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按人头支付改革过程中，需要对社区卫生服务中心的医疗服务质量及费用控制等定期进行综合考核，其中医疗服务考核指标主要包括服务效率、服务质量、合理用药、院内感染及患者满意度等，由第三方评估后作为年终考核奖励的重要依据；费用控制考核利用年终结余比例进行考核。原则上实行超支不补，结余表彰。合作医疗管理部门对新农合按人头支付的合理超支部分，经考核按比例由新农合历年结余资金列支，不合理费用不予支付。
改革推进过程中，需要加强对新农合基金和定点医疗机构的监督和考核。
1.区（县）卫生行政部门牵头，联合新农合管理部门、医疗机构管理部门、第三方研究机构人员组成督导组，定期对试点医疗机构开展改革的情况进行专题调研与督查，通过访谈、查阅档案及现场查看等形式了解各单位改革推进情况、取得的经验和碰到的困难和问题，并与定点医疗机构签订服务协议，明确服务规范、服务项目、服务标准及违约后果。
2.将按人头支付改革与定点医疗机构的绩效考核有机结合，将新农合费用控制纳入绩效考核指标体系作为绩效奖励依据之一，将绩效考核指标中基本医疗指标与费用控制共同作为按人头支付年度专项表彰经费发放依据，实现控制医疗费用与保证医疗质量的双重目标。
3.依托新农合实时结报信息系统，实时监测所有定点医疗机构新农合病人费用发生情况，每半月统计一次费用支出额度及和合理性情况，并通报相关单位。
4.合作医疗管理部门要赋予社区卫生服务中心信息查询权限，允许其实时监控本中心及所辖村卫生室基金支出及业务运行情况，有权申请查询本中心病人转诊至二、三级医院发生的诊疗及费用状况并可提出质疑，新农合管理部门对异常情况及时调查处理。
在激励机制方面，国家政策规定新农合结余基金不能用于奖励和分配，因此允许社区卫生服务中心将结余经费滚存使用，且不影响其第二年的按人头支付额度分配标准。
区（县）财政每年度要安排专项经费用于结余社区卫生服务中心的奖励，并实行梯度奖励政策，奖勤罚懒。同时，为提高二、三级医院控制不合理医疗费用的积极性和主动性，按年度对其新农合基金使用情况考核并进行适度奖励。每年年底按当年度新农合基金结余总额与控制额度的一定比例，对社区卫生服务中心进行表彰。
项目表彰经费不纳入单位绩效工资总额；另一方面社区卫生服务机构的结余经费继续留存使用，且不影响第二年度按人头支付额度，以有效激励社区卫生服务机构参与改革和主动控费的积极性。
改革推进过程中，要加强对定点医疗机构的基金使用情况的实时监控，组织专家队伍按月/季度进行跟踪评价，对于不合理费用进行追踪、警示和反馈。同时，若有可能，依托第三方学术研究机构定期进行跟踪评价，发现改革过程中出现的偏差行为并及时采取纠偏措施。
按人头支付改革使新农合基金运行更加安全，参合农民的利益得到保障，但在推行过程中仍存在一些问题，需要不断调整和完善。
社区卫生服务中心作为改革主体，难以有效控制费用（尤其是二、三级医院费用）不合理增长。应对对策包括以下五点：
1.将镇村卫生一体化管理作为此项改革的前提与基础，将村卫生室纳入社区卫生服务体系。
2.根据实施方案，先从各镇按参合人数核定的预付总额中预留出转上级医院实时结算的计划费用，所预留资金放入区（县）新农合管理部门账户管理，区属二、三级医院已开通实时结算及电子转诊的，新农合管理部门及社区卫生服务中心对于参合患者发生费用可实时监控，对异常情况可对二、三级医院进行警示，要求做出合理说明。
3.对于实时监控及日常督查中发现的不合理费用，新农合管理部门可以拒绝支付或追回已结算部分，情节严重的可以终止新农合结算单位资格，并将违法违规情况报卫生行政部门进一步处理。
