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中国全球基金项目制订并下发了《中国全球基金项目财务管理手册》。手册中对预算编制、内控制度、专用账户、报账程序、提款支付和财务报表等都有明确的规定。手册作为财务管理需遵循的文件，具有很高的可操作性。在项目实施期间，各级机构均参照该文件进行财务方面的管理。
全球基金的账务要求专户专账管理，在银行设立单位的全球基金核算账户，严格区分项目资金和单位资金，项目资金的收付通过专户进行，有关的收付款凭证出纳人员应单独保存，及时交会计人员登记项目专账，单独报账。财务管理由项目执行单位的财务部门指定具有资质的会计人员进行项目资金管理和账务处理。
全球基金项目资金实行预算管理，即要求项目拨款费用支出均按照年度预算办理，同时预算的执行与业务工作的开展应该同步。资金管理过程中严格遵守项目计划预算，不得截留或挤占项目资金，不得提取管理费，不得超越委托项目范围开展工作。
中国全球基金项目制订并下发了《中国全球基金项目审计工作指南》。指南中对审计形式、审计内容、频度等做了明确规定，要求各级项目执行机构参照该文件开展相关审计工作。
全球基金项目依托会计事务所进行项目审计，依据不同情况可选用公开招标、邀请招标、指定审计和内部审计等4种形式。省级以上项目点必须由国家审计机构或有资质的会计事务所进行外部审计；省级以下项目点可以进行内部审计，也可以进行外部审计。各地依据项目经费预算、经费使用情况制订本地区的审计方式和形式。如为内部审计，审计机构（人员）必须是独立于项目财务的部门（人员），审计报告必须以法人单位文件形式上报省级项目财务部门。
重点审计项目：单位内控制度的建立及执行情况；项目预算资金的到位及下拨（限省级）情况；项目资金的收、支、结余情况；项目主要（核心）指标的进展情况；项目往来款情况；货币资金、存货、固定资产的情况。
项目审计工作一年一次。各地、市、县级项目点的年度审计报告于次年3月31日前，随年度报表一并报送省级项目财务部门。各省级项目点的本年度审计报告要求于次年4月30日以前，随年度报表一并报送中央项目财务部门。
中央执行机构财务部和省级项目办公室负责对项目执行单位财务人员及项目管理人员提供财务培训，包括财务管理、会计核算、提款报账等内容。财务培训活动在全球基金项目执行期间是贯穿始终的，在项目启动初期密集一些，多采用专门集中培训的形式，后期多采用的是在督导中提供现场培训的形式。
在项目督导活动中对项目省（区）、地（市）及县级执行机构进行财务检查工作，根据具体情况予以指导并提出改进建议，有效防止资金挪用、截留现象的发生，加强了资金管理，提高了核算质量，保证了资金的有效使用。