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根据中国全球基金项目管理要求，中央级执行机构需要制订年度中国全球基金结核病项目实施方案和年度工作计划，对项目活动进行详细的描述，明确各级项目执行单位的经费投入计划和使用计划，保证项目资金合理、安全和有效地使用。
各省（自治区、直辖市）、地（市）、县（区）项目执行机构根据国家制订的实施计划和实施细则，结合当地的实际情况分别制订和下发本级项目实施计划，对工作计划进行细化，保证每项活动均列出相应的经费预算。这种带预算的工作计划具有较强的可操作性，便于项目管理人员监控项目活动开展情况与资金使用进度，从而保证项目的顺利实施。
为了加强项目管理，保证项目实施质量，中国全球基金项目采取月报表、季度报表和半年报表等形式收集项目活动和经费使用信息，从而在项目执行过程中及时监控项目实施进度，掌握项目经费使用情况，同时在项目执行过程中采取定期督导的形式，对项目实施过程中存在的问题进行及时纠正和解决，并在项目结束时进行项目终末总结评估。
中国全球基金结核病项目各领域均采取季度报表的形式收集相关领域的活动开展情况、患者发现治疗管理相关指标完成情况。由于全国结核病防治规划的监测系统相对完善，部分领域的指标数据可来自结核病信息监测系统。
季报表采取逐级上报机制，县级于每季度结束后5日内将季报资料上报至地（市）级。地（市）级于每季度结束后10日内完成对县级季报资料的审核、汇总后上报至省级。省级对地（市）和县级资料复核汇总后，于每季度结束后15日内将全省季报资料上报至国家结核病控制中心，并由该中心转达至国家级项目办公室。各级项目机构每季度对项目指标进行分析，并根据统计结果指导或改进结核病防治活动，以修改各级机构的结核病防治工作规划及实施计划。上级单位每季度对下级单位的数据进行统计分析，发现问题后及时向当地提出整改意见。
中国全球基金结核病项目经费使用情况监测主要依托中国疾病预防控制中心项目财务管理系统，采取月报和半年报的形式收集各级经费使用进度。
财务月报表和半年报表均采取逐级上报机制，县级于每月或半年结束后5日内上报至地（市）级。地（市）级于每个月或半年结束后10日内完成对县级报告资料的审核、汇总后上报至省级。省级对地（市）和县级资料复核汇总后，于每月或半年结束后15日内将全省资料上报给PR财务部。
项目督导是监控与评价的重要方式，通过督导，可发现项目执行过程中的困难和问题，及时总结，有利于项目后期工作的开展和提高。项目督导采取逐级督导的形式，根据项目实施计划，要求国家级机构每年督导不少于5次，省级机构对每个项目地（市）级机构每年督导不少于2次，地（市）级机构对每个项目县（区）级机构每年督导不少于2次。督导内容包括了解政府承诺、配套经费落实情况、项目经费使用情况、实验室质控情况等；督导方式采取听取当地汇报、查看相关登记本和表/卡、现场考察和患者访谈等。
全球基金地方基金代理（local fund agents，LFA）每年对各种项目活动进行合理的监督管理，有针对性地选取项目地区重点对物资、设备、数据进行核查，并协调项目重大问题的解决，在一定程度上保证了项目经费的合理使用，提高了项目地区的数据质量。
项目结束后，各省级项目办公室开展本省项目总结，从项目组织、活动开展和指标完成等情况进行总结并撰写本省全球基金结核病项目总结报告。国家级项目办公室组织开展各领域总结评估工作，系统评价项目的组织实施、目标达标情况，撰写耐多药肺结核防治领域、定点医院、流动人口、TB/HIV领域和监狱结核病防治领域总结报告，并在各领域总结报告的基础上提炼《全球基金结核病控制项目在中国——成就与经验》，从不同角度全面总结项目目标的实现程度、项目活动的开展情况，项目的成果、经验和教训等。同时，项目的总结评估也展示了我国结核病防治工作的成就以及对国际合作项目的执行能力。