4.除急诊外，对未经社区医疗机构转诊和辖区新农合经办机构备案的参合患者按照规定补偿比例的50%结报，同时未经转诊的医疗费用不计入大病减负年累计费用。
5.借助全科团队服务平台，一方面引导患者社区首诊、有序就医；另一方面，及时了解签约农民在二、三级医院诊治情况，对其中发生的不合理费用可向相关医疗机构提出异议，或将有关情况通报相关管理部门以便进一步核实处理。
按人头支付改革后，医疗机构可能为节约成本而降低服务质量。对策包括：
1.合理测算按人头支付标准，综合考虑筹资水平、补偿政策变化、既往医疗费用及费用合理增长等因素，合理超支用历年结余按比例支付，结余适当奖励，为预防不作为、少作为等现象，实行梯度奖励、递减奖励。
2.按人头支付后，加强对社区卫生服务中心的绩效考核，将服务质量、数量及满意度作为年度绩效考核重要指标，考核结果与单位绩效工资挂钩。
3.实行定点医疗机构服务协议管理和动态管理机制，明确服务规范、服务项目及服务标准，严格准入和退出，借助信息化手段加强对定点医疗机构的业务管理与督查指导。
4.借助全科团队服务平台，社区卫生服务中心对参合农民进行签约服务，主动干预，为其提供连续、综合的预防、保健、健康教育等健康管理服务，做到既管健康，又管费用。
按人头支付后，参合人员因就医自由度受限而致满意度下降。对策：一是要求各医疗单位加强社会宣传和解释，引导群众正确认识按人头支付改革；二是将新农合按人头支付与全科团队服务制有机结合，为参合农民提供连续、基础、综合的“三站式”医疗卫生服务，并为签约对象提供健康咨询、预约门诊，双向转诊等服务，引导患者社区首诊、有序就医。
在改革前与改革执行过程中，区（县）行政决策者从细化方案、界定范围、提供保障等方面制定相关的文件政策，对财务制度、就诊流程规范、考核表彰等方面提出统一明确的规定，为改革的推进提供制度保障。
举例：以浦东新区为例，按照设计的改革方案及配套措施，行政决策者制定了《关于扩大浦东新区新型农村合作医疗实时报销实施范围的方案》（浦卫〔2012〕7号）等7个政府文件（清单见表3-2），于2012年8月1日正式启动浦东新区全区范围内覆盖所有参合农民门诊和住院的按人头支付改革。
表3-2 浦东新区推动新农合按人头支付改革实施发布的相关文件
续表
按人头支付改革过程中，各部门各司其职，协调联动。
1.区（县）卫生行政部门负责制定实施方案及实施细则，对试点工作进行统一部署和整体推进。
2.区（县）财政部门负责新农合基金年度预结算的审核，根据预算安排按季度拨付基金至基金支出账户，监督新农合基金整体运行情况，突破绩效工资，设立专项经费用于新农合按人头支付改革的表彰奖励。
3.区（县）社区卫生服务管理机构协同区（县）新农合管理部门对相关社区卫生服务中心新农合按人头支付开展情况进行督查和指导，将主要评价指标纳入社区卫生服务中心的绩效考核指标体系。
4.区（县）新农合管理部门根据新农合资金使用的相关规定，结合年度下达的资金预算指标，对各社区卫生服务中心的年度资金使用额度进行核定。同时协同镇新农合事务所等相关部门做好新农合按人头支付基金使用的监督和管理，对相关单位医疗服务行为和医疗费用使用情况进行抽查。
5.区（县）卫生信息管理部门负责对新农合按人头支付改革工作中所涉及的医疗费用实时结算、电子转诊等信息化工作进行指导、协调并提供技术保障。
6.区（县）社区卫生服务中心主任是按人头支付改革的第一责任人，将按人头支付与全科医生制度建设相结合，制定相应的工作规范、流程，加强对本单位相关人员的管理培训，通过多种途径和形式对参合农民进行相关政策的宣传、解释。