程是否改变对患者评价等。